Merge remote-tracking branch 'origin/master' into YaSp 50/15250/1
Vincent COUVERT [Fri, 19 Sep 2014 07:47:49 +0000 (09:47 +0200)]
Conflicts:
scilab/configure
scilab/modules/dynamic_link/src/c/dynamic_link.c
scilab/modules/javasci/Makefile.in
scilab/modules/polynomials/sci_gateway/fortran/sci_f_bezout.f

Change-Id: Id25f0afcb649b3881ff0c8bb27261a8c80e1dca8

1  2 
scilab/configure
scilab/configure.ac
scilab/modules/core/includes/machine.h.in
scilab/modules/graphics/src/c/getHandleProperty/set_border_property.c
scilab/modules/matio/tests/unit_tests/savematfile.tst
scilab/modules/xml/tests/unit_tests/xmlAddNs.tst
scilab/modules/xml/tests/unit_tests/xmlRead.tst

@@@ -11595,7 -11057,7 +11603,7 @@@ $as_echo "$ac_java_classpath" >&6; 
  $as_echo_n "checking to see if the java compiler works... " >&6; }
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 11598 "configure"
 -// #line 11060 "configure"
++// #line 11606 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  
@@@ -11682,7 -11144,7 +11690,7 @@@ $as_echo_n "checking type of jvm... " >
      if test "x$ac_java_jvm_name" = "x" ; then
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 11685 "configure"
 -// #line 11147 "configure"
++// #line 11693 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import gnu.java.io.EncodingManager;
@@@ -11766,7 -11228,7 +11774,7 @@@ $as_echo_n "checking java API version..
      # The class java.nio.charset.Charset is new to 1.4
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 11769 "configure"
 -// #line 11231 "configure"
++// #line 11777 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import java.nio.charset.Charset;
      # The class java.lang.StringBuilder is new to 1.5
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 11834 "configure"
 -// #line 11296 "configure"
++// #line 11842 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import java.lang.StringBuilder;
      # The class java.util.ArrayDeque is new to 1.6
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 11899 "configure"
 -// #line 11361 "configure"
++// #line 11907 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import java.util.ArrayDeque;
      # The class java.nio.file.Path is new to 1.7
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 11964 "configure"
 -// #line 11426 "configure"
++// #line 11972 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import java.nio.file.Path;
      # The class java.util.stream.DoubleStream is new to 1.8
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 12029 "configure"
 -// #line 11491 "configure"
++// #line 12037 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import java.util.stream.DoubleStream;
@@@ -13404,7 -12866,7 +13412,7 @@@ $as_echo_n "checking jgraphx... " >&6; 
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 13407 "configure"
 -// #line 12869 "configure"
++// #line 13415 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import com.mxgraph.model.mxCell;
@@@ -13511,7 -12973,7 +13519,7 @@@ $as_echo_n "checking minimal version (2
     if test "x" == "x"; then
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 13514 "configure"
 -// #line 12976 "configure"
++// #line 13522 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import com.mxgraph.view.mxGraph;
     else
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 13586 "configure"
 -// #line 13048 "configure"
++// #line 13594 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import com.mxgraph.view.mxGraph;
@@@ -13677,7 -13139,7 +13685,7 @@@ $as_echo_n "checking scirenderer... " >
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 13680 "configure"
 -// #line 13142 "configure"
++// #line 13688 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.scilab.forge.scirenderer.PackageInfo;
@@@ -13784,7 -13246,7 +13792,7 @@@ $as_echo_n "checking minimal version (1
     if test "x" == "x"; then
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 13787 "configure"
 -// #line 13249 "configure"
++// #line 13795 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.scilab.forge.scirenderer.PackageInfo;
     else
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 13859 "configure"
 -// #line 13321 "configure"
++// #line 13867 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.scilab.forge.scirenderer.PackageInfo;
@@@ -13955,7 -13417,7 +13963,7 @@@ $as_echo_n "checking flexdock... " >&6
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 13958 "configure"
 -// #line 13420 "configure"
++// #line 13966 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.flexdock.docking.DockingManager;
@@@ -14062,7 -13524,7 +14070,7 @@@ $as_echo_n "checking minimal version (1
     if test "x" == "x"; then
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 14065 "configure"
 -// #line 13527 "configure"
++// #line 14073 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.flexdock.util.Utilities;
     else
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 14137 "configure"
 -// #line 13599 "configure"
++// #line 14145 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.flexdock.util.Utilities;
@@@ -14225,7 -13687,7 +14233,7 @@@ $as_echo_n "checking looks... " >&6; 
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 14228 "configure"
 -// #line 13690 "configure"
++// #line 14236 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import com.jgoodies.looks.common.MenuItemRenderer;
@@@ -14342,7 -13804,7 +14350,7 @@@ $as_echo_n "checking jgoodies-looks... 
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 14345 "configure"
 -// #line 13807 "configure"
++// #line 14353 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import com.jgoodies.looks.common.MenuItemRenderer;
@@@ -14460,7 -13922,7 +14468,7 @@@ $as_echo_n "checking skinlf... " >&6; 
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 14463 "configure"
 -// #line 13925 "configure"
++// #line 14471 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import com.l2fprod.util.AccessUtils;
@@@ -14577,7 -14039,7 +14585,7 @@@ $as_echo_n "checking jogl2... " >&6; 
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 14580 "configure"
 -// #line 14042 "configure"
++// #line 14588 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import javax.media.opengl.glu.GLUnurbs;
@@@ -14800,7 -14262,7 +14808,7 @@@ $as_echo_n "checking gluegen2-rt... " >
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 14803 "configure"
 -// #line 14265 "configure"
++// #line 14811 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import jogamp.common.os.MachineDescriptionRuntime;
@@@ -14974,7 -14436,7 +14982,7 @@@ $as_echo_n "checking jhall... " >&6; 
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 14977 "configure"
 -// #line 14439 "configure"
++// #line 14985 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import javax.help.JHelp;
@@@ -15089,7 -14551,7 +15097,7 @@@ $as_echo_n "checking javahelp2... " >&6
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 15092 "configure"
 -// #line 14554 "configure"
++// #line 15100 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import javax.help.JHelp;
@@@ -15207,7 -14669,7 +15215,7 @@@ $as_echo_n "checking jrosetta-API... " 
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 15210 "configure"
 -// #line 14672 "configure"
++// #line 15218 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import com.artenum.rosetta.interfaces.core.ConsoleConfiguration;
@@@ -15321,7 -14783,7 +15329,7 @@@ $as_echo_n "checking jrosetta-api... " 
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 15324 "configure"
 -// #line 14786 "configure"
++// #line 15332 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import com.artenum.rosetta.interfaces.core.ConsoleConfiguration;
@@@ -15439,7 -14901,7 +15447,7 @@@ $as_echo_n "checking jrosetta-engine..
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 15442 "configure"
 -// #line 14904 "configure"
++// #line 15450 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import com.artenum.rosetta.core.action.AbstractConsoleAction;
@@@ -15545,7 -15007,7 +15553,7 @@@ $as_echo_n "checking minimal version (1
     if test "x" == "x"; then
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 15548 "configure"
 -// #line 15010 "configure"
++// #line 15556 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import com.artenum.rosetta.util.ConfigurationBuilder;
     else
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 15620 "configure"
 -// #line 15082 "configure"
++// #line 15628 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import com.artenum.rosetta.util.ConfigurationBuilder;
@@@ -15710,7 -15172,7 +15718,7 @@@ $as_echo_n "checking jeuclid-core... " 
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 15713 "configure"
 -// #line 15175 "configure"
++// #line 15721 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import net.sourceforge.jeuclid.LayoutContext;
@@@ -15829,7 -15291,7 +15837,7 @@@ $as_echo_n "checking fop... " >&6; 
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 15832 "configure"
 -// #line 15294 "configure"
++// #line 15840 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.apache.fop.pdf.PDFInfo;
@@@ -15953,7 -15415,7 +15961,7 @@@ $as_echo_n "checking freehep-graphics2d
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 15956 "configure"
 -// #line 15418 "configure"
++// #line 15964 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.freehep.graphics2d.VectorGraphics;
@@@ -16070,7 -15532,7 +16078,7 @@@ $as_echo_n "checking freehep-graphicsio
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 16073 "configure"
 -// #line 15535 "configure"
++// #line 16081 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.freehep.graphicsio.emf.EMFGraphics2D;
@@@ -16187,7 -15649,7 +16195,7 @@@ $as_echo_n "checking freehep-graphicsio
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 16190 "configure"
 -// #line 15652 "configure"
++// #line 16198 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.freehep.graphicsio.VectorGraphicsIO;
@@@ -16304,7 -15766,7 +16312,7 @@@ $as_echo_n "checking freehep-io... " >&
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 16307 "configure"
 -// #line 15769 "configure"
++// #line 16315 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.freehep.util.io.XMLSequence;
@@@ -16421,7 -15883,7 +16429,7 @@@ $as_echo_n "checking freehep-util... " 
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 16424 "configure"
 -// #line 15886 "configure"
++// #line 16432 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.freehep.util.StringUtilities;
@@@ -16539,7 -16001,7 +16547,7 @@@ $as_echo_n "checking batik-all... " >&6
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 16542 "configure"
 -// #line 16004 "configure"
++// #line 16550 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.apache.batik.parser.Parser;
@@@ -16656,7 -16118,7 +16664,7 @@@ $as_echo_n "checking batik... " >&6; 
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 16659 "configure"
 -// #line 16121 "configure"
++// #line 16667 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.apache.batik.parser.Parser;
@@@ -16763,7 -16225,7 +16771,7 @@@ $as_echo_n "checking minimal version (1
     if test "x" == "x"; then
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 16766 "configure"
 -// #line 16228 "configure"
++// #line 16774 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.apache.batik.Version;
     else
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 16838 "configure"
 -// #line 16300 "configure"
++// #line 16846 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.apache.batik.Version;
@@@ -16926,7 -16388,7 +16934,7 @@@ $as_echo_n "checking commons-io... " >&
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 16929 "configure"
 -// #line 16391 "configure"
++// #line 16937 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.apache.commons.io.output.CountingOutputStream;
@@@ -17043,7 -16505,7 +17051,7 @@@ $as_echo_n "checking xmlgraphics-common
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 17046 "configure"
 -// #line 16508 "configure"
++// #line 17054 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.apache.xmlgraphics.util.Service;
@@@ -17160,7 -16622,7 +17168,7 @@@ $as_echo_n "checking avalon-framework..
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 17163 "configure"
 -// #line 16625 "configure"
++// #line 17171 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.apache.avalon.framework.configuration.ConfigurationException;
@@@ -17277,7 -16739,7 +17285,7 @@@ $as_echo_n "checking xml-apis-ext... " 
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 17280 "configure"
 -// #line 16742 "configure"
++// #line 17288 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.w3c.dom.svg.SVGDocument;
@@@ -17394,7 -16856,7 +17402,7 @@@ $as_echo_n "checking xml-commons-apis-e
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 17397 "configure"
 -// #line 16859 "configure"
++// #line 17405 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.w3c.dom.svg.SVGDocument;
@@@ -17515,7 -16977,7 +17523,7 @@@ $as_echo_n "checking commons-logging..
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 17518 "configure"
 -// #line 16980 "configure"
++// #line 17526 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.apache.commons.logging.LogFactory;
@@@ -17632,7 -17094,7 +17640,7 @@@ $as_echo_n "checking jlatexmath... " >&
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 17635 "configure"
 -// #line 17097 "configure"
++// #line 17643 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.scilab.forge.jlatexmath.TeXFormula;
@@@ -17739,7 -17201,7 +17747,7 @@@ $as_echo_n "checking minimal version (1
     if test "x" == "x"; then
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 17742 "configure"
 -// #line 17204 "configure"
++// #line 17750 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.scilab.forge.jlatexmath.TeXFormula;
     else
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 17814 "configure"
 -// #line 17276 "configure"
++// #line 17822 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.scilab.forge.jlatexmath.TeXFormula;
@@@ -17902,7 -17364,7 +17910,7 @@@ $as_echo_n "checking jlatexmath-fop... 
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 17905 "configure"
 -// #line 17367 "configure"
++// #line 17913 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.scilab.forge.jlatexmath.fop.JLaTeXMathObj;
@@@ -18025,7 -17487,7 +18033,7 @@@ $as_echo_n "checking checkstyle... " >&
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 18028 "configure"
 -// #line 17490 "configure"
++// #line 18036 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import com.puppycrawl.tools.checkstyle.CheckStyleTask;
@@@ -18142,7 -17604,7 +18150,7 @@@ $as_echo_n "checking commons-beanutils.
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 18145 "configure"
 -// #line 17607 "configure"
++// #line 18153 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.apache.commons.beanutils.Converter;
@@@ -18259,7 -17721,7 +18267,7 @@@ $as_echo_n "checking antlr... " >&6; 
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 18262 "configure"
 -// #line 17724 "configure"
++// #line 18270 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import antlr.TokenStreamException;
@@@ -18376,7 -17838,7 +18384,7 @@@ $as_echo_n "checking junit4... " >&6; 
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 18379 "configure"
 -// #line 17841 "configure"
++// #line 18387 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.junit.Assert;
@@@ -18490,7 -17952,7 +18498,7 @@@ $as_echo_n "checking junit... " >&6; 
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 18493 "configure"
 -// #line 17955 "configure"
++// #line 18501 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.junit.Assert;
@@@ -18611,7 -18073,7 +18619,7 @@@ $as_echo_n "checking cobertura... " >&6
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 18614 "configure"
 -// #line 18076 "configure"
++// #line 18622 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import net.sourceforge.cobertura.merge.Main;
@@@ -18728,7 -18190,7 +18736,7 @@@ $as_echo_n "checking asm3... " >&6; 
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 18731 "configure"
 -// #line 18193 "configure"
++// #line 18739 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.objectweb.asm.Type;
@@@ -18842,7 -18304,7 +18850,7 @@@ $as_echo_n "checking asm... " >&6; 
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 18845 "configure"
 -// #line 18307 "configure"
++// #line 18853 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.objectweb.asm.Type;
@@@ -18959,7 -18421,7 +18967,7 @@@ $as_echo_n "checking ecj... " >&6; 
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 18962 "configure"
 -// #line 18424 "configure"
++// #line 18970 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.eclipse.jdt.core.compiler.batch.BatchCompiler;
  
  
  #################
 +## EIGEN
 +#################
 +
 +ac_ext=cpp
 +ac_cpp='$CXXCPP $CPPFLAGS'
 +ac_compile='$CXX -c $CXXFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
 +ac_link='$CXX -o conftest$ac_exeext $CXXFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
 +ac_compiler_gnu=$ac_cv_cxx_compiler_gnu
 +{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking how to run the C++ preprocessor" >&5
 +$as_echo_n "checking how to run the C++ preprocessor... " >&6; }
 +if test -z "$CXXCPP"; then
 +  if ${ac_cv_prog_CXXCPP+:} false; then :
 +  $as_echo_n "(cached) " >&6
 +else
 +      # Double quotes because CXXCPP needs to be expanded
 +    for CXXCPP in "$CXX -E" "/lib/cpp"
 +    do
 +      ac_preproc_ok=false
 +for ac_cxx_preproc_warn_flag in '' yes
 +do
 +  # Use a header file that comes with gcc, so configuring glibc
 +  # with a fresh cross-compiler works.
 +  # Prefer <limits.h> to <assert.h> if __STDC__ is defined, since
 +  # <limits.h> exists even on freestanding compilers.
 +  # On the NeXT, cc -E runs the code through the compiler's parser,
 +  # not just through cpp. "Syntax error" is here to catch this case.
 +  cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
 +/* end confdefs.h.  */
 +#ifdef __STDC__
 +# include <limits.h>
 +#else
 +# include <assert.h>
 +#endif
 +                   Syntax error
 +_ACEOF
 +if ac_fn_cxx_try_cpp "$LINENO"; then :
 +
 +else
 +  # Broken: fails on valid input.
 +continue
 +fi
 +rm -f conftest.err conftest.i conftest.$ac_ext
 +
 +  # OK, works on sane cases.  Now check whether nonexistent headers
 +  # can be detected and how.
 +  cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
 +/* end confdefs.h.  */
 +#include <ac_nonexistent.h>
 +_ACEOF
 +if ac_fn_cxx_try_cpp "$LINENO"; then :
 +  # Broken: success on invalid input.
 +continue
 +else
 +  # Passes both tests.
 +ac_preproc_ok=:
 +break
 +fi
 +rm -f conftest.err conftest.i conftest.$ac_ext
 +
 +done
 +# Because of `break', _AC_PREPROC_IFELSE's cleaning code was skipped.
 +rm -f conftest.i conftest.err conftest.$ac_ext
 +if $ac_preproc_ok; then :
 +  break
 +fi
 +
 +    done
 +    ac_cv_prog_CXXCPP=$CXXCPP
 +
 +fi
 +  CXXCPP=$ac_cv_prog_CXXCPP
 +else
 +  ac_cv_prog_CXXCPP=$CXXCPP
 +fi
 +{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $CXXCPP" >&5
 +$as_echo "$CXXCPP" >&6; }
 +ac_preproc_ok=false
 +for ac_cxx_preproc_warn_flag in '' yes
 +do
 +  # Use a header file that comes with gcc, so configuring glibc
 +  # with a fresh cross-compiler works.
 +  # Prefer <limits.h> to <assert.h> if __STDC__ is defined, since
 +  # <limits.h> exists even on freestanding compilers.
 +  # On the NeXT, cc -E runs the code through the compiler's parser,
 +  # not just through cpp. "Syntax error" is here to catch this case.
 +  cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
 +/* end confdefs.h.  */
 +#ifdef __STDC__
 +# include <limits.h>
 +#else
 +# include <assert.h>
 +#endif
 +                   Syntax error
 +_ACEOF
 +if ac_fn_cxx_try_cpp "$LINENO"; then :
 +
 +else
 +  # Broken: fails on valid input.
 +continue
 +fi
 +rm -f conftest.err conftest.i conftest.$ac_ext
 +
 +  # OK, works on sane cases.  Now check whether nonexistent headers
 +  # can be detected and how.
 +  cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
 +/* end confdefs.h.  */
 +#include <ac_nonexistent.h>
 +_ACEOF
 +if ac_fn_cxx_try_cpp "$LINENO"; then :
 +  # Broken: success on invalid input.
 +continue
 +else
 +  # Passes both tests.
 +ac_preproc_ok=:
 +break
 +fi
 +rm -f conftest.err conftest.i conftest.$ac_ext
 +
 +done
 +# Because of `break', _AC_PREPROC_IFELSE's cleaning code was skipped.
 +rm -f conftest.i conftest.err conftest.$ac_ext
 +if $ac_preproc_ok; then :
 +
 +else
 +  { { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: in \`$ac_pwd':" >&5
 +$as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
 +as_fn_error $? "C++ preprocessor \"$CXXCPP\" fails sanity check
 +See \`config.log' for more details" "$LINENO" 5; }
 +fi
 +
 +ac_ext=cpp
 +ac_cpp='$CXXCPP $CPPFLAGS'
 +ac_compile='$CXX -c $CXXFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
 +ac_link='$CXX -o conftest$ac_exeext $CXXFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
 +ac_compiler_gnu=$ac_cv_cxx_compiler_gnu
 +
 +
 +
 +ac_ext=cpp
 +ac_cpp='$CXXCPP $CPPFLAGS'
 +ac_compile='$CXX -c $CXXFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
 +ac_link='$CXX -o conftest$ac_exeext $CXXFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
 +ac_compiler_gnu=$ac_cv_cxx_compiler_gnu
 +
 +
 +
 +# Check whether --with-eigen_include was given.
 +if test "${with_eigen_include+set}" = set; then :
 +  withval=$with_eigen_include; with_eigen_include=$withval
 +else
 +  with_eigen_include='yes'
 +
 +fi
 +
 +
 +
 +save_CPPFLAGS="$CPPFLAGS"
 +
 +if test "x$with_eigen_include" != "xyes"; then
 +      CPPFLAGS="-I$with_eigen_include"
 +      ac_fn_cxx_check_header_mongrel "$LINENO" "Eigen/Sparse" "ac_cv_header_Eigen_Sparse" "$ac_includes_default"
 +if test "x$ac_cv_header_Eigen_Sparse" = xyes; then :
 +  EIGEN_CPPFLAGS="$CPPFLAGS"
 +else
 +  as_fn_error $? "Cannot find headers (Eigen/Sparse) of the library EIGEN in $with_eigen_include. Please install the dev package (Debian : libeigen3-dev)" "$LINENO" 5
 +
 +fi
 +
 +
 +    PATH_TO_EIGEN=$with_eigen_include
 +else
 +      ac_fn_cxx_check_header_mongrel "$LINENO" "Eigen/Sparse" "ac_cv_header_Eigen_Sparse" "$ac_includes_default"
 +if test "x$ac_cv_header_Eigen_Sparse" = xyes; then :
 +  EIGEN_CPPFLAGS=""
 +else
 +         $as_unset ac_cv_header_Eigen_Sparse
 +                CPPFLAGS="-I/usr/include/eigen3/"
 +                ac_fn_cxx_check_header_mongrel "$LINENO" "Eigen/Sparse" "ac_cv_header_Eigen_Sparse" "$ac_includes_default"
 +if test "x$ac_cv_header_Eigen_Sparse" = xyes; then :
 +  EIGEN_CPPFLAGS=$CPPFLAGS
 +else
 +  as_fn_error $? "Cannot find headers (Eigen/Sparse) of the library eigen. Please install the dev package (Debian : libeigen3-dev)" "$LINENO" 5
 +
 +fi
 +
 +
 +
 +fi
 +
 +
 +    PATH_TO_EIGEN="/usr/include/eigen3/"
 +fi
 +CPPFLAGS="$save_CPPFLAGS"
 +
 +CHK_EIGEN_WORLD=3
 +CHK_EIGEN_MAJOR=1
 +CHK_EIGEN_MINOR=0
 +
 +{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking if Eigen is version $CHK_EIGEN_WORLD.$CHK_EIGEN_MAJOR.$CHK_EIGEN_MINOR or later" >&5
 +$as_echo_n "checking if Eigen is version $CHK_EIGEN_WORLD.$CHK_EIGEN_MAJOR.$CHK_EIGEN_MINOR or later... " >&6; }
 +cat > conftest.$ac_ext <<EOF
- #line 23197 "configure"
++#line 23205 "configure"
 +#include "confdefs.h"
 +
 +#include "$PATH_TO_EIGEN/Eigen/Sparse"
 +#if EIGEN_VERSION_AT_LEAST(3,1,0)
 +EIGEN_VERSION_OK
 +#endif
 +
 +EOF
 +if (eval "$ac_cpp conftest.$ac_ext") 2>&5 |
 +  grep "EIGEN_VERSION_OK" >/dev/null 2>&1; then
 +  rm -rf conftest*
 +  \
 +EIGEN_VERSION_OK=1
 +else
 +  rm -rf conftest*
 +  \
 +EIGEN_VERSION_OK=0
 +fi
 +rm -f conftest*
 +
 +if test $EIGEN_VERSION_OK = 0; then
 +   as_fn_error $? "Version $CHK_EIGEN_WORLD.$CHK_EIGEN_MAJOR.$CHK_EIGEN_MINOR of Eigen expected (at least)" "$LINENO" 5
 +else
 +   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: yes" >&5
 +$as_echo "yes" >&6; }
 +fi
 +
 +
 +
 +$as_echo "#define WITH_EIGEN /**/" >>confdefs.h
 +
 +ac_ext=c
 +ac_cpp='$CPP $CPPFLAGS'
 +ac_compile='$CC -c $CFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
 +ac_link='$CC -o conftest$ac_exeext $CFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
 +ac_compiler_gnu=$ac_cv_c_compiler_gnu
 +
 +
 +
 +
 +#################
  ## MPI
  #################
  
@@@ -27745,7 -26965,7 +27753,7 @@@ CPPFLAGS="$CPPFLAGS -I$CHK_TCL_INCLUDE_
  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking if tcl is version $CHK_TCL_MAJOR.$CHK_TCL_MINOR or later" >&5
  $as_echo_n "checking if tcl is version $CHK_TCL_MAJOR.$CHK_TCL_MINOR or later... " >&6; }
  cat > conftest.$ac_ext <<EOF
- #line 27748 "configure"
 -#line 26968 "configure"
++#line 27756 "configure"
  #include "confdefs.h"
  
  #include "$CHK_TCL_INCLUDE_PATH/$CHK_TCL_INC_NAME"
@@@ -28056,7 -27276,7 +28064,7 @@@ CPPFLAGS="$CPPFLAGS $TCL_INC_PATH -I$CH
  $as_echo_n "checking if tk is version $CHK_TK_MAJOR.$CHK_TK_MINOR or later... " >&6; }
  
  cat > conftest.$ac_ext <<EOF
- #line 28059 "configure"
 -#line 27279 "configure"
++#line 28067 "configure"
  #include "confdefs.h"
  
  #include "$CHK_TK_INCLUDE_PATH/$CHK_TK_INC_NAME"
@@@ -28640,7 -27860,7 +28648,7 @@@ $as_echo_n "checking saxon9he... " >&6
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 28643 "configure"
 -// #line 27863 "configure"
++// #line 28651 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import net.sf.saxon.Version;
@@@ -28755,7 -27975,7 +28763,7 @@@ $as_echo_n "checking saxon... " >&6; 
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 28758 "configure"
 -// #line 27978 "configure"
++// #line 28766 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import net.sf.saxon.Version;
@@@ -28871,7 -28091,7 +28879,7 @@@ $as_echo_n "checking saxon... " >&6; 
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 28874 "configure"
 -// #line 28094 "configure"
++// #line 28882 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import com.icl.saxon.Loader;
Simple merge