Merge remote-tracking branch 'origin/master' into YaSp 70/15470/1
Vincent COUVERT [Tue, 4 Nov 2014 13:35:07 +0000 (14:35 +0100)]
Conflicts:
scilab/configure
scilab/modules/core/src/fortran/inisci.f
scilab/modules/javasci/Makefile.in
scilab/modules/polynomials/sci_gateway/fortran/sci_f_bezout.f

Change-Id: I67f2e75a70e0c2a48b325f3b817f0a1581dbaedd

1  2 
scilab/Makefile.am
scilab/Makefile.in
scilab/bin/scilab
scilab/configure
scilab/modules/javasci/Makefile.in

Simple merge
Simple merge
Simple merge
@@@ -11595,7 -11053,7 +11599,7 @@@ $as_echo "$ac_java_classpath" >&6; 
  $as_echo_n "checking to see if the java compiler works... " >&6; }
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 11598 "configure"
 -// #line 11056 "configure"
++// #line 11602 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  
@@@ -11682,7 -11140,7 +11686,7 @@@ $as_echo_n "checking type of jvm... " >
      if test "x$ac_java_jvm_name" = "x" ; then
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 11685 "configure"
 -// #line 11143 "configure"
++// #line 11689 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import gnu.java.io.EncodingManager;
@@@ -11766,7 -11224,7 +11770,7 @@@ $as_echo_n "checking java API version..
      # The class java.nio.charset.Charset is new to 1.4
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 11769 "configure"
 -// #line 11227 "configure"
++// #line 11773 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import java.nio.charset.Charset;
      # The class java.lang.StringBuilder is new to 1.5
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 11834 "configure"
 -// #line 11292 "configure"
++// #line 11838 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import java.lang.StringBuilder;
      # The class java.util.ArrayDeque is new to 1.6
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 11899 "configure"
 -// #line 11357 "configure"
++// #line 11903 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import java.util.ArrayDeque;
      # The class java.nio.file.Path is new to 1.7
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 11964 "configure"
 -// #line 11422 "configure"
++// #line 11968 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import java.nio.file.Path;
      # The class java.util.stream.DoubleStream is new to 1.8
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 12029 "configure"
 -// #line 11487 "configure"
++// #line 12033 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import java.util.stream.DoubleStream;
@@@ -13407,7 -12865,7 +13411,7 @@@ $as_echo_n "checking jgraphx... " >&6; 
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 13410 "configure"
 -// #line 12868 "configure"
++// #line 13414 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import com.mxgraph.model.mxCell;
@@@ -13514,7 -12972,7 +13518,7 @@@ $as_echo_n "checking minimal version (2
     if test "x" == "x"; then
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 13517 "configure"
 -// #line 12975 "configure"
++// #line 13521 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import com.mxgraph.view.mxGraph;
     else
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 13589 "configure"
 -// #line 13047 "configure"
++// #line 13593 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import com.mxgraph.view.mxGraph;
@@@ -13680,7 -13138,7 +13684,7 @@@ $as_echo_n "checking scirenderer... " >
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 13683 "configure"
 -// #line 13141 "configure"
++// #line 13687 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.scilab.forge.scirenderer.PackageInfo;
@@@ -13787,7 -13245,7 +13791,7 @@@ $as_echo_n "checking minimal version (1
     if test "x" == "x"; then
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 13790 "configure"
 -// #line 13248 "configure"
++// #line 13794 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.scilab.forge.scirenderer.PackageInfo;
     else
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 13862 "configure"
 -// #line 13320 "configure"
++// #line 13866 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.scilab.forge.scirenderer.PackageInfo;
@@@ -13958,7 -13416,7 +13962,7 @@@ $as_echo_n "checking flexdock... " >&6
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 13961 "configure"
 -// #line 13419 "configure"
++// #line 13965 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.flexdock.docking.DockingManager;
@@@ -14065,7 -13523,7 +14069,7 @@@ $as_echo_n "checking minimal version (1
     if test "x" == "x"; then
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 14068 "configure"
 -// #line 13526 "configure"
++// #line 14072 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.flexdock.util.Utilities;
     else
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 14140 "configure"
 -// #line 13598 "configure"
++// #line 14144 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.flexdock.util.Utilities;
@@@ -14228,7 -13686,7 +14232,7 @@@ $as_echo_n "checking looks... " >&6; 
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 14231 "configure"
 -// #line 13689 "configure"
++// #line 14235 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import com.jgoodies.looks.common.MenuItemRenderer;
@@@ -14345,7 -13803,7 +14349,7 @@@ $as_echo_n "checking jgoodies-looks... 
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 14348 "configure"
 -// #line 13806 "configure"
++// #line 14352 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import com.jgoodies.looks.common.MenuItemRenderer;
@@@ -14463,7 -13921,7 +14467,7 @@@ $as_echo_n "checking skinlf... " >&6; 
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 14466 "configure"
 -// #line 13924 "configure"
++// #line 14470 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import com.l2fprod.util.AccessUtils;
@@@ -14580,7 -14038,7 +14584,7 @@@ $as_echo_n "checking jogl2... " >&6; 
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 14583 "configure"
 -// #line 14041 "configure"
++// #line 14587 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import javax.media.opengl.glu.GLUnurbs;
@@@ -14803,7 -14261,7 +14807,7 @@@ $as_echo_n "checking gluegen2-rt... " >
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 14806 "configure"
 -// #line 14264 "configure"
++// #line 14810 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import jogamp.common.os.MachineDescriptionRuntime;
@@@ -14977,7 -14435,7 +14981,7 @@@ $as_echo_n "checking jhall... " >&6; 
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 14980 "configure"
 -// #line 14438 "configure"
++// #line 14984 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import javax.help.JHelp;
@@@ -15092,7 -14550,7 +15096,7 @@@ $as_echo_n "checking javahelp2... " >&6
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 15095 "configure"
 -// #line 14553 "configure"
++// #line 15099 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import javax.help.JHelp;
@@@ -15210,7 -14668,7 +15214,7 @@@ $as_echo_n "checking jrosetta-API... " 
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 15213 "configure"
 -// #line 14671 "configure"
++// #line 15217 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import com.artenum.rosetta.interfaces.core.ConsoleConfiguration;
@@@ -15324,7 -14782,7 +15328,7 @@@ $as_echo_n "checking jrosetta-api... " 
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 15327 "configure"
 -// #line 14785 "configure"
++// #line 15331 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import com.artenum.rosetta.interfaces.core.ConsoleConfiguration;
@@@ -15442,7 -14900,7 +15446,7 @@@ $as_echo_n "checking jrosetta-engine..
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 15445 "configure"
 -// #line 14903 "configure"
++// #line 15449 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import com.artenum.rosetta.core.action.AbstractConsoleAction;
@@@ -15548,7 -15006,7 +15552,7 @@@ $as_echo_n "checking minimal version (1
     if test "x" == "x"; then
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 15551 "configure"
 -// #line 15009 "configure"
++// #line 15555 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import com.artenum.rosetta.util.ConfigurationBuilder;
     else
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 15623 "configure"
 -// #line 15081 "configure"
++// #line 15627 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import com.artenum.rosetta.util.ConfigurationBuilder;
@@@ -15713,7 -15171,7 +15717,7 @@@ $as_echo_n "checking jeuclid-core... " 
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 15716 "configure"
 -// #line 15174 "configure"
++// #line 15720 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import net.sourceforge.jeuclid.LayoutContext;
@@@ -15832,7 -15290,7 +15836,7 @@@ $as_echo_n "checking fop... " >&6; 
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 15835 "configure"
 -// #line 15293 "configure"
++// #line 15839 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.apache.fop.pdf.PDFInfo;
@@@ -15956,7 -15414,7 +15960,7 @@@ $as_echo_n "checking freehep-graphics2d
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 15959 "configure"
 -// #line 15417 "configure"
++// #line 15963 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.freehep.graphics2d.VectorGraphics;
@@@ -16073,7 -15531,7 +16077,7 @@@ $as_echo_n "checking freehep-graphicsio
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 16076 "configure"
 -// #line 15534 "configure"
++// #line 16080 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.freehep.graphicsio.emf.EMFGraphics2D;
@@@ -16190,7 -15648,7 +16194,7 @@@ $as_echo_n "checking freehep-graphicsio
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 16193 "configure"
 -// #line 15651 "configure"
++// #line 16197 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.freehep.graphicsio.VectorGraphicsIO;
@@@ -16307,7 -15765,7 +16311,7 @@@ $as_echo_n "checking freehep-io... " >&
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 16310 "configure"
 -// #line 15768 "configure"
++// #line 16314 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.freehep.util.io.XMLSequence;
@@@ -16424,7 -15882,7 +16428,7 @@@ $as_echo_n "checking freehep-util... " 
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 16427 "configure"
 -// #line 15885 "configure"
++// #line 16431 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.freehep.util.StringUtilities;
@@@ -16542,7 -16000,7 +16546,7 @@@ $as_echo_n "checking batik-all... " >&6
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 16545 "configure"
 -// #line 16003 "configure"
++// #line 16549 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.apache.batik.parser.Parser;
@@@ -16659,7 -16117,7 +16663,7 @@@ $as_echo_n "checking batik... " >&6; 
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 16662 "configure"
 -// #line 16120 "configure"
++// #line 16666 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.apache.batik.parser.Parser;
@@@ -16766,7 -16224,7 +16770,7 @@@ $as_echo_n "checking minimal version (1
     if test "x" == "x"; then
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 16769 "configure"
 -// #line 16227 "configure"
++// #line 16773 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.apache.batik.Version;
     else
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 16841 "configure"
 -// #line 16299 "configure"
++// #line 16845 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.apache.batik.Version;
@@@ -16929,7 -16387,7 +16933,7 @@@ $as_echo_n "checking commons-io... " >&
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 16932 "configure"
 -// #line 16390 "configure"
++// #line 16936 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.apache.commons.io.output.CountingOutputStream;
@@@ -17046,7 -16504,7 +17050,7 @@@ $as_echo_n "checking xmlgraphics-common
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 17049 "configure"
 -// #line 16507 "configure"
++// #line 17053 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.apache.xmlgraphics.util.Service;
@@@ -17163,7 -16621,7 +17167,7 @@@ $as_echo_n "checking avalon-framework..
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 17166 "configure"
 -// #line 16624 "configure"
++// #line 17170 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.apache.avalon.framework.configuration.ConfigurationException;
@@@ -17280,7 -16738,7 +17284,7 @@@ $as_echo_n "checking xml-apis-ext... " 
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 17283 "configure"
 -// #line 16741 "configure"
++// #line 17287 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.w3c.dom.svg.SVGDocument;
@@@ -17397,7 -16855,7 +17401,7 @@@ $as_echo_n "checking xml-commons-apis-e
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 17400 "configure"
 -// #line 16858 "configure"
++// #line 17404 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.w3c.dom.svg.SVGDocument;
@@@ -17518,7 -16976,7 +17522,7 @@@ $as_echo_n "checking commons-logging..
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 17521 "configure"
 -// #line 16979 "configure"
++// #line 17525 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.apache.commons.logging.LogFactory;
@@@ -17635,7 -17093,7 +17639,7 @@@ $as_echo_n "checking jlatexmath... " >&
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 17638 "configure"
 -// #line 17096 "configure"
++// #line 17642 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.scilab.forge.jlatexmath.TeXFormula;
@@@ -17742,7 -17200,7 +17746,7 @@@ $as_echo_n "checking minimal version (1
     if test "x" == "x"; then
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 17745 "configure"
 -// #line 17203 "configure"
++// #line 17749 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.scilab.forge.jlatexmath.TeXFormula;
     else
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 17817 "configure"
 -// #line 17275 "configure"
++// #line 17821 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.scilab.forge.jlatexmath.TeXFormula;
@@@ -17905,7 -17363,7 +17909,7 @@@ $as_echo_n "checking jlatexmath-fop... 
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 17908 "configure"
 -// #line 17366 "configure"
++// #line 17912 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.scilab.forge.jlatexmath.fop.JLaTeXMathObj;
@@@ -18028,7 -17486,7 +18032,7 @@@ $as_echo_n "checking checkstyle... " >&
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 18031 "configure"
 -// #line 17489 "configure"
++// #line 18035 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import com.puppycrawl.tools.checkstyle.CheckStyleTask;
@@@ -18145,7 -17603,7 +18149,7 @@@ $as_echo_n "checking commons-beanutils.
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 18148 "configure"
 -// #line 17606 "configure"
++// #line 18152 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.apache.commons.beanutils.Converter;
@@@ -18262,7 -17720,7 +18266,7 @@@ $as_echo_n "checking antlr... " >&6; 
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 18265 "configure"
 -// #line 17723 "configure"
++// #line 18269 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import antlr.TokenStreamException;
@@@ -18379,7 -17837,7 +18383,7 @@@ $as_echo_n "checking junit4... " >&6; 
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 18382 "configure"
 -// #line 17840 "configure"
++// #line 18386 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.junit.Assert;
@@@ -18493,7 -17951,7 +18497,7 @@@ $as_echo_n "checking junit... " >&6; 
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 18496 "configure"
 -// #line 17954 "configure"
++// #line 18500 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.junit.Assert;
@@@ -18614,7 -18072,7 +18618,7 @@@ $as_echo_n "checking cobertura... " >&6
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 18617 "configure"
 -// #line 18075 "configure"
++// #line 18621 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import net.sourceforge.cobertura.merge.Main;
@@@ -18731,7 -18189,7 +18735,7 @@@ $as_echo_n "checking asm3... " >&6; 
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 18734 "configure"
 -// #line 18192 "configure"
++// #line 18738 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.objectweb.asm.Type;
@@@ -18845,7 -18303,7 +18849,7 @@@ $as_echo_n "checking asm... " >&6; 
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 18848 "configure"
 -// #line 18306 "configure"
++// #line 18852 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.objectweb.asm.Type;
@@@ -18962,7 -18420,7 +18966,7 @@@ $as_echo_n "checking ecj... " >&6; 
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 18965 "configure"
 -// #line 18423 "configure"
++// #line 18969 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import org.eclipse.jdt.core.compiler.batch.BatchCompiler;
  
  
  #################
 +## EIGEN
 +#################
 +
 +ac_ext=cpp
 +ac_cpp='$CXXCPP $CPPFLAGS'
 +ac_compile='$CXX -c $CXXFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
 +ac_link='$CXX -o conftest$ac_exeext $CXXFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
 +ac_compiler_gnu=$ac_cv_cxx_compiler_gnu
 +{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking how to run the C++ preprocessor" >&5
 +$as_echo_n "checking how to run the C++ preprocessor... " >&6; }
 +if test -z "$CXXCPP"; then
 +  if ${ac_cv_prog_CXXCPP+:} false; then :
 +  $as_echo_n "(cached) " >&6
 +else
 +      # Double quotes because CXXCPP needs to be expanded
 +    for CXXCPP in "$CXX -E" "/lib/cpp"
 +    do
 +      ac_preproc_ok=false
 +for ac_cxx_preproc_warn_flag in '' yes
 +do
 +  # Use a header file that comes with gcc, so configuring glibc
 +  # with a fresh cross-compiler works.
 +  # Prefer <limits.h> to <assert.h> if __STDC__ is defined, since
 +  # <limits.h> exists even on freestanding compilers.
 +  # On the NeXT, cc -E runs the code through the compiler's parser,
 +  # not just through cpp. "Syntax error" is here to catch this case.
 +  cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
 +/* end confdefs.h.  */
 +#ifdef __STDC__
 +# include <limits.h>
 +#else
 +# include <assert.h>
 +#endif
 +                   Syntax error
 +_ACEOF
 +if ac_fn_cxx_try_cpp "$LINENO"; then :
 +
 +else
 +  # Broken: fails on valid input.
 +continue
 +fi
 +rm -f conftest.err conftest.i conftest.$ac_ext
 +
 +  # OK, works on sane cases.  Now check whether nonexistent headers
 +  # can be detected and how.
 +  cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
 +/* end confdefs.h.  */
 +#include <ac_nonexistent.h>
 +_ACEOF
 +if ac_fn_cxx_try_cpp "$LINENO"; then :
 +  # Broken: success on invalid input.
 +continue
 +else
 +  # Passes both tests.
 +ac_preproc_ok=:
 +break
 +fi
 +rm -f conftest.err conftest.i conftest.$ac_ext
 +
 +done
 +# Because of `break', _AC_PREPROC_IFELSE's cleaning code was skipped.
 +rm -f conftest.i conftest.err conftest.$ac_ext
 +if $ac_preproc_ok; then :
 +  break
 +fi
 +
 +    done
 +    ac_cv_prog_CXXCPP=$CXXCPP
 +
 +fi
 +  CXXCPP=$ac_cv_prog_CXXCPP
 +else
 +  ac_cv_prog_CXXCPP=$CXXCPP
 +fi
 +{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $CXXCPP" >&5
 +$as_echo "$CXXCPP" >&6; }
 +ac_preproc_ok=false
 +for ac_cxx_preproc_warn_flag in '' yes
 +do
 +  # Use a header file that comes with gcc, so configuring glibc
 +  # with a fresh cross-compiler works.
 +  # Prefer <limits.h> to <assert.h> if __STDC__ is defined, since
 +  # <limits.h> exists even on freestanding compilers.
 +  # On the NeXT, cc -E runs the code through the compiler's parser,
 +  # not just through cpp. "Syntax error" is here to catch this case.
 +  cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
 +/* end confdefs.h.  */
 +#ifdef __STDC__
 +# include <limits.h>
 +#else
 +# include <assert.h>
 +#endif
 +                   Syntax error
 +_ACEOF
 +if ac_fn_cxx_try_cpp "$LINENO"; then :
 +
 +else
 +  # Broken: fails on valid input.
 +continue
 +fi
 +rm -f conftest.err conftest.i conftest.$ac_ext
 +
 +  # OK, works on sane cases.  Now check whether nonexistent headers
 +  # can be detected and how.
 +  cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
 +/* end confdefs.h.  */
 +#include <ac_nonexistent.h>
 +_ACEOF
 +if ac_fn_cxx_try_cpp "$LINENO"; then :
 +  # Broken: success on invalid input.
 +continue
 +else
 +  # Passes both tests.
 +ac_preproc_ok=:
 +break
 +fi
 +rm -f conftest.err conftest.i conftest.$ac_ext
 +
 +done
 +# Because of `break', _AC_PREPROC_IFELSE's cleaning code was skipped.
 +rm -f conftest.i conftest.err conftest.$ac_ext
 +if $ac_preproc_ok; then :
 +
 +else
 +  { { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: in \`$ac_pwd':" >&5
 +$as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
 +as_fn_error $? "C++ preprocessor \"$CXXCPP\" fails sanity check
 +See \`config.log' for more details" "$LINENO" 5; }
 +fi
 +
 +ac_ext=cpp
 +ac_cpp='$CXXCPP $CPPFLAGS'
 +ac_compile='$CXX -c $CXXFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
 +ac_link='$CXX -o conftest$ac_exeext $CXXFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
 +ac_compiler_gnu=$ac_cv_cxx_compiler_gnu
 +
 +
 +
 +ac_ext=cpp
 +ac_cpp='$CXXCPP $CPPFLAGS'
 +ac_compile='$CXX -c $CXXFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
 +ac_link='$CXX -o conftest$ac_exeext $CXXFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
 +ac_compiler_gnu=$ac_cv_cxx_compiler_gnu
 +
 +
 +
 +# Check whether --with-eigen_include was given.
 +if test "${with_eigen_include+set}" = set; then :
 +  withval=$with_eigen_include; with_eigen_include=$withval
 +else
 +  with_eigen_include='yes'
 +
 +fi
 +
 +
 +
 +save_CPPFLAGS="$CPPFLAGS"
 +
 +if test "x$with_eigen_include" != "xyes"; then
 +      CPPFLAGS="-I$with_eigen_include"
 +      ac_fn_cxx_check_header_mongrel "$LINENO" "Eigen/Sparse" "ac_cv_header_Eigen_Sparse" "$ac_includes_default"
 +if test "x$ac_cv_header_Eigen_Sparse" = xyes; then :
 +  EIGEN_CPPFLAGS="$CPPFLAGS"
 +else
 +  as_fn_error $? "Cannot find headers (Eigen/Sparse) of the library EIGEN in $with_eigen_include. Please install the dev package (Debian : libeigen3-dev)" "$LINENO" 5
 +
 +fi
 +
 +
 +    PATH_TO_EIGEN=$with_eigen_include
 +else
 +      ac_fn_cxx_check_header_mongrel "$LINENO" "Eigen/Sparse" "ac_cv_header_Eigen_Sparse" "$ac_includes_default"
 +if test "x$ac_cv_header_Eigen_Sparse" = xyes; then :
 +  EIGEN_CPPFLAGS=""
 +else
 +         $as_unset ac_cv_header_Eigen_Sparse
 +                CPPFLAGS="-I/usr/include/eigen3/"
 +                ac_fn_cxx_check_header_mongrel "$LINENO" "Eigen/Sparse" "ac_cv_header_Eigen_Sparse" "$ac_includes_default"
 +if test "x$ac_cv_header_Eigen_Sparse" = xyes; then :
 +  EIGEN_CPPFLAGS=$CPPFLAGS
 +else
 +  as_fn_error $? "Cannot find headers (Eigen/Sparse) of the library eigen. Please install the dev package (Debian : libeigen3-dev)" "$LINENO" 5
 +
 +fi
 +
 +
 +
 +fi
 +
 +
 +    PATH_TO_EIGEN="/usr/include/eigen3/"
 +fi
 +CPPFLAGS="$save_CPPFLAGS"
 +
 +CHK_EIGEN_WORLD=3
 +CHK_EIGEN_MAJOR=1
 +CHK_EIGEN_MINOR=0
 +
 +{ $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking if Eigen is version $CHK_EIGEN_WORLD.$CHK_EIGEN_MAJOR.$CHK_EIGEN_MINOR or later" >&5
 +$as_echo_n "checking if Eigen is version $CHK_EIGEN_WORLD.$CHK_EIGEN_MAJOR.$CHK_EIGEN_MINOR or later... " >&6; }
 +cat > conftest.$ac_ext <<EOF
- #line 23200 "configure"
++#line 23204 "configure"
 +#include "confdefs.h"
 +
 +#include "$PATH_TO_EIGEN/Eigen/Sparse"
 +#if EIGEN_VERSION_AT_LEAST(3,1,0)
 +EIGEN_VERSION_OK
 +#endif
 +
 +EOF
 +if (eval "$ac_cpp conftest.$ac_ext") 2>&5 |
 +  grep "EIGEN_VERSION_OK" >/dev/null 2>&1; then
 +  rm -rf conftest*
 +  \
 +EIGEN_VERSION_OK=1
 +else
 +  rm -rf conftest*
 +  \
 +EIGEN_VERSION_OK=0
 +fi
 +rm -f conftest*
 +
 +if test $EIGEN_VERSION_OK = 0; then
 +   as_fn_error $? "Version $CHK_EIGEN_WORLD.$CHK_EIGEN_MAJOR.$CHK_EIGEN_MINOR of Eigen expected (at least)" "$LINENO" 5
 +else
 +   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: yes" >&5
 +$as_echo "yes" >&6; }
 +fi
 +
 +
 +
 +$as_echo "#define WITH_EIGEN /**/" >>confdefs.h
 +
 +ac_ext=c
 +ac_cpp='$CPP $CPPFLAGS'
 +ac_compile='$CC -c $CFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
 +ac_link='$CC -o conftest$ac_exeext $CFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
 +ac_compiler_gnu=$ac_cv_c_compiler_gnu
 +
 +
 +
 +
 +#################
  ## MPI
  #################
  
@@@ -27748,7 -26964,7 +27752,7 @@@ CPPFLAGS="$CPPFLAGS -I$CHK_TCL_INCLUDE_
  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking if tcl is version $CHK_TCL_MAJOR.$CHK_TCL_MINOR or later" >&5
  $as_echo_n "checking if tcl is version $CHK_TCL_MAJOR.$CHK_TCL_MINOR or later... " >&6; }
  cat > conftest.$ac_ext <<EOF
- #line 27751 "configure"
 -#line 26967 "configure"
++#line 27755 "configure"
  #include "confdefs.h"
  
  #include "$CHK_TCL_INCLUDE_PATH/$CHK_TCL_INC_NAME"
@@@ -28059,7 -27275,7 +28063,7 @@@ CPPFLAGS="$CPPFLAGS $TCL_INC_PATH -I$CH
  $as_echo_n "checking if tk is version $CHK_TK_MAJOR.$CHK_TK_MINOR or later... " >&6; }
  
  cat > conftest.$ac_ext <<EOF
- #line 28062 "configure"
 -#line 27278 "configure"
++#line 28066 "configure"
  #include "confdefs.h"
  
  #include "$CHK_TK_INCLUDE_PATH/$CHK_TK_INC_NAME"
@@@ -28643,7 -27859,7 +28647,7 @@@ $as_echo_n "checking saxon9he... " >&6
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 28646 "configure"
 -// #line 27862 "configure"
++// #line 28650 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import net.sf.saxon.Version;
@@@ -28758,7 -27974,7 +28762,7 @@@ $as_echo_n "checking saxon... " >&6; 
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 28761 "configure"
 -// #line 27977 "configure"
++// #line 28765 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import net.sf.saxon.Version;
@@@ -28874,7 -28090,7 +28878,7 @@@ $as_echo_n "checking saxon... " >&6; 
              export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 28877 "configure"
 -// #line 28093 "configure"
++// #line 28881 "configure"
  import java.util.regex.Pattern;
  
  import com.icl.saxon.Loader;
@@@ -998,10 -976,10 +998,10 @@@ maintainer-clean-generic
        @echo "This command is intended for maintainers to use"
        @echo "it deletes files that may require special tools to rebuild."
        -test -z "$(BUILT_SOURCES)" || rm -f $(BUILT_SOURCES)
--@JAVASCI_FALSE@distclean-local:
  @JAVASCI_FALSE@install-html-local:
 -@JAVASCI_FALSE@clean-local:
++@JAVASCI_FALSE@distclean-local:
  @JAVASCI_FALSE@install-data-local:
 +@JAVASCI_FALSE@clean-local:
  clean: clean-am
  
  clean-am: clean-generic clean-libtool clean-local \