scilab/modules/hdf5/src/cpp/H5DataFactory.cpp

   1 /*
   2  * Scilab ( http://www.scilab.org/ ) - This file is part of Scilab
   3  * Copyright (C) 2012 - Scilab Enterprises - Calixte DENIZET
   4  *
   5  * This file must be used under the terms of the CeCILL.
   6  * This source file is licensed as described in the file COPYING, which
   7  * you should have received as part of this distribution.  The terms
   8  * are also available at
   9  * http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "H5DataFactory.hxx"
  14
  15 namespace org_modules_hdf5
  16 {
  17
  18 H5Data & H5DataFactory::getData(H5Object & parent, const hid_t obj, H5Dataspace * space, hsize_t * selectdims, const bool isAttribute)
  19 {
  20     const hid_t type = isAttribute ? H5Aget_type(obj) : H5Dget_type(obj);
  21     if (type < 0)
  22     {
  23         throw H5Exception(__LINE__, __FILE__, _("Cannot get the data type"));
  24     }
  25     H5Data * data = 0;
  26     hid_t spaceId = space ? space->getH5Id() : -1;
  27
  28     // TODO: le type est ferme dans getNativeData: bonne idee ou pas ??
  29
  30     switch (H5Tget_class(type))
  31     {
  32         case H5T_INTEGER:
  33             data = &getIntegerData(parent, obj, spaceId, selectdims, type, isAttribute);
  34             break;
  35         case H5T_FLOAT:
  36             data = &getFloatingData(parent, obj, spaceId, selectdims, type, isAttribute);
  37             break;
  38         case H5T_TIME:
  39             data = &getTimeData(parent, obj, spaceId, selectdims, type, isAttribute);
  40             break;
  41         case H5T_STRING:
  42             data = &getStringData(parent, obj, spaceId, selectdims, type, isAttribute);
  43             break;
  44         case H5T_BITFIELD:
  45             data = &getBitfieldData(parent, obj, spaceId, selectdims, type, isAttribute);
  46             break;
  47         case H5T_OPAQUE:
  48             data = &getOpaqueData(parent, obj, spaceId, selectdims, type, isAttribute);
  49             break;
  50         case H5T_COMPOUND:
  51             data = &getCompoundData(parent, obj, spaceId, selectdims, type, isAttribute);
  52             break;
  53         case H5T_REFERENCE:
  54             data = &getReferenceData(parent, obj, spaceId, selectdims, type, isAttribute);
  55             break;
  56         case H5T_ENUM:
  57             std::cout << "ENUM" << std::endl;
  58             //data = &getEnumData(parent, obj, type, isAttribute);
  59             //break;
  60         case H5T_VLEN:
  61             std::cout << "VLEN" << std::endl;
  62
  63             //data = &getVlenData(parent, obj, type, isAttribute);
  64             //break;
  65         case H5T_ARRAY:
  66             std::cout << "ARRAY" << std::endl;
  67             //data = &getArrayData(parent, obj, type, isAttribute);
  68             //break;
  69         default:
  70             H5Tclose(type);
  71             throw H5Exception(__LINE__, __FILE__, _("Cannot get data from an unknown data type."));
  72     }
  73
  74     return *data;
  75 }
  76
  77 H5Data & H5DataFactory::getData(H5Object & parent, const hsize_t totalSize, const hid_t type, hsize_t ndims, hsize_t * dims, void * data, const hsize_t stride, const size_t offset, const bool dataOwner)
  78 {
  79     hsize_t dataSize = H5Tget_size(type);
  80     if (H5Tget_class(type) == H5T_STRING && !H5Tis_variable_str(type))
  81     {
  82         // We have a C-string so it is null terminated
  83         dataSize++;
  84     }
  85
  86     switch (H5Tget_class(type))
  87     {
  88         case H5T_INTEGER:
  89             if (H5Tequal(type, H5T_NATIVE_SCHAR))
  90             {
  91                 return *new H5CharData(parent, totalSize, dataSize, ndims, dims, (char *)data, stride, offset, false);
  92             }
  93             else if (H5Tequal(type, H5T_NATIVE_UCHAR))
  94             {
  95                 return *new H5UnsignedCharData(parent, totalSize, dataSize, ndims, dims, (unsigned char *)data, stride, offset, false);
  96             }
  97             else if (H5Tequal(type, H5T_NATIVE_SHORT))
  98             {
  99                 return *new H5BasicData<short>(parent, totalSize, dataSize, ndims, dims, (short *)data, stride, offset, false);
 100             }
 101             else if (H5Tequal(type, H5T_NATIVE_USHORT))
 102             {
 103                 return *new H5BasicData<unsigned short>(parent, totalSize, dataSize, ndims, dims, (unsigned short *)data, stride, offset, false);
 104             }
 105             else if (H5Tequal(type, H5T_NATIVE_INT))
 106             {
 107                 return *new H5BasicData<int>(parent, totalSize, dataSize, ndims, dims, (int *)data, stride, offset, false);
 108             }
 109             else if (H5Tequal(type, H5T_NATIVE_UINT))
 110             {
 111                 return *new H5BasicData<unsigned int>(parent, totalSize, dataSize, ndims, dims, (unsigned int *)data, stride, offset, false);
 112             }
 113
 114 #ifdef __SCILAB_INT64__
 115
 116             else if (H5Tequal(type, H5T_NATIVE_LONG))
 117             {
 118                 return *new H5BasicData<long long>(parent, totalSize, dataSize, ndims, dims, (long long *)data, stride, offset, false);
 119             }
 120             else if (H5Tequal(type, H5T_NATIVE_ULONG))
 121             {
 122                 return *new H5BasicData<unsigned long long>(parent, totalSize, dataSize, ndims, dims, (unsigned long long *)data, stride, offset, false);
 123             }
 124 #else
 125
 126             else if (H5Tequal(type, H5T_NATIVE_LONG))
 127             {
 128                 return *new H5TransformedData<long long, int>(parent, totalSize, dataSize, ndims, dims, (long long *)data, stride, offset, false);
 129             }
 130             else if (H5Tequal(type, H5T_NATIVE_ULONG))
 131             {
 132                 return *new H5TransformedData<unsigned long long, unsigned int>(parent, totalSize, dataSize, ndims, dims, (unsigned long long *)data, stride, offset, false);
 133             }
 134
 135 #endif // __SCILAB_INT64__
 136
 137             else
 138             {
 139                 H5Tclose(type);
 140                 throw H5Exception(__LINE__, __FILE__, _("Unknown integer datatype."));
 141             }
 142             break;
 143         case H5T_FLOAT:
 144             if (H5Tequal(type, H5T_NATIVE_FLOAT))
 145             {
 146                 //return *new H5FloatData(parent, totalSize, dataSize, ndims, dims, (float *)data, stride, offset, false);
 147                 return *new H5TransformedData<float, double>(parent, totalSize, dataSize, ndims, dims, (float *)data, stride, offset, false);
 148             }
 149             else if (H5Tequal(type, H5T_NATIVE_DOUBLE))
 150             {
 151                 return *new H5BasicData<double>(parent, totalSize, dataSize, ndims, dims, (double *)data, stride, offset, false);
 152             }
 153             else
 154             {
 155                 throw H5Exception(__LINE__, __FILE__, _("Unknown floating-point datatype."));
 156             }
 157             break;
 158         case H5T_TIME:
 159             return *new H5TimeData(parent, totalSize, dataSize, ndims, dims, (char *)data, stride, offset, false);
 160         case H5T_STRING:
 161             if (H5Tis_variable_str(type))
 162             {
 163                 return *new H5StringData(parent, totalSize, dataSize, ndims, dims, (char **)data, stride, offset, false);
 164             }
 165             else
 166             {
 167                 return *new H5StringData(parent, totalSize, dataSize, ndims, dims, (char *)data, stride, offset, false);
 168             }
 169         case H5T_BITFIELD:
 170             return *new H5BitfieldData(parent, totalSize, dataSize, ndims, dims, (char *)data, stride, offset, false);
 171         case H5T_OPAQUE:
 172             return *new H5OpaqueData(parent, totalSize, dataSize, ndims, dims, (char *)data, stride, offset, false);
 173         case H5T_COMPOUND:
 174         {
 175             const unsigned int nmembers = (unsigned int)H5Tget_nmembers(type);
 176             std::string * names = new std::string[nmembers];
 177             size_t offs;
 178             H5Data ** fields = new H5Data *[nmembers];
 179
 180             for (unsigned int i = 0; i < nmembers; i++)
 181             {
 182                 hid_t mtype = H5Tget_member_type(type, i);
 183                 char * mname = H5Tget_member_name(type, i);
 184                 size_t offs = H5Tget_member_offset(type, i);
 185                 names[i] = std::string(mname);
 186                 free(mname);
 187                 fields[i] = &getData(parent, totalSize, mtype, ndims, dims, data, stride, offset + offs, false);
 188             }
 189
 190             return *new H5CompoundData(parent, totalSize, dataSize, ndims, dims, nmembers, names, fields, (char *)data, dataOwner);
 191         }
 192         case H5T_REFERENCE:
 193             // TODO: virer le false
 194             return *new H5ReferenceData(parent, false, totalSize, dataSize, ndims, dims, (char *)data, offset);
 195         case H5T_ENUM:
 196         {
 197             /*int nmembers = H5Tget_nmembers(type);
 198               std::string * names = new std::string[nmembers];
 199
 200               for (unsigned int i = 0; i < nmembers; i++)
 201               {
 202               char * mname = H5Tget_member_name(type, i);
 203               names[i] = std::string(mname);
 204               free(mname);
 205               }
 206               return *new H5EnumData(parent, totalSize, dataSize, ndims, dims, data, offset, names);*/
 207         }
 208         case H5T_VLEN:
 209             //return *new H5VlenData(parent, totalSize, dataSize, ndims, dims, data, offset);
 210         case H5T_ARRAY:
 211             //return *new H5ArrayData(parent, totalSize, dataSize, ndims, dims, data, offset);
 212         default:
 213             throw H5Exception(__LINE__, __FILE__, _("Cannot get data from an unknown data type."));
 214     }
 215
 216     throw H5Exception(__LINE__, __FILE__, _("Cannot get data from an unknown data type."));
 217 }
 218
 219 H5Data & H5DataFactory::getIntegerData(H5Object & parent, const hid_t obj, const hid_t space, hsize_t * selectdims, const hid_t type, const bool isAttribute)
 220 {
 221     hsize_t ndims;
 222     hsize_t * dims = 0;
 223     hsize_t totalSize;
 224     hsize_t dataSize;
 225     void * data = 0;
 226     H5Data * dataObj = 0;
 227     const hid_t nativeType = H5Tget_native_type(type, H5T_DIR_DEFAULT);
 228
 229     getNativeData(obj, space, selectdims, type, &totalSize, &dataSize, &ndims, &dims, &data, isAttribute);
 230
 231     if (H5Tequal(nativeType, H5T_NATIVE_SCHAR))
 232     {
 233         dataObj = new H5CharData(parent, totalSize, dataSize, ndims, dims, (char *)data);
 234     }
 235     else if (H5Tequal(nativeType, H5T_NATIVE_UCHAR))
 236     {
 237         dataObj = new H5UnsignedCharData(parent, totalSize, dataSize, ndims, dims, (unsigned char *)data);
 238     }
 239     else if (H5Tequal(nativeType, H5T_NATIVE_SHORT))
 240     {
 241         dataObj = new H5BasicData<short>(parent, totalSize, dataSize, ndims, dims, (short *)data);
 242     }
 243     else if (H5Tequal(nativeType, H5T_NATIVE_USHORT))
 244     {
 245         dataObj = new H5BasicData<unsigned short>(parent, totalSize, dataSize, ndims, dims, (unsigned short *)data);
 246     }
 247     else if (H5Tequal(nativeType, H5T_NATIVE_INT))
 248     {
 249         dataObj = new H5BasicData<int>(parent, totalSize, dataSize, ndims, dims, (int *)data);
 250     }
 251     else if (H5Tequal(nativeType, H5T_NATIVE_UINT))
 252     {
 253         dataObj = new H5BasicData<unsigned int>(parent, totalSize, dataSize, ndims, dims, (unsigned int *)data);
 254     }
 255
 256 #ifdef __SCILAB_INT64__
 257
 258     else if (H5Tequal(nativeType, H5T_NATIVE_LONG))
 259     {
 260         dataObj = new H5BasicData<long long>(parent, totalSize, dataSize, ndims, dims, (long long *)data);
 261     }
 262     else if (H5Tequal(nativeType, H5T_NATIVE_ULONG))
 263     {
 264         dataObj = new H5BasicData<unsigned long long>(parent, totalSize, dataSize, ndims, dims, (unsigned long long *)data);
 265     }
 266
 267 #else
 268
 269     else if (H5Tequal(nativeType, H5T_NATIVE_LONG))
 270     {
 271         dataObj = new H5TransformedData<long long, int>(parent, totalSize, dataSize, ndims, dims, (long long *)data);
 272     }
 273     else if (H5Tequal(nativeType, H5T_NATIVE_ULONG))
 274     {
 275         dataObj = new H5TransformedData<unsigned long long, unsigned int>(parent, totalSize, dataSize, ndims, dims, (unsigned long long *)data);
 276     }
 277
 278 #endif // __SCILAB_INT64__
 279
 280     else
 281     {
 282         H5Tclose(nativeType);
 283         delete[] dims;
 284         delete[] static_cast<char *>(data);
 285         throw H5Exception(__LINE__, __FILE__, _("Unknown integer datatype."));
 286     }
 287
 288     H5Tclose(nativeType);
 289
 290     return *dataObj;
 291 }
 292
 293 H5Data & H5DataFactory::getFloatingData(H5Object & parent, const hid_t obj, const hid_t space, hsize_t * selectdims, const hid_t type, const bool isAttribute)
 294 {
 295     hsize_t ndims;
 296     hsize_t totalSize;
 297     hsize_t dataSize;
 298     hsize_t * dims = 0;
 299     void * data = 0;
 300     H5Data * dataObj = 0;
 301     const hid_t nativeType = H5Tget_native_type(type, H5T_DIR_DEFAULT);
 302
 303     getNativeData(obj, space, selectdims, type, &totalSize, &dataSize, &ndims, &dims, &data, isAttribute);
 304
 305     if (H5Tequal(nativeType, H5T_NATIVE_FLOAT))
 306     {
 307         dataObj = new H5TransformedData<float, double>(parent, totalSize, dataSize, ndims, dims, (float *)data);
 308     }
 309     else if (H5Tequal(nativeType, H5T_NATIVE_DOUBLE))
 310     {
 311         dataObj = new H5BasicData<double>(parent, totalSize, dataSize, ndims, dims, (double *)data);
 312     }
 313     else
 314     {
 315         H5Tclose(nativeType);
 316         delete[] dims;
 317         delete[] static_cast<char *>(data);
 318         throw H5Exception(__LINE__, __FILE__, _("Unknown floating-point datatype."));
 319     }
 320
 321     H5Tclose(nativeType);
 322
 323     return *dataObj;
 324 }
 325
 326 H5StringData & H5DataFactory::getStringData(H5Object & parent, const hid_t obj, const hid_t space, hsize_t * selectdims, const hid_t type, const bool isAttribute)
 327 {
 328     hsize_t ndims;
 329     hsize_t totalSize;
 330     hsize_t dataSize;
 331     hsize_t * dims = 0;
 332     void * data = 0;
 333
 334     getNativeData(obj, space, selectdims, type, &totalSize, &dataSize, &ndims, &dims, &data, isAttribute);
 335     if (H5Tis_variable_str(type))
 336     {
 337         return *new H5StringData(parent, totalSize, dataSize, ndims, dims, (char **)data);
 338     }
 339     else
 340     {
 341         return *new H5StringData(parent, totalSize, dataSize, ndims, dims, (char *)data);
 342     }
 343 }
 344
 345 H5TimeData & H5DataFactory::getTimeData(H5Object & parent, const hid_t obj, const hid_t space, hsize_t * selectdims, const hid_t type, const bool isAttribute)
 346 {
 347     hsize_t ndims;
 348     hsize_t totalSize;
 349     hsize_t dataSize;
 350     hsize_t * dims = 0;
 351     void * data = 0;
 352
 353     getNativeData(obj, space, selectdims, type, &totalSize, &dataSize, &ndims, &dims, &data, isAttribute);
 354
 355     return *new H5TimeData(parent, totalSize, dataSize, ndims, dims, static_cast<char *>(data));
 356 }
 357
 358 H5BitfieldData & H5DataFactory::getBitfieldData(H5Object & parent, const hid_t obj, const hid_t space, hsize_t * selectdims, const hid_t type, const bool isAttribute)
 359 {
 360     hsize_t ndims;
 361     hsize_t totalSize;
 362     hsize_t dataSize;
 363     hsize_t * dims = 0;
 364     void * data = 0;
 365
 366     getNativeData(obj, space, selectdims, type, &totalSize, &dataSize, &ndims, &dims, &data, isAttribute);
 367
 368     return *new H5BitfieldData(parent, totalSize, dataSize, ndims, dims, static_cast<char *>(data));
 369 }
 370
 371 H5OpaqueData & H5DataFactory::getOpaqueData(H5Object & parent, const hid_t obj, const hid_t space, hsize_t * selectdims, const hid_t type, const bool isAttribute)
 372 {
 373     hsize_t ndims;
 374     hsize_t totalSize;
 375     hsize_t dataSize;
 376     hsize_t * dims = 0;
 377     void * data = 0;
 378
 379     getNativeData(obj, space, selectdims, type, &totalSize, &dataSize, &ndims, &dims, &data, isAttribute);
 380
 381     return *new H5OpaqueData(parent, totalSize, dataSize, ndims, dims, static_cast<char *>(data));
 382 }
 383
 384 H5Data & H5DataFactory::getCompoundData(H5Object & parent, const hid_t obj, const hid_t space, hsize_t * selectdims, const hid_t type, const bool isAttribute)
 385 {
 386     hsize_t ndims;
 387     hsize_t totalSize;
 388     hsize_t dataSize;
 389     hsize_t * dims = 0;
 390     void * data = 0;
 391     const hid_t nativeType = H5Tget_native_type(type, H5T_DIR_DEFAULT);
 392
 393     getNativeData(obj, space, selectdims, type, &totalSize, &dataSize, &ndims, &dims, &data, isAttribute);
 394
 395     try
 396     {
 397         return getData(parent, totalSize, nativeType, ndims, dims, data, dataSize, 0, true);
 398     }
 399     catch (const H5Exception & e)
 400     {
 401         H5Tclose(nativeType);
 402         throw;
 403     }
 404 }
 405
 406 H5ReferenceData & H5DataFactory::getReferenceData(H5Object & parent, const hid_t obj, const hid_t space, hsize_t * selectdims, const hid_t type, const bool isAttribute)
 407 {
 408     hsize_t ndims;
 409     hsize_t totalSize;
 410     hsize_t dataSize;
 411     hsize_t * dims = 0;
 412     void * data = 0;
 413
 414     getNativeData(obj, space, selectdims, type, &totalSize, &dataSize, &ndims, &dims, &data, isAttribute);
 415     return *new H5ReferenceData(parent, H5Tequal(type, H5T_STD_REF_DSETREG) > 0, totalSize, dataSize, ndims, dims, (char *)data);
 416 }
 417
 418 /*H5EnumData & H5DataFactory::getEnumData(H5Object & parent, const hid_t obj, const hid_t type, const bool isAttribute)
 419   {
 420   hsize_t ndims;
 421   hsize_t totalSize;
 422   hisze_t dataSize;
 423   hsize_t * dims = 0;
 424   void * data = 0;
 425   int nmembers = H5Tget_nmembers(type);
 426   std::string * names = new std::string[nmembers];
 427
 428   for (unsigned int i = 0; i < nmembers; i++)
 429   {
 430   char * mname = H5Tget_member_name(type, i);
 431   names[i] = std::string(mname);
 432   free(mname);
 433   }
 434
 435   getNativeData(obj, type, &totalSize, &dataSize, &ndims, &dims, &data, isAttribute);
 436
 437   return *new H5EnumData(parent, totalSize, dataSize, ndims, dims, data, names);
 438   }
 439
 440   H5VlenData & H5DataFactory::getVlenData(H5Object & parent, const hid_t obj, const hid_t type, const bool isAttribute)
 441   {
 442   hsize_t ndims;
 443   hsize_t totalSize;
 444   hisze_t dataSize;
 445   hsize_t * dims = 0;
 446   void * data = 0;
 447
 448   getNativeData(obj, type, &totalSize, &dataSize, &ndims, &dims, &data, isAttribute);
 449
 450   return *new H5VlenData(parent, totalSize, dataSize, ndims, dims, data);
 451   }
 452
 453   H5ArrayData & H5DataFactory::getArrayData(H5Object & parent, const hid_t obj, const hid_t type, const bool isAttribute)
 454   {
 455   hsize_t ndims;
 456   hsize_t totalSize;
 457   hisze_t dataSize;
 458   hsize_t * dims = 0;
 459   void * data = 0;
 460
 461   getNativeData(obj, type, &totalSize, &dataSize, &ndims, &dims, &data, isAttribute);
 462
 463   return *new H5ArrayData(parent, totalSize, dataSize, ndims, dims, data);
 464   }*/
 465
 466 //  getNativeData(obj, type, &totalSize, &dataSize, &ndims, &dims, &data, isAttribute);
 467
 468 //return *new H5StringData(parent, totalSize, dataSize, ndims, dims, data);
 469
 470 /*void H5DataFactory::getNativeData(const hid_t obj, const hid_t type, hsize_t * totalSize, hsize_t * dataSize, hsize_t * ndims, hsize_t ** dims, void ** data, const bool isAttribute)
 471 {
 472     hid_t nativeType = H5Tget_native_type(type, H5T_DIR_DEFAULT);
 473     const hid_t space = isAttribute ? H5Aget_space(obj) : H5Dget_space(obj);
 474     hsize_t size = H5Tget_size(nativeType);
 475     *totalSize = 1;
 476     *dims = new hsize_t[__SCILAB_HDF5_MAX_DIMS__]();
 477     *ndims = H5Sget_simple_extent_dims(space, *dims, 0);
 478
 479     if (H5Tget_class(nativeType) == H5T_STRING && !H5Tis_variable_str(nativeType))
 480     {
 481         // We have a C-string so it is null terminated
 482         size++;
 483     }
 484
 485     *dataSize = size;
 486
 487     for (unsigned int i = 0; i < *ndims; i++)
 488     {
 489         *totalSize *= (*dims)[i];
 490     }
 491
 492     size *= *totalSize;
 493
 494     if ((hsize_t)((size_t)size) != size)
 495     {
 496         H5Tclose(type);
 497         H5Tclose(nativeType);
 498         H5Sclose(space);
 499         delete[] *dims;
 500         throw H5Exception(__LINE__, __FILE__, _("Memory to allocate is too big"));
 501     }
 502
 503     *data = static_cast<void *>(new char[(size_t)size]());
 504     if (!*data)
 505     {
 506         H5Tclose(type);
 507         H5Tclose(nativeType);
 508         H5Sclose(space);
 509         delete[] *dims;
 510         throw H5Exception(__LINE__, __FILE__, _("Cannot allocate memory to get the data"));
 511     }
 512
 513     if ((isAttribute && H5Aread(obj, nativeType, *data) < 0)
 514         || (!isAttribute && H5Dread(obj, nativeType, H5S_ALL, space, H5P_DEFAULT, *data) < 0))
 515     {
 516         H5Tclose(type);
 517         H5Tclose(nativeType);
 518         H5Sclose(space);
 519         delete[] static_cast<char *>(*data);
 520         delete[] *dims;
 521         throw H5Exception(__LINE__, __FILE__, _("Cannot retrieve the data from the attribute"));
 522     }
 523
 524     H5Tclose(nativeType);
 525     H5Sclose(space);
 526 }
 527 */
 528
 529 void H5DataFactory::getNativeData(const hid_t obj, const hid_t space, hsize_t * selectdims, const hid_t type, hsize_t * totalSize, hsize_t * dataSize, hsize_t * ndims, hsize_t ** dims, void ** data, const bool isAttribute)
 530 {
 531     hid_t nativeType = H5Tget_native_type(type, H5T_DIR_DEFAULT);
 532     hid_t _space = space < 0 ? (isAttribute ? H5Aget_space(obj) : H5Dget_space(obj)) : space;
 533     hsize_t size = H5Tget_size(nativeType);
 534     H5S_sel_type sel;
 535     hid_t targetspace;
 536     herr_t err;
 537     hsize_t * blockbuf = 0;
 538     bool hyperslab = false;
 539
 540     *totalSize = 1;
 541     if (H5Tget_class(nativeType) == H5T_STRING && !H5Tis_variable_str(nativeType))
 542     {
 543         // We have a C-string so it is null terminated
 544         size++;
 545     }
 546
 547     *dataSize = size;
 548     *ndims = H5Sget_simple_extent_dims(_space, 0, 0);
 549     *dims = new hsize_t[*ndims];
 550
 551     if (isAttribute)
 552     {
 553         H5Sget_simple_extent_dims(_space, *dims, 0);
 554     }
 555     else
 556     {
 557         sel = H5Sget_select_type(_space);
 558         switch (sel)
 559         {
 560             case H5S_SEL_NONE:
 561             case H5S_SEL_ALL:
 562                 H5Sget_simple_extent_dims(_space, *dims, 0);
 563                 for (unsigned int i = 0; i < *ndims; i++)
 564                 {
 565                     *totalSize *= (*dims)[i];
 566                 }
 567                 break;
 568             case H5S_SEL_POINTS:
 569                 break;
 570             case H5S_SEL_HYPERSLABS:
 571                 for (unsigned int i = 0; i < *ndims; i++)
 572                 {
 573                     (*dims)[i] = selectdims[i];
 574                     *totalSize *= (*dims)[i];
 575                 }
 576                 hyperslab = true;
 577         }
 578     }
 579
 580     size *= *totalSize;
 581
 582     if ((hsize_t)((size_t)size) != size)
 583     {
 584         H5Tclose(type);
 585         H5Tclose(nativeType);
 586         if (space < 0)
 587         {
 588             H5Sclose(_space);
 589         }
 590         delete[] *dims;
 591         throw H5Exception(__LINE__, __FILE__, _("Memory to allocate is too big"));
 592     }
 593
 594     *data = static_cast<void *>(new char[(size_t)size]());
 595     if (!*data)
 596     {
 597         H5Tclose(type);
 598         H5Tclose(nativeType);
 599         if (space < 0)
 600         {
 601             H5Sclose(_space);
 602         }
 603         delete[] *dims;
 604         throw H5Exception(__LINE__, __FILE__, _("Cannot allocate memory to get the data"));
 605     }
 606
 607     if (hyperslab)
 608     {
 609         targetspace =  H5Screate_simple(*ndims, *dims, 0);
 610         err = H5Dread(obj, nativeType, targetspace, _space, H5P_DEFAULT, *data);
 611         H5Sclose(targetspace);
 612     }
 613     else
 614     {
 615         if (isAttribute)
 616         {
 617             err = H5Aread(obj, nativeType, *data);
 618         }
 619         else
 620         {
 621             err = H5Dread(obj, nativeType, H5S_ALL, H5S_ALL, H5P_DEFAULT, *data);
 622         }
 623     }
 624
 625     if (err < 0)
 626     {
 627         H5Tclose(type);
 628         H5Tclose(nativeType);
 629         if (space < 0)
 630         {
 631             H5Sclose(_space);
 632         }
 633         delete[] static_cast<char *>(*data);
 634         delete[] *dims;
 635         throw H5Exception(__LINE__, __FILE__, _("Cannot retrieve the data from the attribute"));
 636     }
 637
 638     H5Tclose(nativeType);
 639     if (space < 0)
 640     {
 641         H5Sclose(_space);
 642     }
 643 }
 644 }