* Code coverage with Cobertura 72/6872/14
Sylvestre Ledru [Tue, 3 Apr 2012 17:46:23 +0000 (19:46 +0200)]
make codecoverage-java run all
or
in a module
cd modules/xxx/ && ant codecoverage

* reports will be available with:
<browser> reports/html/index.html
<browser> reports/html-codecoverage/index.html

* move the Quality assurance ant built into a dedicated file build.qa.incl.xml
It includes unitary testing with junit, code convention with checkstyle and
code coverage with cobertura

* Extends scilab-lib.properties with the path to the sources

Change-Id: I90f5e4bea8de5ea060d4c700e0caabee09371aed

92 files changed:
scilab/Makefile.am
scilab/Makefile.in
scilab/build.incl.xml
scilab/build.qa.incl.xml [new file with mode: 0644]
scilab/configure
scilab/configure.ac
scilab/contrib/Makefile.in
scilab/desktop/Makefile.in
scilab/desktop/images/icons/Makefile.in
scilab/libs/MALLOC/Makefile.in
scilab/libs/Makefile.in
scilab/libs/doublylinkedlist/Makefile.in
scilab/libs/dynamiclibrary/Makefile.in
scilab/libs/hashtable/Makefile.in
scilab/libs/libst/Makefile.in
scilab/modules/Makefile.in
scilab/modules/action_binding/Makefile.in
scilab/modules/api_scilab/Makefile.in
scilab/modules/arnoldi/Makefile.in
scilab/modules/atoms/Makefile.in
scilab/modules/boolean/Makefile.in
scilab/modules/cacsd/Makefile.in
scilab/modules/call_scilab/Makefile.in
scilab/modules/commons/Makefile.in
scilab/modules/compatibility_functions/Makefile.in
scilab/modules/completion/Makefile.in
scilab/modules/console/Makefile.in
scilab/modules/core/Makefile.in
scilab/modules/data_structures/Makefile.in
scilab/modules/demo_tools/Makefile.in
scilab/modules/development_tools/Makefile.in
scilab/modules/development_tools/src/fake/Makefile.in
scilab/modules/differential_equations/Makefile.in
scilab/modules/double/Makefile.in
scilab/modules/dynamic_link/Makefile.in
scilab/modules/elementary_functions/Makefile.in
scilab/modules/fftw/Makefile.in
scilab/modules/fileio/Makefile.in
scilab/modules/functions/Makefile.in
scilab/modules/genetic_algorithms/Makefile.in
scilab/modules/graph/Makefile.in
scilab/modules/graphic_export/Makefile.in
scilab/modules/graphics/Makefile.in
scilab/modules/gui/Makefile.in
scilab/modules/hdf5/Makefile.in
scilab/modules/helptools/Makefile.in
scilab/modules/history_browser/Makefile.in
scilab/modules/history_manager/Makefile.in
scilab/modules/integer/Makefile.in
scilab/modules/interpolation/Makefile.in
scilab/modules/intersci/Makefile.in
scilab/modules/io/Makefile.in
scilab/modules/javasci/Makefile.in
scilab/modules/jvm/Makefile.in
scilab/modules/linear_algebra/Makefile.in
scilab/modules/localization/Makefile.in
scilab/modules/m2sci/Makefile.in
scilab/modules/matio/Makefile.in
scilab/modules/mexlib/Makefile.in
scilab/modules/modules_manager/Makefile.in
scilab/modules/optimization/Makefile.in
scilab/modules/output_stream/Makefile.in
scilab/modules/overloading/Makefile.in
scilab/modules/parallel/Makefile.in
scilab/modules/parameters/Makefile.in
scilab/modules/polynomials/Makefile.in
scilab/modules/prebuildjava/Makefile.in
scilab/modules/preferences/Makefile.in
scilab/modules/randlib/Makefile.in
scilab/modules/renderer/Makefile.in
scilab/modules/scicos/Makefile.in
scilab/modules/scicos_blocks/Makefile.in
scilab/modules/scinotes/Makefile.in
scilab/modules/signal_processing/Makefile.in
scilab/modules/simulated_annealing/Makefile.in
scilab/modules/sound/Makefile.in
scilab/modules/sparse/Makefile.in
scilab/modules/special_functions/Makefile.in
scilab/modules/spreadsheet/Makefile.in
scilab/modules/statistics/Makefile.in
scilab/modules/string/Makefile.in
scilab/modules/symbolic/Makefile.in
scilab/modules/tclsci/Makefile.in
scilab/modules/time/Makefile.in
scilab/modules/types/Makefile.in
scilab/modules/ui_data/Makefile.in
scilab/modules/umfpack/Makefile.in
scilab/modules/windows_tools/Makefile.in
scilab/modules/xcos/Makefile.in
scilab/modules/xml/Makefile.in
scilab/scilab-lib.properties.in
scilab/scilab-lib.properties.vc

index 058deea..e190cb3 100644 (file)
@@ -283,6 +283,17 @@ check-java:
                $(ANT) -buildfile $$BASE/build.xml test || exit $$?; \
        done
 
+codecoverage-java:
+       @echo "Check if --enable-debug-java has been set"; \
+       grep "build.debug=on" $(top_srcdir)/scilab.properties > /dev/null || exit 10; \
+       echo "-- Launch all Junit (Java) unitary tests + code coverage"; \
+       MASK="$(top_srcdir)/modules/*/tests/java/"; \
+       MODULES=`ls -d $$MASK`; \
+       for M in $$MODULES; do \
+               BASE=`echo $$M|sed -e "s|tests/java/$$||g"`; \
+               $(ANT) -buildfile $$BASE/build.xml codecoverage || exit $$?; \
+       done
+
 # The user wants to compile the localization files
 # Please note that ALL_LINGUAS is defined in configure.ac
 if GENERATE_LOCALIZATION_FILES
index 0c3d3d9..41d2bc1 100644 (file)
@@ -348,6 +348,7 @@ ANT = @ANT@
 ANTLR = @ANTLR@
 AR = @AR@
 ARPACK_LIBS = @ARPACK_LIBS@
+ASM3 = @ASM3@
 AUTOCONF = @AUTOCONF@
 AUTOHEADER = @AUTOHEADER@
 AUTOMAKE = @AUTOMAKE@
@@ -360,6 +361,7 @@ CCACHE = @CCACHE@
 CCDEPMODE = @CCDEPMODE@
 CFLAGS = @CFLAGS@
 CHECKSTYLE = @CHECKSTYLE@
+COBERTURA = @COBERTURA@
 COMMONS_BEANUTILS = @COMMONS_BEANUTILS@
 COMMONS_IO = @COMMONS_IO@
 COMMONS_LOGGING = @COMMONS_LOGGING@
@@ -1881,6 +1883,17 @@ check-java:
                $(ANT) -buildfile $$BASE/build.xml test || exit $$?; \
        done
 
+codecoverage-java:
+       @echo "Check if --enable-debug-java has been set"; \
+       grep "build.debug=on" $(top_srcdir)/scilab.properties > /dev/null || exit 10; \
+       echo "-- Launch all Junit (Java) unitary tests + code coverage"; \
+       MASK="$(top_srcdir)/modules/*/tests/java/"; \
+       MODULES=`ls -d $$MASK`; \
+       for M in $$MODULES; do \
+               BASE=`echo $$M|sed -e "s|tests/java/$$||g"`; \
+               $(ANT) -buildfile $$BASE/build.xml codecoverage || exit $$?; \
+       done
+
 # The user wants to compile the localization files
 # Please note that ALL_LINGUAS is defined in configure.ac
 @GENERATE_LOCALIZATION_FILES_TRUE@localization:
index 24d2651..72df152 100644 (file)
   <property name="classes.dir" location="${build.dir}/classes"/>
   <!-- Where builded test classes will be generated -->
   <property name="classes.test.dir" location="${build.test.dir}/classes"/>
+  <property name="instrumented.classes.test.dir" location="${build.test.dir}/instrumented-classes"/>
   <!-- Where we store cache files -->
   <property name="cache.dir" location="${build.dir}/cachefile"/>
   <!-- Where we can find the sources -->
   <property name="src.dir" location="src/java/"/>
-  <!-- Where we can find the test sources -->
-  <property name="src.test.dir" location="tests/java/"/>
-  <property name="report.test.dir" location="${base.dir}/junit-report/"/>
-  <property name="report.xml.test.dir" location="${report.test.dir}/xml/"/>
-  <property name="report.html.test.dir" location="${report.test.dir}/html/"/>
-  <!-- Check style definitions -->
-  <property name="checkstyle.config.file" value="${base.dir}/checkstyle/scilab_checkstyle_convention.xml"/>
-  <property name="checkstyle.stylesheet" value="${thirdparty.dir}/checkstyle/contrib/checkstyle-noframes-sorted.xsl"/>
-  <property name="checkstyle.report.dir" value="${build.dir}/checkstyle"/>
-  <property name="checkstyle.xml.report.file" value="${checkstyle.report.dir}/checkstyle_errors.xml"/>
-  <property name="checkstyle.html.report.file" value="${checkstyle.report.dir}/checkstyle_errors.htm"/>
+  
   <property name="modules.dir" value="${base.dir}/modules"/>
   <!-- JAR names -->
   <property file="${base.dir}/scilab-lib.properties"/>
     <pathelement location="${commons-beanutils.jar}"/>
     <pathelement location="${antlr.jar}"/>
   </path>
-  <path id="unittest.classpath">
-    <pathelement location="${junit4.jar}"/>
-    <pathelement location="${jcommander.jar}"/>
-    <pathelement location="${bsh.jar}"/>
-    <pathelement location="${junit.jar}"/>
-    <pathelement location="${qdox.jar}"/>
-  </path>
+  
   <path id="compile.classpath">
     <pathelement location="${library.types.dir}/${library.types.name}"/>
     <pathelement location="${library.graph.dir}/${library.graph.name}"/>
     <pathelement location="${jeuclid-core.jar}"/>
     <pathelement location="${jlatexmath.jar}"/>
   </path>
-  <taskdef resource="checkstyletask.properties" classpathref="checkstyle.classpath"/>
-  <!-- Checkstyle process -->
-  <target name="checkstyle" depends="checkstyle-init" description="Generates a report of code convention violations.">
-    <checkstyle config="${checkstyle.config.file}" failOnViolation="false">
-      <fileset dir="${src.dir}" includes="**/*.java"/>
-      <!-- Location of cache-file. -->
-      <property key="checkstyle.cache.file" file="${cache.dir}"/>
-      <formatter type="plain"/>
-      <formatter type="xml" toFile="${checkstyle.xml.report.file}"/>
-    </checkstyle>
-    <xslt in="${checkstyle.xml.report.file}" out="${checkstyle.html.report.file}" style="${checkstyle.stylesheet}"/>
-  </target>
-  <!-- Create the build directory -->
-  <target name="checkstyle-init">
-    <mkdir dir="${checkstyle.report.dir}"/>
-  </target>
-  <!-- Delete the build directory -->
-  <target name="checkstyle-clean">
-    <delete dir="${checkstyle.report.dir}"/>
-  </target>
-  
-  
-  <!-- Allows the override of the forkMode by local build.xml -->
-  <condition property="forkModeAlreadySet">
-    <isset property="junit.forkMode" />
-  </condition>
-  
-  <target name="detectForkMode" unless="forkModeAlreadySet">
-    <property name="junit.forkMode" value="perBatch"/>
-  </target>
-  
-  
-  <target name="test" depends="existing-tests, compile-test, validate, detectForkMode" if="test-present">
-    <mkdir dir="${report.xml.test.dir}" />
-    <mkdir dir="${report.html.test.dir}" />
-    
-    <junit fork="yes" forkmode="${junit.forkMode}" failureproperty="junit.failure">
-      <classpath>
-        <path refid="unittest.classpath"/>
-        <path refid="compile.classpath"/>
-        <pathelement location="${classes.test.dir}"/>
-      </classpath>
-      
-      <!-- Where ${basedir} is the module base directory -->
-      <env key="SCI" value="${basedir}/../.."/>
-      <jvmarg value="-DtestngTests=1"/>
-      <jvmarg value="-Djava.library.path=${base.dir}/modules/.libs/:${base.dir}/modules/javasci/.libs/:${base.dir}/modules/types/.libs/:${base.dir}/modules/localization/.libs/:${base.dir}/modules/commons/.libs/:${base.dir}/modules/action_binding/.libs/:${base.dir}/thirdparty/:${base.dir}/bin/:/usr/lib/jni/:/usr/lib64/jni:/usr/lib/java/:/usr/lib64/java:"/>
-      
-      <formatter type="brief" useFile="no" />
-      <formatter type="xml" />
-      
-      
-      <batchtest fork="yes" todir="${report.xml.test.dir}" >
-        <fileset dir="tests/java">
-          <include name="**/*.java"/>
-        </fileset>
-      </batchtest>
-      
-    </junit>
-    <junitreport todir="${report.xml.test.dir}">
-      <fileset dir="${report.xml.test.dir}">
-        <include name="*.xml"/>
-      </fileset>
-      <report format="frames" todir="${report.html.test.dir}"/>
-    </junitreport>
-    <fail if="junit.failure" message="Unit test(s) failed. See the report"/>
-  </target>
-  <target name="validate">
-    <!-- Empty target to be override by other build.xml -->
-  </target>
   <target name="init">
     <!-- Check the version of Java. If it changes after the configure
          or if there is a mistake in the build system
-     -->
+    -->
     <fail message="JDK 1.6 or 1.7 required">
       <condition>
         <not>
     <delete dir="${build.jar.dir}"/>
     <delete file="${build.jar.dir}/${library.name}"/>
   </target>
-  <!-- Clean test -->
-  <target name="clean-test" description="Clean test files">
-    <delete dir="${build.test.dir}"/>
-  </target>
   <!-- Compile sources -->
   <target name="compile" description="Build sources" depends="init">
     <javac srcdir="${src.dir}" destdir="${classes.dir}" classpathref="compile.classpath" deprecation="on" debug="${build.debug}" verbose="off" listfiles="on" includeAntRuntime="no" source="6" target="6">
       <compilerarg value="-Xlint"/>
     </javac>
   </target>
-  <target name="existing-tests">
-    <available property="test-present" file="${src.test.dir}"/>
-  </target>
-  <!-- Compile test sources -->
-  <target name="compile-test" description="Build tests" depends="existing-tests, clean-test, jar" if="test-present">
-    <!-- clean the test to make sure it will build properly -->
-    <javac srcdir="${src.test.dir}" destdir="${classes.test.dir}" deprecation="on" debug="${build.debug}" verbose="off" listfiles="on" includeAntRuntime="no" source="6" target="6" encoding="UTF-8">
-      <classpath>
-        <path refid="unittest.classpath"/>
-        <path refid="compile.classpath"/>
-      </classpath>
-    </javac>
-  </target>
+  
   <!-- Create the jar -->
   <target name="jar" description="Build the jar file" depends="compile">
     <jar destfile="${build.jar.dir}/${library.name}" basedir="${classes.dir}">
       </manifest>
     </jar>
   </target>
+  
+  <import file="build.qa.incl.xml"/>
+  
+  
 </project>
diff --git a/scilab/build.qa.incl.xml b/scilab/build.qa.incl.xml
new file mode 100644 (file)
index 0000000..2e6ccd9
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,180 @@
+<project name="common_qa">
+  <!--  Unitary testing + code coverage -->
+  
+  <property name="base.dir" location="../../"/>
+  
+  <!-- JAR names -->
+  <property file="${base.dir}/scilab-lib.properties"/>
+  <property file="${base.dir}/scilab-lib-doc.properties"/>
+  <!-- Configure ANT flags -->
+  <property file="${base.dir}/scilab.properties"/>
+  
+  <!-- Where we can find the test sources -->
+  <property name="test.dir" location="tests/"/>
+  <property name="src.test.dir" location="${test.dir}/java/"/>
+  <property name="report.test.dir" location="${base.dir}/reports/"/>
+  <property name="report.xml.test.dir" location="${report.test.dir}/xml/"/>
+  <property name="report.html.test.dir" location="${report.test.dir}/html/"/>
+  <property name="report.codecoverage.dir" location="${report.test.dir}/codecoverage/"/>
+  <property name="report.codecoverage.html.dir" location="${report.test.dir}/html-codecoverage/"/>
+  
+  <!-- Check style definitions -->
+  <property name="checkstyle.config.file" value="${base.dir}/checkstyle/scilab_checkstyle_convention.xml"/>
+  <property name="checkstyle.stylesheet" value="${thirdparty.dir}/checkstyle/contrib/checkstyle-noframes-sorted.xsl"/>
+  <property name="checkstyle.report.dir" value="${build.dir}/checkstyle"/>
+  <property name="checkstyle.xml.report.file" value="${checkstyle.report.dir}/checkstyle_errors.xml"/>
+  <property name="checkstyle.html.report.file" value="${checkstyle.report.dir}/checkstyle_errors.htm"/>
+  
+  <path id="unittest.classpath">
+    <pathelement location="${junit4.jar}"/>
+  </path>
+  <path id="cobertura_classpath">
+    <pathelement location="${cobertura.jar}"/>
+  </path>
+  
+  <!-- Clean test -->
+  <target name="clean-test" description="Clean test files">
+    <delete dir="${build.test.dir}"/>
+  </target>
+  
+  <target name="existing-tests">
+    <available property="test-present" file="${src.test.dir}"/>
+  </target>
+  
+  <!-- Compile test sources -->
+  <target name="compile-test" description="Build tests" depends="existing-tests, clean-test, jar" if="test-present">
+    <!-- clean the test to make sure it will build properly -->
+    <javac srcdir="${src.test.dir}" destdir="${classes.test.dir}" deprecation="on" debug="${build.debug}" verbose="off" listfiles="on" includeAntRuntime="no" source="6" target="6" encoding="UTF-8">
+      <classpath>
+        <path refid="unittest.classpath"/>
+        <path refid="compile.classpath"/>
+      </classpath>
+    </javac>
+  </target>
+  
+  <taskdef resource="checkstyletask.properties" classpathref="checkstyle.classpath"/>
+  <!-- Checkstyle process -->
+  <target name="checkstyle" depends="checkstyle-init" description="Generates a report of code convention violations.">
+    <checkstyle config="${checkstyle.config.file}" failOnViolation="false">
+      <fileset dir="${src.dir}" includes="**/*.java"/>
+      <!-- Location of cache-file. -->
+      <property key="checkstyle.cache.file" file="${cache.dir}"/>
+      <formatter type="plain"/>
+      <formatter type="xml" toFile="${checkstyle.xml.report.file}"/>
+    </checkstyle>
+    <xslt in="${checkstyle.xml.report.file}" out="${checkstyle.html.report.file}" style="${checkstyle.stylesheet}"/>
+  </target>
+  <!-- Create the build directory -->
+  <target name="checkstyle-init">
+    <mkdir dir="${checkstyle.report.dir}"/>
+  </target>
+  <!-- Delete the build directory -->
+  <target name="checkstyle-clean">
+    <delete dir="${checkstyle.report.dir}"/>
+  </target>
+  
+  
+  <!-- Allows the override of the forkMode by local build.xml -->
+  <condition property="forkModeAlreadySet">
+    <isset property="junit.forkMode" />
+  </condition>
+  
+  <target name="validate">
+    <!-- Empty target to be override by other build.xml -->
+  </target>
+  
+  <taskdef classpathref="cobertura_classpath" resource="tasks.properties" />
+  
+  <target name="instrument">
+    <cobertura-instrument todir="${instrumented.classes.test.dir}" datafile="${report.test.dir}/${library.name}.ser">
+      <fileset dir="${classes.dir}">
+        <include name="**/*.class" />
+      </fileset>
+    </cobertura-instrument>
+  </target>
+  
+  <target name="codecoverage" depends="compile-test, instrument, test">
+    <cobertura-merge>
+      <fileset dir="${report.test.dir}">
+        <include name="*.ser" />
+      </fileset>
+    </cobertura-merge>
+    
+    <cobertura-report format="html" destdir="${report.codecoverage.html.dir}"> 
+      
+      <fileset dir="${library.action_binding.src.dir}">
+        <include name="**/*.java" />
+      </fileset>
+      <fileset dir="${library.commons.src.dir}">
+        <include name="**/*.java" />
+      </fileset>
+      <fileset dir="${library.graph.src.dir}">
+        <include name="**/*.java" />
+      </fileset>
+      <fileset dir="${library.hdf5.src.dir}">
+        <include name="**/*.java" />
+      </fileset>
+      <fileset dir="${library.xcos.src.dir}">
+        <include name="**/*.java" />
+      </fileset>
+      <fileset dir="${library.types.src.dir}">
+        <include name="**/*.java" />
+      </fileset>
+      <fileset dir="${library.javasci.src.dir}">
+        <include name="**/*.java" />
+      </fileset>
+    </cobertura-report>
+    
+  </target>
+  
+  
+  <target name="detectForkMode" unless="forkModeAlreadySet">
+    <property name="junit.forkMode" value="perBatch"/>
+  </target>
+  
+  <target name="test" depends="existing-tests, compile-test, validate, detectForkMode" if="test-present">
+    <mkdir dir="${report.xml.test.dir}" />
+    <mkdir dir="${report.html.test.dir}" />
+    <mkdir dir="${report.codecoverage.dir}/" />
+    <junit fork="yes" forkmode="${junit.forkMode}" failureproperty="junit.failure">
+      <sysproperty key="net.sourceforge.cobertura.datafile"
+                 file="${report.test.dir}/${library.name}.ser" />
+      
+      
+      <classpath location="${instrumented.classes.test.dir}"/>
+      <classpath location="${classes.test.dir}"/>
+      
+      <classpath>
+        <path refid="unittest.classpath"/>
+        <path refid="compile.classpath"/>
+        <pathelement location="${cobertura.jar}"/>
+        <pathelement location="${classes.test.dir}"/>
+        <pathelement location="${classes.dir}"/>
+      </classpath>
+      
+      
+      <!-- Where ${basedir} is the module base directory -->
+      <env key="SCI" value="${basedir}/../.."/>
+      <jvmarg value="-DtestngTests=1"/>
+      <jvmarg value="-Djava.library.path=${base.dir}/modules/.libs/:${base.dir}/modules/javasci/.libs/:${base.dir}/modules/types/.libs/:${base.dir}/modules/localization/.libs/:${base.dir}/modules/commons/.libs/:${base.dir}/modules/action_binding/.libs/:${base.dir}/thirdparty/:${base.dir}/bin/:/usr/lib/jni/:/usr/lib64/jni:/usr/lib/java/:/usr/lib64/java:"/>
+      
+      <formatter type="brief" useFile="no" />
+      <formatter type="xml" />
+      
+      <batchtest fork="yes" todir="${report.xml.test.dir}" >
+        <fileset dir="tests/java/">
+          <include name="**/*.java"/>
+        </fileset>
+      </batchtest>
+    </junit>
+    
+    <junitreport todir="${report.xml.test.dir}">
+      <fileset dir="${report.xml.test.dir}">
+        <include name="*.xml"/>
+      </fileset>
+      <report format="frames" todir="${report.html.test.dir}"/>
+    </junitreport>
+    
+    <fail if="junit.failure" message="Unit test(s) failed. See the report"/>
+  </target>
+</project>
index 6d001e0..c7ae4e0 100755 (executable)
@@ -737,6 +737,8 @@ JAVAC_DEBUG
 JAVA_HOME
 JAVA_JNI_LIBS
 JAVA_JNI_INCLUDE
+ASM3
+COBERTURA
 JUNIT4
 ANTLR
 COMMONS_BEANUTILS
@@ -10568,7 +10570,7 @@ $as_echo "$ac_java_classpath" >&6; }
 $as_echo_n "checking to see if the java compiler works... " >&6; }
 
     cat << \EOF > conftest.java
-// #line 10571 "configure"
+// #line 10573 "configure"
 
 
 public class conftest {
@@ -10634,7 +10636,7 @@ $as_echo_n "checking type of jvm... " >&6; }
     if test "x$ac_java_jvm_name" = "x" ; then
 
     cat << \EOF > conftest.java
-// #line 10637 "configure"
+// #line 10639 "configure"
 import gnu.java.io.EncodingManager;
 
 public class conftest {
@@ -10697,7 +10699,7 @@ $as_echo_n "checking java API version... " >&6; }
     # The class java.nio.charset.Charset is new to 1.4
 
     cat << \EOF > conftest.java
-// #line 10700 "configure"
+// #line 10702 "configure"
 import java.nio.charset.Charset;
 
 public class conftest {
@@ -10741,7 +10743,7 @@ EOF
     # The class java.lang.StringBuilder is new to 1.5
 
     cat << \EOF > conftest.java
-// #line 10744 "configure"
+// #line 10746 "configure"
 import java.lang.StringBuilder;
 
 public class conftest {
@@ -10785,7 +10787,7 @@ EOF
     # The class java.util.ArrayDeque is new to 1.6
 
     cat << \EOF > conftest.java
-// #line 10788 "configure"
+// #line 10790 "configure"
 import java.util.ArrayDeque;
 
 public class conftest {
@@ -10829,7 +10831,7 @@ EOF
     # The class java.nio.file.Path is new to 1.7
 
     cat << \EOF > conftest.java
-// #line 10832 "configure"
+// #line 10834 "configure"
 import java.nio.file.Path;
 
 public class conftest {
@@ -12195,7 +12197,7 @@ $as_echo_n "checking jgraphx... " >&6; }
             export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
 
     cat << \EOF > conftest.java
-// #line 12198 "configure"
+// #line 12200 "configure"
 import com.mxgraph.model.mxCell;
 
 public class conftest {
@@ -12281,7 +12283,7 @@ $as_echo_n "checking minimal version (1.8.0.0) of jgraphx... " >&6; }
    if test "x" == "x"; then
 
     cat << \EOF > conftest.java
-// #line 12284 "configure"
+// #line 12286 "configure"
 import com.mxgraph.view.mxGraph;
 
 public class conftest {
@@ -12332,7 +12334,7 @@ EOF
    else
 
     cat << \EOF > conftest.java
-// #line 12335 "configure"
+// #line 12337 "configure"
 import com.mxgraph.view.mxGraph;
 
 public class conftest {
@@ -12406,7 +12408,7 @@ $as_echo_n "checking jhdf5... " >&6; }
             export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
 
     cat << \EOF > conftest.java
-// #line 12409 "configure"
+// #line 12411 "configure"
 import ncsa.hdf.hdf5lib.HDF5Constants;
 
 public class conftest {
@@ -12553,7 +12555,7 @@ $as_echo_n "checking minimal version (1.8.4) of hdf5... " >&6; }
    if test "x" == "x"; then
 
     cat << \EOF > conftest.java
-// #line 12556 "configure"
+// #line 12558 "configure"
 import ncsa.hdf.hdf5lib.H5;
 
 public class conftest {
@@ -12608,7 +12610,7 @@ EOF
    else
 
     cat << \EOF > conftest.java
-// #line 12611 "configure"
+// #line 12613 "configure"
 import ncsa.hdf.hdf5lib.H5;
 
 public class conftest {
@@ -12689,7 +12691,7 @@ $as_echo_n "checking flexdock... " >&6; }
             export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
 
     cat << \EOF > conftest.java
-// #line 12692 "configure"
+// #line 12694 "configure"
 import org.flexdock.docking.DockingManager;
 
 public class conftest {
@@ -12775,7 +12777,7 @@ $as_echo_n "checking minimal version (1.1.1) of flexdock... " >&6; }
    if test "x" == "x"; then
 
     cat << \EOF > conftest.java
-// #line 12778 "configure"
+// #line 12780 "configure"
 import org.flexdock.util.Utilities;
 
 public class conftest {
@@ -12826,7 +12828,7 @@ EOF
    else
 
     cat << \EOF > conftest.java
-// #line 12829 "configure"
+// #line 12831 "configure"
 import org.flexdock.util.Utilities;
 
 public class conftest {
@@ -12896,7 +12898,7 @@ $as_echo_n "checking looks... " >&6; }
             export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
 
     cat << \EOF > conftest.java
-// #line 12899 "configure"
+// #line 12901 "configure"
 import com.jgoodies.looks.common.MenuItemRenderer;
 
 public class conftest {
@@ -12992,7 +12994,7 @@ $as_echo_n "checking jgoodies-looks... " >&6; }
             export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
 
     cat << \EOF > conftest.java
-// #line 12995 "configure"
+// #line 12997 "configure"
 import com.jgoodies.looks.common.MenuItemRenderer;
 
 public class conftest {
@@ -13089,7 +13091,7 @@ $as_echo_n "checking skinlf... " >&6; }
             export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
 
     cat << \EOF > conftest.java
-// #line 13092 "configure"
+// #line 13094 "configure"
 import com.l2fprod.util.AccessUtils;
 
 public class conftest {
@@ -13185,7 +13187,7 @@ $as_echo_n "checking jogl... " >&6; }
             export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
 
     cat << \EOF > conftest.java
-// #line 13188 "configure"
+// #line 13190 "configure"
 import javax.media.opengl.glu.GLUnurbs;
 
 public class conftest {
@@ -13389,7 +13391,7 @@ $as_echo_n "checking gluegen-rt... " >&6; }
             export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
 
     cat << \EOF > conftest.java
-// #line 13392 "configure"
+// #line 13394 "configure"
 import com.sun.gluegen.runtime.CPU;
 
 public class conftest {
@@ -13542,7 +13544,7 @@ $as_echo_n "checking jhall... " >&6; }
             export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
 
     cat << \EOF > conftest.java
-// #line 13545 "configure"
+// #line 13547 "configure"
 import javax.help.JHelp;
 
 public class conftest {
@@ -13638,7 +13640,7 @@ $as_echo_n "checking javahelp2... " >&6; }
             export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
 
     cat << \EOF > conftest.java
-// #line 13641 "configure"
+// #line 13643 "configure"
 import javax.help.JHelp;
 
 public class conftest {
@@ -13735,7 +13737,7 @@ $as_echo_n "checking jrosetta-API... " >&6; }
             export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
 
     cat << \EOF > conftest.java
-// #line 13738 "configure"
+// #line 13740 "configure"
 import com.artenum.rosetta.interfaces.core.ConsoleConfiguration;
 
 public class conftest {
@@ -13829,7 +13831,7 @@ $as_echo_n "checking jrosetta-api... " >&6; }
             export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
 
     cat << \EOF > conftest.java
-// #line 13832 "configure"
+// #line 13834 "configure"
 import com.artenum.rosetta.interfaces.core.ConsoleConfiguration;
 
 public class conftest {
@@ -13926,7 +13928,7 @@ $as_echo_n "checking jrosetta-engine... " >&6; }
             export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
 
     cat << \EOF > conftest.java
-// #line 13929 "configure"
+// #line 13931 "configure"
 import com.artenum.rosetta.core.action.AbstractConsoleAction;
 
 public class conftest {
@@ -14011,7 +14013,7 @@ $as_echo_n "checking minimal version (1.0.4) of jrosetta-engine... " >&6; }
    if test "x" == "x"; then
 
     cat << \EOF > conftest.java
-// #line 14014 "configure"
+// #line 14016 "configure"
 import com.artenum.rosetta.util.ConfigurationBuilder;
 
 public class conftest {
@@ -14062,7 +14064,7 @@ EOF
    else
 
     cat << \EOF > conftest.java
-// #line 14065 "configure"
+// #line 14067 "configure"
 import com.artenum.rosetta.util.ConfigurationBuilder;
 
 public class conftest {
@@ -14134,7 +14136,7 @@ $as_echo_n "checking jeuclid-core... " >&6; }
             export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
 
     cat << \EOF > conftest.java
-// #line 14137 "configure"
+// #line 14139 "configure"
 import net.sourceforge.jeuclid.LayoutContext;
 
 public class conftest {
@@ -14232,7 +14234,7 @@ $as_echo_n "checking fop... " >&6; }
             export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
 
     cat << \EOF > conftest.java
-// #line 14235 "configure"
+// #line 14237 "configure"
 import org.apache.fop.pdf.PDFInfo;
 
 public class conftest {
@@ -14328,7 +14330,7 @@ $as_echo_n "checking batik-all... " >&6; }
             export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
 
     cat << \EOF > conftest.java
-// #line 14331 "configure"
+// #line 14333 "configure"
 import org.apache.batik.parser.Parser;
 
 public class conftest {
@@ -14424,7 +14426,7 @@ $as_echo_n "checking batik... " >&6; }
             export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
 
     cat << \EOF > conftest.java
-// #line 14427 "configure"
+// #line 14429 "configure"
 import org.apache.batik.parser.Parser;
 
 public class conftest {
@@ -14510,7 +14512,7 @@ $as_echo_n "checking minimal version (1.7) of batik... " >&6; }
    if test "x" == "x"; then
 
     cat << \EOF > conftest.java
-// #line 14513 "configure"
+// #line 14515 "configure"
 import org.apache.batik.Version;
 
 public class conftest {
@@ -14561,7 +14563,7 @@ EOF
    else
 
     cat << \EOF > conftest.java
-// #line 14564 "configure"
+// #line 14566 "configure"
 import org.apache.batik.Version;
 
 public class conftest {
@@ -14631,7 +14633,7 @@ $as_echo_n "checking commons-io... " >&6; }
             export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
 
     cat << \EOF > conftest.java
-// #line 14634 "configure"
+// #line 14636 "configure"
 import org.apache.commons.io.output.CountingOutputStream;
 
 public class conftest {
@@ -14727,7 +14729,7 @@ $as_echo_n "checking xmlgraphics-commons... " >&6; }
             export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
 
     cat << \EOF > conftest.java
-// #line 14730 "configure"
+// #line 14732 "configure"
 import org.apache.xmlgraphics.util.Service;
 
 public class conftest {
@@ -14823,7 +14825,7 @@ $as_echo_n "checking avalon-framework... " >&6; }
             export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
 
     cat << \EOF > conftest.java
-// #line 14826 "configure"
+// #line 14828 "configure"
 import org.apache.avalon.framework.configuration.ConfigurationException;
 
 public class conftest {
@@ -14919,7 +14921,7 @@ $as_echo_n "checking xml-apis-ext... " >&6; }
             export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
 
     cat << \EOF > conftest.java
-// #line 14922 "configure"
+// #line 14924 "configure"
 import org.w3c.dom.svg.SVGDocument;
 
 public class conftest {
@@ -15015,7 +15017,7 @@ $as_echo_n "checking xml-commons-apis-ext... " >&6; }
             export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
 
     cat << \EOF > conftest.java
-// #line 15018 "configure"
+// #line 15020 "configure"
 import org.w3c.dom.svg.SVGDocument;
 
 public class conftest {
@@ -15115,7 +15117,7 @@ $as_echo_n "checking commons-logging... " >&6; }
             export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
 
     cat << \EOF > conftest.java
-// #line 15118 "configure"
+// #line 15120 "configure"
 import org.apache.commons.logging.LogFactory;
 
 public class conftest {
@@ -15211,7 +15213,7 @@ $as_echo_n "checking jlatexmath... " >&6; }
             export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
 
     cat << \EOF > conftest.java
-// #line 15214 "configure"
+// #line 15216 "configure"
 import org.scilab.forge.jlatexmath.TeXFormula;
 
 public class conftest {
@@ -15297,7 +15299,7 @@ $as_echo_n "checking minimal version (0.9.7) of jlatexmath... " >&6; }
    if test "x" == "x"; then
 
     cat << \EOF > conftest.java
-// #line 15300 "configure"
+// #line 15302 "configure"
 import org.scilab.forge.jlatexmath.TeXFormula;
 
 public class conftest {
@@ -15348,7 +15350,7 @@ EOF
    else
 
     cat << \EOF > conftest.java
-// #line 15351 "configure"
+// #line 15353 "configure"
 import org.scilab.forge.jlatexmath.TeXFormula;
 
 public class conftest {
@@ -15424,7 +15426,7 @@ $as_echo_n "checking checkstyle... " >&6; }
             export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
 
     cat << \EOF > conftest.java
-// #line 15427 "configure"
+// #line 15429 "configure"
 import com.puppycrawl.tools.checkstyle.CheckStyleTask;
 
 public class conftest {
@@ -15520,7 +15522,7 @@ $as_echo_n "checking commons-beanutils... " >&6; }
             export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
 
     cat << \EOF > conftest.java
-// #line 15523 "configure"
+// #line 15525 "configure"
 import org.apache.commons.beanutils.Converter;
 
 public class conftest {
@@ -15616,7 +15618,7 @@ $as_echo_n "checking antlr... " >&6; }
             export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
 
     cat << \EOF > conftest.java
-// #line 15619 "configure"
+// #line 15621 "configure"
 import antlr.TokenStreamException;
 
 public class conftest {
@@ -15712,7 +15714,7 @@ $as_echo_n "checking junit4... " >&6; }
             export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
 
     cat << \EOF > conftest.java
-// #line 15715 "configure"
+// #line 15717 "configure"
 import org.junit.Assert;
 
 public class conftest {
@@ -15790,6 +15792,293 @@ $as_echo "$as_me: WARNING: Could not find or use the Java package/jar junit4 use
         JUNIT4=$PACKAGE_JAR_FILE
 
 
+        # Cobertura (java code coverage)
+
+    { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking cobertura" >&5
+$as_echo_n "checking cobertura... " >&6; }
+    PACKAGE_JAR_FILE=
+    found_jar=no
+    saved_ac_java_classpath=$ac_java_classpath
+    DEFAULT_JAR_DIR="/usr/share/java /usr/lib/java /usr/share/java /usr/share/java/jar /opt/java/lib /usr/local/java /usr/local/java/jar /usr/local/share/java /usr/local/share/java/jar /usr/local/lib/java $(find /usr/share/java/ -maxdepth 1 -type d 2>/dev/null) $(find /usr/lib64/ -maxdepth 1 -type d 2>/dev/null) $(find  /usr/lib/ -maxdepth 1 -type d 2>/dev/null)  $(find /usr/share/*/lib -maxdepth 1 -type d 2>/dev/null)"
+    for jardir in "`pwd`/thirdparty" "`pwd`/jar" $DEFAULT_JAR_DIR; do
+      for jar in "$jardir/cobertura.jar" "$jardir/libcobertura.jar" "$jardir/libcobertura-java.jar" "$jardir/cobertura*.jar"; do
+
+# TODO check the behaviour when spaces
+        jars_resolved=`ls $jar 2>/dev/null`
+        for jar_resolved in $jars_resolved; do # If several jars matches
+          if test -e "$jar_resolved"; then
+            export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
+
+    cat << \EOF > conftest.java
+// #line 15813 "configure"
+import net.sourceforge.cobertura.merge.Main;
+
+public class conftest {
+    public static void main(String[] argv) {
+
+    }
+}
+EOF
+
+    CLASSPATH=$ac_java_classpath
+    export CLASSPATH
+    cmd="$JAVAC ${JAVAC_FLAGS} conftest.java"
+    if (echo $cmd >&5 ; eval $cmd >conftest.java.output 2>&5) ; then
+       if test ""no"" = "no"; then
+           echo "yes" >&5
+
+              { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $jar_resolved" >&5
+$as_echo "$jar_resolved" >&6; }
+              found_jar=yes
+              PACKAGE_JAR_FILE=$jar_resolved
+              break 3
+
+       else
+              cmd="$JAVA conftest"
+              if (echo $cmd >&5 ; eval $cmd >conftest.java.output 2>&5); then
+               echo "yes" >&5
+
+              { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $jar_resolved" >&5
+$as_echo "$jar_resolved" >&6; }
+              found_jar=yes
+              PACKAGE_JAR_FILE=$jar_resolved
+              break 3
+
+            else
+                echo "configure: failed program was:" >&5
+                cat conftest.java >&5
+                if test -s conftest.java.output; then
+                   STDOUT=`cat conftest.java.output`
+                fi
+                echo "configure: CLASSPATH was $CLASSPATH" >&5
+
+            ac_java_classpath=$saved_ac_java_classpath
+
+
+                            fi
+        fi
+        if test -f conftest.java.output; then
+           rm conftest.java.output
+        fi
+    else
+        echo "configure: failed program was:" >&5
+        cat conftest.java >&5
+        echo "configure: CLASSPATH was $CLASSPATH" >&5
+
+            ac_java_classpath=$saved_ac_java_classpath
+
+
+            fi
+
+          fi
+        done
+      done
+    done
+    if test "$found_jar" = "no"; then
+      { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+      if test ""yes"" = "yes"; then
+         { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: Could not find or use the Java package/jar cobertura used by cobertura - Java code coverage (looking for package net.sourceforge.cobertura.merge.Main)" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: Could not find or use the Java package/jar cobertura used by cobertura - Java code coverage (looking for package net.sourceforge.cobertura.merge.Main)" >&2;}
+      else
+          as_fn_error $? "Could not find or use the Java package/jar cobertura used by cobertura - Java code coverage (looking for package net.sourceforge.cobertura.merge.Main)" "$LINENO" 5
+      fi
+    fi
+
+        COBERTURA=$PACKAGE_JAR_FILE
+
+
+        # ASM (a dependency of Cobertura)
+
+    { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking asm3" >&5
+$as_echo_n "checking asm3... " >&6; }
+    PACKAGE_JAR_FILE=
+    found_jar=no
+    saved_ac_java_classpath=$ac_java_classpath
+    DEFAULT_JAR_DIR="/usr/share/java /usr/lib/java /usr/share/java /usr/share/java/jar /opt/java/lib /usr/local/java /usr/local/java/jar /usr/local/share/java /usr/local/share/java/jar /usr/local/lib/java $(find /usr/share/java/ -maxdepth 1 -type d 2>/dev/null) $(find /usr/lib64/ -maxdepth 1 -type d 2>/dev/null) $(find  /usr/lib/ -maxdepth 1 -type d 2>/dev/null)  $(find /usr/share/*/lib -maxdepth 1 -type d 2>/dev/null)"
+    for jardir in "`pwd`/thirdparty" "`pwd`/jar" $DEFAULT_JAR_DIR; do
+      for jar in "$jardir/asm3.jar" "$jardir/libasm3.jar" "$jardir/libasm3-java.jar" "$jardir/asm3*.jar"; do
+
+# TODO check the behaviour when spaces
+        jars_resolved=`ls $jar 2>/dev/null`
+        for jar_resolved in $jars_resolved; do # If several jars matches
+          if test -e "$jar_resolved"; then
+            export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
+
+    cat << \EOF > conftest.java
+// #line 15909 "configure"
+import org.objectweb.asm.Type;
+
+public class conftest {
+    public static void main(String[] argv) {
+
+    }
+}
+EOF
+
+    CLASSPATH=$ac_java_classpath
+    export CLASSPATH
+    cmd="$JAVAC ${JAVAC_FLAGS} conftest.java"
+    if (echo $cmd >&5 ; eval $cmd >conftest.java.output 2>&5) ; then
+       if test ""no"" = "no"; then
+           echo "yes" >&5
+
+              { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $jar_resolved" >&5
+$as_echo "$jar_resolved" >&6; }
+              found_jar=yes
+              PACKAGE_JAR_FILE=$jar_resolved
+              break 3
+
+       else
+              cmd="$JAVA conftest"
+              if (echo $cmd >&5 ; eval $cmd >conftest.java.output 2>&5); then
+               echo "yes" >&5
+
+              { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $jar_resolved" >&5
+$as_echo "$jar_resolved" >&6; }
+              found_jar=yes
+              PACKAGE_JAR_FILE=$jar_resolved
+              break 3
+
+            else
+                echo "configure: failed program was:" >&5
+                cat conftest.java >&5
+                if test -s conftest.java.output; then
+                   STDOUT=`cat conftest.java.output`
+                fi
+                echo "configure: CLASSPATH was $CLASSPATH" >&5
+
+            ac_java_classpath=$saved_ac_java_classpath
+
+
+                            fi
+        fi
+        if test -f conftest.java.output; then
+           rm conftest.java.output
+        fi
+    else
+        echo "configure: failed program was:" >&5
+        cat conftest.java >&5
+        echo "configure: CLASSPATH was $CLASSPATH" >&5
+
+            ac_java_classpath=$saved_ac_java_classpath
+
+
+            fi
+
+          fi
+        done
+      done
+    done
+    if test "$found_jar" = "no"; then
+      { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+      if test ""yes"" = "yes"; then
+         { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: Could not find or use the Java package/jar asm3 used by Java bytecode manipulation (dep of cobertura) (looking for package org.objectweb.asm.Type)" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: Could not find or use the Java package/jar asm3 used by Java bytecode manipulation (dep of cobertura) (looking for package org.objectweb.asm.Type)" >&2;}
+      else
+          as_fn_error $? "Could not find or use the Java package/jar asm3 used by Java bytecode manipulation (dep of cobertura) (looking for package org.objectweb.asm.Type)" "$LINENO" 5
+      fi
+    fi
+
+        ASM3=$PACKAGE_JAR_FILE
+
+        if test -z "$ASM3"; then
+
+    { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking asm" >&5
+$as_echo_n "checking asm... " >&6; }
+    PACKAGE_JAR_FILE=
+    found_jar=no
+    saved_ac_java_classpath=$ac_java_classpath
+    DEFAULT_JAR_DIR="/usr/share/java /usr/lib/java /usr/share/java /usr/share/java/jar /opt/java/lib /usr/local/java /usr/local/java/jar /usr/local/share/java /usr/local/share/java/jar /usr/local/lib/java $(find /usr/share/java/ -maxdepth 1 -type d 2>/dev/null) $(find /usr/lib64/ -maxdepth 1 -type d 2>/dev/null) $(find  /usr/lib/ -maxdepth 1 -type d 2>/dev/null)  $(find /usr/share/*/lib -maxdepth 1 -type d 2>/dev/null)"
+    for jardir in "`pwd`/thirdparty" "`pwd`/jar" $DEFAULT_JAR_DIR; do
+      for jar in "$jardir/asm.jar" "$jardir/libasm.jar" "$jardir/libasm-java.jar" "$jardir/asm*.jar"; do
+
+# TODO check the behaviour when spaces
+        jars_resolved=`ls $jar 2>/dev/null`
+        for jar_resolved in $jars_resolved; do # If several jars matches
+          if test -e "$jar_resolved"; then
+            export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
+
+    cat << \EOF > conftest.java
+// #line 16004 "configure"
+import org.objectweb.asm.Type;
+
+public class conftest {
+    public static void main(String[] argv) {
+
+    }
+}
+EOF
+
+    CLASSPATH=$ac_java_classpath
+    export CLASSPATH
+    cmd="$JAVAC ${JAVAC_FLAGS} conftest.java"
+    if (echo $cmd >&5 ; eval $cmd >conftest.java.output 2>&5) ; then
+       if test ""no"" = "no"; then
+           echo "yes" >&5
+
+              { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $jar_resolved" >&5
+$as_echo "$jar_resolved" >&6; }
+              found_jar=yes
+              PACKAGE_JAR_FILE=$jar_resolved
+              break 3
+
+       else
+              cmd="$JAVA conftest"
+              if (echo $cmd >&5 ; eval $cmd >conftest.java.output 2>&5); then
+               echo "yes" >&5
+
+              { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $jar_resolved" >&5
+$as_echo "$jar_resolved" >&6; }
+              found_jar=yes
+              PACKAGE_JAR_FILE=$jar_resolved
+              break 3
+
+            else
+                echo "configure: failed program was:" >&5
+                cat conftest.java >&5
+                if test -s conftest.java.output; then
+                   STDOUT=`cat conftest.java.output`
+                fi
+                echo "configure: CLASSPATH was $CLASSPATH" >&5
+
+            ac_java_classpath=$saved_ac_java_classpath
+
+
+                            fi
+        fi
+        if test -f conftest.java.output; then
+           rm conftest.java.output
+        fi
+    else
+        echo "configure: failed program was:" >&5
+        cat conftest.java >&5
+        echo "configure: CLASSPATH was $CLASSPATH" >&5
+
+            ac_java_classpath=$saved_ac_java_classpath
+
+
+            fi
+
+          fi
+        done
+      done
+    done
+    if test "$found_jar" = "no"; then
+      { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
+$as_echo "no" >&6; }
+      if test ""yes"" = "yes"; then
+         { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: Could not find or use the Java package/jar asm used by Java bytecode manipulation (dep of cobertura) (looking for package org.objectweb.asm.Type)" >&5
+$as_echo "$as_me: WARNING: Could not find or use the Java package/jar asm used by Java bytecode manipulation (dep of cobertura) (looking for package org.objectweb.asm.Type)" >&2;}
+      else
+          as_fn_error $? "Could not find or use the Java package/jar asm used by Java bytecode manipulation (dep of cobertura) (looking for package org.objectweb.asm.Type)" "$LINENO" 5
+      fi
+    fi
+
+                ASM3=$PACKAGE_JAR_FILE
+        fi
+
     else
         { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: Sun javac not found: I will not build the java interface" >&5
 $as_echo "$as_me: WARNING: Sun javac not found: I will not build the java interface" >&2;}
@@ -23592,7 +23881,7 @@ CPPFLAGS="$CPPFLAGS -I$CHK_TCL_INCLUDE_PATH"
 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking if tcl is version $CHK_TCL_MAJOR.$CHK_TCL_MINOR or later" >&5
 $as_echo_n "checking if tcl is version $CHK_TCL_MAJOR.$CHK_TCL_MINOR or later... " >&6; }
 cat > conftest.$ac_ext <<EOF
-#line 23595 "configure"
+#line 23884 "configure"
 #include "confdefs.h"
 
 #include "$CHK_TCL_INCLUDE_PATH/$CHK_TCL_INC_NAME"
@@ -23902,7 +24191,7 @@ CPPFLAGS="$CPPFLAGS $TCL_INC_PATH -I$CHK_TK_INCLUDE_PATH $X_CFLAGS"
 $as_echo_n "checking if tk is version $CHK_TK_MAJOR.$CHK_TK_MINOR or later... " >&6; }
 
 cat > conftest.$ac_ext <<EOF
-#line 23905 "configure"
+#line 24194 "configure"
 #include "confdefs.h"
 
 #include "$CHK_TK_INCLUDE_PATH/$CHK_TK_INC_NAME"
@@ -24480,7 +24769,7 @@ $as_echo_n "checking saxon... " >&6; }
             export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
 
     cat << \EOF > conftest.java
-// #line 24483 "configure"
+// #line 24772 "configure"
 import com.icl.saxon.Loader;
 
 public class conftest {
@@ -24576,7 +24865,7 @@ $as_echo_n "checking jlatexmath-fop... " >&6; }
             export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
 
     cat << \EOF > conftest.java
-// #line 24579 "configure"
+// #line 24868 "configure"
 import org.scilab.forge.jlatexmath.fop.JLaTeXMathObj;
 
 public class conftest {
@@ -30875,7 +31164,7 @@ else
   lt_dlunknown=0; lt_dlno_uscore=1; lt_dlneed_uscore=2
   lt_status=$lt_dlunknown
   cat > conftest.$ac_ext <<_LT_EOF
-#line 30878 "configure"
+#line 31167 "configure"
 #include "confdefs.h"
 
 #if HAVE_DLFCN_H
@@ -30981,7 +31270,7 @@ else
   lt_dlunknown=0; lt_dlno_uscore=1; lt_dlneed_uscore=2
   lt_status=$lt_dlunknown
   cat > conftest.$ac_ext <<_LT_EOF
-#line 30984 "configure"
+#line 31273 "configure"
 #include "confdefs.h"
 
 #if HAVE_DLFCN_H
@@ -40917,6 +41206,7 @@ echo "  Checkstyle .......... = $CHECKSTYLE"
 echo "  Commons-beanutils ... = $COMMONS_BEANUTILS"
 echo "  Antlr ............... = $ANTLR"
 echo "  Junit4 .............. = $JUNIT4"
+echo "  Cobertura ........... = $COBERTURA"
 echo "  splint .............. = $SPLINT"
 
 echo ""
index 2b14c58..a15ebcf 100644 (file)
@@ -1052,6 +1052,20 @@ the the JNI libraries."])],
         JUNIT4=$PACKAGE_JAR_FILE
         AC_SUBST(JUNIT4)
 
+        # Cobertura (java code coverage)
+        AC_JAVA_CHECK_PACKAGE([cobertura],[net.sourceforge.cobertura.merge.Main],[cobertura - Java code coverage],"yes")
+        COBERTURA=$PACKAGE_JAR_FILE
+        AC_SUBST(COBERTURA)
+
+        # ASM (a dependency of Cobertura)
+        AC_JAVA_CHECK_PACKAGE([asm3],[org.objectweb.asm.Type],[Java bytecode manipulation (dep of cobertura)],"yes")
+        ASM3=$PACKAGE_JAR_FILE
+        AC_SUBST(ASM3)
+        if test -z "$ASM3"; then
+                AC_JAVA_CHECK_PACKAGE([asm],[org.objectweb.asm.Type],[Java bytecode manipulation (dep of cobertura)],"yes")
+                ASM3=$PACKAGE_JAR_FILE
+        fi
+
     else
         AC_MSG_WARN([Sun javac not found: I will not build the java interface])
         if test "$ac_java_jvm_name" != ""; then
@@ -2122,6 +2136,7 @@ echo "  Checkstyle .......... = $CHECKSTYLE"
 echo "  Commons-beanutils ... = $COMMONS_BEANUTILS"
 echo "  Antlr ............... = $ANTLR"
 echo "  Junit4 .............. = $JUNIT4"
+echo "  Cobertura ........... = $COBERTURA"
 echo "  splint .............. = $SPLINT"
 
 echo ""
index ccd6319..71331a1 100644 (file)
@@ -76,6 +76,7 @@ ANT = @ANT@
 ANTLR = @ANTLR@
 AR = @AR@
 ARPACK_LIBS = @ARPACK_LIBS@
+ASM3 = @ASM3@
 AUTOCONF = @AUTOCONF@
 AUTOHEADER = @AUTOHEADER@
 AUTOMAKE = @AUTOMAKE@
@@ -88,6 +89,7 @@ CCACHE = @CCACHE@
 CCDEPMODE = @CCDEPMODE@
 CFLAGS = @CFLAGS@
 CHECKSTYLE = @CHECKSTYLE@
+COBERTURA = @COBERTURA@
 COMMONS_BEANUTILS = @COMMONS_BEANUTILS@
 COMMONS_IO = @COMMONS_IO@
 COMMONS_LOGGING = @COMMONS_LOGGING@
index c368703..219e256 100644 (file)
@@ -150,6 +150,7 @@ ANT = @ANT@
 ANTLR = @ANTLR@
 AR = @AR@
 ARPACK_LIBS = @ARPACK_LIBS@
+ASM3 = @ASM3@
 AUTOCONF = @AUTOCONF@
 AUTOHEADER = @AUTOHEADER@
 AUTOMAKE = @AUTOMAKE@
@@ -162,6 +163,7 @@ CCACHE = @CCACHE@
 CCDEPMODE = @CCDEPMODE@
 CFLAGS = @CFLAGS@
 CHECKSTYLE = @CHECKSTYLE@
+COBERTURA = @COBERTURA@
 COMMONS_BEANUTILS = @COMMONS_BEANUTILS@
 COMMONS_IO = @COMMONS_IO@
 COMMONS_LOGGING = @COMMONS_LOGGING@
index 76ff51d..22b2014 100644 (file)
@@ -110,6 +110,7 @@ ANT = @ANT@
 ANTLR = @ANTLR@
 AR = @AR@
 ARPACK_LIBS = @ARPACK_LIBS@
+ASM3 = @ASM3@
 AUTOCONF = @AUTOCONF@
 AUTOHEADER = @AUTOHEADER@
 AUTOMAKE = @AUTOMAKE@
@@ -122,6 +123,7 @@ CCACHE = @CCACHE@
 CCDEPMODE = @CCDEPMODE@
 CFLAGS = @CFLAGS@
 CHECKSTYLE = @CHECKSTYLE@
+COBERTURA = @COBERTURA@
 COMMONS_BEANUTILS = @COMMONS_BEANUTILS@
 COMMONS_IO = @COMMONS_IO@
 COMMONS_LOGGING = @COMMONS_LOGGING@
index df5a3f1..c69f023 100644 (file)
@@ -148,6 +148,7 @@ ANT = @ANT@
 ANTLR = @ANTLR@
 AR = @AR@
 ARPACK_LIBS = @ARPACK_LIBS@
+ASM3 = @ASM3@
 AUTOCONF = @AUTOCONF@
 AUTOHEADER = @AUTOHEADER@
 AUTOMAKE = @AUTOMAKE@
@@ -160,6 +161,7 @@ CCACHE = @CCACHE@
 CCDEPMODE = @CCDEPMODE@
 CFLAGS = @CFLAGS@
 CHECKSTYLE = @CHECKSTYLE@
+COBERTURA = @COBERTURA@
 COMMONS_BEANUTILS = @COMMONS_BEANUTILS@
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 COMMONS_LOGGING = @COMMONS_LOGGING@
index d7efef0..5aa4ddd 100644 (file)
@@ -114,6 +114,7 @@ ANT = @ANT@
 ANTLR = @ANTLR@
 AR = @AR@
 ARPACK_LIBS = @ARPACK_LIBS@
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 COMMONS_BEANUTILS = @COMMONS_BEANUTILS@
 COMMONS_IO = @COMMONS_IO@
 COMMONS_LOGGING = @COMMONS_LOGGING@
index 1d63408..33d381a 100644 (file)
@@ -150,6 +150,7 @@ ANT = @ANT@
 ANTLR = @ANTLR@
 AR = @AR@
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 CCDEPMODE = @CCDEPMODE@
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index 8decd56..f5c5ca6 100644 (file)
@@ -150,6 +150,7 @@ ANT = @ANT@
 ANTLR = @ANTLR@
 AR = @AR@
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index 976b23c..43c9001 100644 (file)
@@ -148,6 +148,7 @@ ANT = @ANT@
 ANTLR = @ANTLR@
 AR = @AR@
 ARPACK_LIBS = @ARPACK_LIBS@
+ASM3 = @ASM3@
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@@ -160,6 +161,7 @@ CCACHE = @CCACHE@
 CCDEPMODE = @CCDEPMODE@
 CFLAGS = @CFLAGS@
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index 89a68d4..7539ec1 100644 (file)
@@ -144,6 +144,7 @@ ANT = @ANT@
 ANTLR = @ANTLR@
 AR = @AR@
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@@ -156,6 +157,7 @@ CCACHE = @CCACHE@
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+COBERTURA = @COBERTURA@
 COMMONS_BEANUTILS = @COMMONS_BEANUTILS@
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 CCDEPMODE = @CCDEPMODE@
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+
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+
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@@ -32,69 +36,91 @@ jlatexmath.jar=@JLATEXMATH@
 ; To build the export through the Java
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 library.commons.name=org.scilab.modules.commons.jar
 
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 library.action_binding.dir=${modules.dir}/action_binding/${build.jar.dir}/
+library.action_binding.src.dir=${modules.dir}/action_binding/${library.src.path}
 library.action_binding.name=org.scilab.modules.action_binding.jar
 
 library.localization.dir=${modules.dir}/localization/${build.jar.dir}/
+library.localization.src.dir=${modules.dir}/localization/${library.src.path}
 library.localization.name=org.scilab.modules.localization.jar
 
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+library.completion.src.dir=${modules.dir}/completion/${library.src.path}
 library.completion.name=org.scilab.modules.completion.jar
 
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+library.history_manager.src.dir=${modules.dir}/history_manager/${library.src.path}
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+library.renderer.src.dir=${modules.dir}/renderer/${library.src.path}
 library.renderer.name=org.scilab.modules.renderer.jar
 
 library.graphic_export.dir=${modules.dir}/graphic_export/${build.jar.dir}/
+library.graphic_export.src.dir=${modules.dir}/graphic_export/${library.src.path}
 library.graphic_export.name=org.scilab.modules.graphic_export.jar
 
 library.core.dir=${modules.dir}/core/${build.jar.dir}/
+library.core.src.dir=${modules.dir}/core/${library.src.path}
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 library.javasci.dir=${modules.dir}/javasci/${build.jar.dir}/
+library.javasci.src.dir=${modules.dir}/javasci/${library.src.path}
 library.javasci-v1.name=javasci.jar
 library.javasci.name=org.scilab.modules.javasci.jar
 
 library.types.dir=${modules.dir}/types/${build.jar.dir}/
+library.types.src.dir=${modules.dir}/types/${library.src.path}
 library.types.name=org.scilab.modules.types.jar
 
 library.hdf5.dir=${modules.dir}/hdf5/${build.jar.dir}/
+library.hdf5.src.dir=${modules.dir}/hdf5/${library.src.path}
 library.hdf5.name=org.scilab.modules.hdf5.jar
 
 library.xcos.dir=${modules.dir}/xcos/${build.jar.dir}/
+library.xcos.src.dir=${modules.dir}/xcos/${library.src.path}
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 library.scinotes.dir=${modules.dir}/scinotes/${build.jar.dir}/
+library.scinotes.src.dir=${modules.dir}/scinotes/${library.src.path}
 library.scinotes.name=org.scilab.modules.scinotes.jar
 
 library.ui_data.dir=${modules.dir}/ui_data/${build.jar.dir}/
+library.ui_data.src.dir=${modules.dir}/ui_data/${library.src.path}
 library.ui_data.name=org.scilab.modules.ui_data.jar
 
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+library.history_browser.src.dir=${modules.dir}/history_browser/${library.src.path}
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+library.output_stream.src.dir=${modules.dir}/output_stream/${library.src.path}
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index 9562a0b..1e6b6d0 100644 (file)
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+
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+
 ; To build the export through the Java
 avalon-framework.jar=${thirdparty.dir}/avalon-framework.jar
 
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+library.jvm.src.dir=${modules.dir}/jvm/${library.src.path}
 library.jvm.name=org.scilab.modules.jvm.jar
 
 library.commons.dir=${modules.dir}/commons/${build.jar.dir}/
+library.commons.src.dir=${modules.dir}/commons/${library.src.path}
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 library.gui.dir=${modules.dir}/gui/${build.jar.dir}/
+library.gui.src.dir=${modules.dir}/gui/${library.src.path}
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 library.console.dir=${modules.dir}/console/${build.jar.dir}/
+library.console.src.dir=${modules.dir}/console/${library.src.path}
 library.console.name=org.scilab.modules.console.jar
 
 library.action_binding.dir=${modules.dir}/action_binding/${build.jar.dir}/
+library.action_binding.src.dir=${modules.dir}/action_binding/${library.src.path}
 library.action_binding.name=org.scilab.modules.action_binding.jar
 
 library.localization.dir=${modules.dir}/localization/${build.jar.dir}/
+library.localization.src.dir=${modules.dir}/localization/${library.src.path}
 library.localization.name=org.scilab.modules.localization.jar
 
 library.completion.dir=${modules.dir}/completion/${build.jar.dir}/
+library.completion.src.dir=${modules.dir}/completion/${library.src.path}
 library.completion.name=org.scilab.modules.completion.jar
 
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+library.history_manager.src.dir=${modules.dir}/history_manager/${library.src.path}
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+library.renderer.src.dir=${modules.dir}/renderer/${library.src.path}
 library.renderer.name=org.scilab.modules.renderer.jar
 
 library.graphic_export.dir=${modules.dir}/graphic_export/${build.jar.dir}/
+library.graphic_export.src.dir=${modules.dir}/graphic_export/${library.src.path}
 library.graphic_export.name=org.scilab.modules.graphic_export.jar
 
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+library.core.src.dir=${modules.dir}/core/${library.src.path}
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+library.javasci.src.dir=${modules.dir}/javasci/${library.src.path}
 library.javasci-v1.name=javasci.jar
 library.javasci.name=org.scilab.modules.javasci.jar
 
-library.graphic_export.dir=${modules.dir}/graphic_export/${build.jar.dir}/
-library.graphic_export.name=org.scilab.modules.graphic_export.jar
-
 library.types.dir=${modules.dir}/types/${build.jar.dir}/
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 library.hdf5.dir=${modules.dir}/hdf5/${build.jar.dir}/
+library.hdf5.src.dir=${modules.dir}/hdf5/${library.src.path}
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+library.xcos.src.dir=${modules.dir}/xcos/${library.src.path}
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+library.scinotes.src.dir=${modules.dir}/scinotes/${library.src.path}
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 library.history_browser.dir=${modules.dir}/history_browser/${build.jar.dir}/
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 build_hdf5=true