Force the usage of HDF5 API 1.8 35/9435/3
Sylvestre Ledru [Mon, 15 Oct 2012 20:21:40 +0000 (22:21 +0200)]
Change-Id: I35edb4b68c91c4ef6bf62ee32b1912511b5def1a

scilab/modules/hdf5/Makefile.am
scilab/modules/hdf5/Makefile.in
scilab/modules/hdf5/src/c/h5_readDataFromFile.c
scilab/modules/hdf5/src/c/h5_readDataFromFile_v1.c
scilab/modules/hdf5/src/c/h5_writeDataToFile.c
scilab/modules/hdf5/src/cpp/H5DataConverter.hxx

index c3d0bc1..a7fd574 100644 (file)
@@ -77,6 +77,9 @@ endif
 
 
 #### hdf5 : include files ####
+FORCE_HDF_1.8_API =   -DH5Topen_vers=2 -DH5Dcreate_vers=2 -DH5Aiterate_vers=2 \
+ -DH5Gcreate_vers=2 -DH5Gopen_vers=2 -DH5Tget_array_dims_vers=2 \
+ -DH5Acreate_vers=2 -DNO_DEPRECATED_SYMBOLS
 
 libscihdf5_la_CPPFLAGS = -I$(srcdir)/includes/ \
                                -I$(srcdir)/src/c/ \
@@ -91,7 +94,10 @@ libscihdf5_la_CPPFLAGS = -I$(srcdir)/includes/ \
                                -I$(top_srcdir)/modules/fileio/includes/ \
                                $(JAVA_JNI_INCLUDE) \
                                $(HDF5_CFLAGS) \
-                               $(AM_CPPFLAGS)
+                               $(AM_CPPFLAGS) \
+                               $(FORCE_HDF_1.8_API)
+
+
 
 
 #### hdf5 : gateway declaration ####
index 41ca58e..1da2aa5 100644 (file)
@@ -533,6 +533,10 @@ sci_gateway/cpp/sci_h5exists.cpp
 @GIWS_TRUE@BUILT_SOURCES = giws
 
 #### hdf5 : include files ####
+FORCE_HDF_1.8_API = -DH5Topen_vers=2 -DH5Dcreate_vers=2 -DH5Aiterate_vers=2 \
+ -DH5Gcreate_vers=2 -DH5Gopen_vers=2 -DH5Tget_array_dims_vers=2 \
+ -DH5Acreate_vers=2 -DNO_DEPRECATED_SYMBOLS
+
 libscihdf5_la_CPPFLAGS = -I$(srcdir)/includes/ \
                                -I$(srcdir)/src/c/ \
                                -I$(srcdir)/src/cpp/ \
@@ -546,7 +550,8 @@ libscihdf5_la_CPPFLAGS = -I$(srcdir)/includes/ \
                                -I$(top_srcdir)/modules/fileio/includes/ \
                                $(JAVA_JNI_INCLUDE) \
                                $(HDF5_CFLAGS) \
-                               $(AM_CPPFLAGS)
+                               $(AM_CPPFLAGS) \
+                               $(FORCE_HDF_1.8_API)
 
 
 #### hdf5 : gateway declaration ####
index 8dd4cbe..b618f6d 100644 (file)
@@ -10,7 +10,7 @@
 *
 */
 
-#define H5_USE_16_API
+#define H5_NO_DEPRECATED_SYMBOLS
 
 #ifndef _MSC_VER
 #include <sys/time.h>
@@ -30,7 +30,7 @@
 
 //#define TIME_DEBUG
 
-static herr_t find_attr_by_name(hid_t loc_id, const char *name, void *data)
+static herr_t find_attr_by_name(hid_t loc_id, const char *name, const H5A_info_t *ainfo, void *data)
 {
     return !strcmp(name, (const char *)data);
 }
@@ -41,33 +41,35 @@ Operator function.  Prints the name and type of the object
 being examined.
 
 ************************************************************/
-static herr_t op_func(hid_t loc_id, const char *name, void *operator_data)
+static herr_t op_func(hid_t loc_id, const char *name, const H5L_info_t *info, void *operator_data)
 {
-    H5G_stat_t statbuf;
+    H5O_info_t oinfo;
     herr_t status = 0;
     int *pDataSetId = (int*)operator_data;
+    hid_t obj = H5Oopen(loc_id, name, H5P_DEFAULT);
+    if (obj < 0)
+    {
+        return -1;
+    }
 
     /*
      * Get type of the object and return only datasetId
      * through operator_data.
      */
-    status = H5Gget_objinfo(loc_id, name, 0, &statbuf);
+    status = H5Oget_info(obj, &oinfo);
     if (status < 0)
     {
+        H5Oclose(obj);
         return -1;
     }
 
-    switch (statbuf.type)
+    if (oinfo.type == H5O_TYPE_DATASET)
+    {
+        *pDataSetId = obj;
+    }
+    else
     {
-        case H5G_GROUP:
-            break;
-        case H5G_DATASET:
-            *pDataSetId = H5Dopen(loc_id, name);
-            break;
-        case H5G_TYPE:
-            break;
-        default:
-            break;
+        H5Oclose(obj);
     }
 
     return 0;
@@ -78,8 +80,9 @@ static int readIntAttribute(int _iDatasetId, const char *_pstName)
     hid_t iAttributeId;
     herr_t status;
     int iVal = -1;
+    hsize_t n = 0;
 
-    if (H5Aiterate(_iDatasetId, NULL, find_attr_by_name, (void *)_pstName))
+    if (H5Aiterate(_iDatasetId, H5_INDEX_NAME, H5_ITER_NATIVE, &n, find_attr_by_name, (void *)_pstName) > 0)
     {
         iAttributeId = H5Aopen_name(_iDatasetId, _pstName);
         if (iAttributeId < 0)
@@ -112,10 +115,11 @@ static char* readAttribute(int _iDatasetId, const char *_pstName)
     herr_t status;
     hsize_t dims[1];
     size_t iDim;
+    hsize_t n = 0;
 
     char *pstValue = NULL;
 
-    if (H5Aiterate(_iDatasetId, NULL, find_attr_by_name, (void *)_pstName))
+    if (H5Aiterate(_iDatasetId, H5_INDEX_NAME, H5_ITER_NATIVE, &n, find_attr_by_name, (void *)_pstName) > 0)
     {
         iAttributeId = H5Aopen_name(_iDatasetId, _pstName);
         if (iAttributeId < 0)
@@ -240,18 +244,18 @@ int getDatasetInfo(int _iDatasetId, int* _iComplex, int* _iDims, int* _piDims)
     hid_t data_type;
     H5T_class_t data_class;
     hid_t space = H5Dget_space(_iDatasetId);
-    if(space < 0)
+    if (space < 0)
     {
         return -1;
     }
 
     data_type = H5Dget_type(_iDatasetId);
     data_class = H5Tget_class(data_type);
-    if(data_class == H5T_COMPOUND) 
+    if (data_class == H5T_COMPOUND)
     {
         *_iComplex = 1;
     }
-    else if(data_class == H5T_REFERENCE)
+    else if (data_class == H5T_REFERENCE)
     {
         *_iComplex = isComplexData(_iDatasetId);
     }
@@ -261,24 +265,25 @@ int getDatasetInfo(int _iDatasetId, int* _iComplex, int* _iDims, int* _piDims)
     }
 
     *_iDims = H5Sget_simple_extent_ndims(space);
-    if(*_iDims < 0)
+    if (*_iDims < 0)
     {
         H5Sclose(space);
         return -1;
     }
 
-    if(_piDims != 0)
+    if (_piDims != 0)
     {
         int i = 0;
         hsize_t* dims = (hsize_t*)MALLOC(sizeof(hsize_t) * *_iDims);
-        if(H5Sget_simple_extent_dims(space, dims, NULL) < 0)
+        if (H5Sget_simple_extent_dims(space, dims, NULL) < 0)
         {
             return -1;
         }
 
         //reverse dimensions
-        for(i = 0 ; i < *_iDims ; i++)
-        {//reverse dimensions to improve rendering in external tools
+        for (i = 0 ; i < *_iDims ; i++)
+        {
+            //reverse dimensions to improve rendering in external tools
             _piDims[i] = (int)dims[*_iDims - 1 - i];
             iSize *= _piDims[i];
         }
@@ -367,6 +372,7 @@ int getVariableNames(int _iFile, char **pstNameList)
     hsize_t iCount = 0;
     herr_t status = 0;
     int iNbItem = 0;
+    H5O_info_t oinfo;
 
     status = H5Gget_num_objs(_iFile, &iCount);
     if (status != 0)
@@ -376,7 +382,13 @@ int getVariableNames(int _iFile, char **pstNameList)
 
     for (i = 0; i < iCount; i++)
     {
-        if (H5Gget_objtype_by_idx(_iFile, i) == H5G_DATASET)
+        status = H5Oget_info_by_idx(_iFile, "/", H5_INDEX_NAME, H5_ITER_NATIVE, i, &oinfo, H5P_DEFAULT);
+        if (status < 0)
+        {
+            return 0;
+        }
+
+        if (oinfo.type == H5O_TYPE_DATASET)
         {
             if (pstNameList != NULL)
             {
@@ -394,18 +406,19 @@ int getVariableNames(int _iFile, char **pstNameList)
 
 int getDataSetIdFromName(int _iFile, char *_pstName)
 {
-    return H5Dopen(_iFile, _pstName);
+    return H5Dopen(_iFile, _pstName, H5P_DEFAULT);
 }
 
 int getDataSetId(int _iFile)
 {
     herr_t status = 0;
     int iDatasetId = 0;
+    hsize_t idx = 0;
 
     /*
      * Begin iteration.
      */
-    status = H5Giterate(_iFile, "/", NULL, op_func, &iDatasetId);
+    status = H5Literate(_iFile, H5_INDEX_NAME, H5_ITER_NATIVE, &idx, op_func, &iDatasetId);
     if (status < 0)
     {
         return -1;
@@ -501,7 +514,7 @@ int readDoubleComplexMatrix(int _iDatasetId, double *_pdblReal, double *_pdblImg
         return -1;
     }
 
-    
+
     vGetPointerFromDoubleComplex(pData, iSize, _pdblReal, _pdblImg);
     FREE(pData);
     status = H5Dclose(_iDatasetId);
@@ -624,7 +637,7 @@ int readCommonPolyMatrix(int _iDatasetId, char *_pstVarname, int _iComplex, int
     herr_t status;
     int iSize = 1;
 
-    for(i = 0 ; i < _iDims ; i++)
+    for (i = 0 ; i < _iDims ; i++)
     {
         iSize *= _piDims[i];
     }
@@ -948,7 +961,7 @@ int readBooleanSparseMatrix(int _iDatasetId, int _iRows, int _iCols, int _iNbIte
         return -1;
     }
 
-    if(_iNbItem != 0)
+    if (_iNbItem != 0)
     {
         //read cols data
         obj = H5Rdereference(_iDatasetId, H5R_OBJECT, &pRef[1]);
index 804c1d8..2b42269 100644 (file)
@@ -10,7 +10,7 @@
 *
 */
 
-#define H5_USE_16_API
+#define H5_NO_DEPRECATED_SYMBOLS
 
 #ifndef _MSC_VER
 #include <sys/time.h>
@@ -29,7 +29,7 @@
 
 //#define TIME_DEBUG
 
-static herr_t find_attr_by_name_v1(hid_t loc_id, const char *name, void *data)
+static herr_t find_attr_by_name_v1(hid_t loc_id, const char *name, const H5A_info_t *ainfo, void *data)
 {
     return !strcmp(name, (const char *)data);
 }
@@ -40,33 +40,35 @@ Operator function.  Prints the name and type of the object
 being examined.
 
 ************************************************************/
-static herr_t op_func_v1(hid_t loc_id, const char *name, void *operator_data)
+static herr_t op_func_v1(hid_t loc_id, const char *name, const H5L_info_t *info, void *operator_data)
 {
-    H5G_stat_t statbuf;
+    H5O_info_t oinfo;
     herr_t status = 0;
     int *pDataSetId = (int*)operator_data;
+    hid_t obj = H5Oopen(loc_id, name, H5P_DEFAULT);
+    if (obj < 0)
+    {
+        return -1;
+    }
 
     /*
-    * Get type of the object and return only datasetId
-    * through operator_data.
-    */
-    status = H5Gget_objinfo(loc_id, name, 0, &statbuf);
+     * Get type of the object and return only datasetId
+     * through operator_data.
+     */
+    status = H5Oget_info(obj, &oinfo);
     if (status < 0)
     {
+        H5Oclose(obj);
         return -1;
     }
 
-    switch (statbuf.type)
+    if (oinfo.type == H5O_TYPE_DATASET)
     {
-    case H5G_GROUP:
-        break;
-    case H5G_DATASET:
-        *pDataSetId = H5Dopen(loc_id, name);
-        break;
-    case H5G_TYPE:
-        break;
-    default:
-        break;
+        *pDataSetId = obj;
+    }
+    else
+    {
+        H5Oclose(obj);
     }
 
     return 0;
@@ -76,11 +78,12 @@ static int readIntAttribute_v1(int _iDatasetId, const char *_pstName)
 {
     hid_t iAttributeId;
     herr_t status;
+    hsize_t n = 0;
     int iVal = -1;
 
-    if (H5Aiterate(_iDatasetId, NULL, find_attr_by_name_v1, (void *)_pstName))
+    if (H5Aiterate(_iDatasetId, H5_INDEX_NAME, H5_ITER_NATIVE, &n, find_attr_by_name_v1, (void *)_pstName) > 0)
     {
-        iAttributeId = H5Aopen_name(_iDatasetId, _pstName);
+        iAttributeId = H5Aopen_by_name(_iDatasetId, ".", _pstName, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
         if (iAttributeId < 0)
         {
             return -1;
@@ -110,13 +113,14 @@ static char* readAttribute_v1(int _iDatasetId, const char *_pstName)
     hid_t iFileType, memtype, iSpace;
     herr_t status;
     hsize_t dims[1];
+    hsize_t n = 0;
     size_t iDim;
 
     char *pstValue = NULL;
 
-    if (H5Aiterate(_iDatasetId, NULL, find_attr_by_name_v1, (void *)_pstName))
+    if (H5Aiterate(_iDatasetId, H5_INDEX_NAME, H5_ITER_NATIVE, &n, find_attr_by_name_v1, (void *)_pstName) > 0)
     {
-        iAttributeId = H5Aopen_name(_iDatasetId, _pstName);
+        iAttributeId = H5Aopen_by_name(_iDatasetId, ".", _pstName, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
         if (iAttributeId < 0)
         {
             return NULL;
@@ -322,6 +326,7 @@ int getVariableNames_v1(int _iFile, char **pstNameList)
     hsize_t iCount = 0;
     herr_t status = 0;
     int iNbItem = 0;
+    H5O_info_t oinfo;
 
     status = H5Gget_num_objs(_iFile, &iCount);
     if (status != 0)
@@ -331,7 +336,13 @@ int getVariableNames_v1(int _iFile, char **pstNameList)
 
     for (i = 0; i < iCount; i++)
     {
-        if (H5Gget_objtype_by_idx(_iFile, i) == H5G_DATASET)
+        status = H5Oget_info_by_idx(_iFile, "/", H5_INDEX_NAME, H5_ITER_NATIVE, i, &oinfo, H5P_DEFAULT);
+        if (status < 0)
+        {
+            return 0;
+        }
+
+        if (oinfo.type == H5O_TYPE_DATASET)
         {
             if (pstNameList != NULL)
             {
@@ -349,7 +360,7 @@ int getVariableNames_v1(int _iFile, char **pstNameList)
 
 int getDataSetIdFromName_v1(int _iFile, char *_pstName)
 {
-    return H5Dopen(_iFile, _pstName);
+    return H5Dopen(_iFile, _pstName, H5P_DEFAULT);
 }
 
 int getDataSetId_v1(int _iFile)
@@ -781,7 +792,7 @@ static int readPoly_v1(int _iDatasetId, int *_piNbCoef, double **_pdblData)
 }
 
 int readCommonPolyMatrix_v1(int _iDatasetId, char *_pstVarname, int _iComplex, int _iRows, int _iCols, int *_piNbCoef, double **_pdblReal,
-    double **_pdblImg)
+                            double **_pdblImg)
 {
     int i = 0;
     hid_t obj = 0;
@@ -1023,7 +1034,7 @@ int readUnsignedInteger64Matrix_v1(int _iDatasetId, int _iRows, int _iCols, unsi
 }
 
 int readCommonSparseComplexMatrix_v1(int _iDatasetId, int _iComplex, int _iRows, int _iCols, int _iNbItem, int *_piNbItemRow, int *_piColPos,
-    double *_pdblReal, double *_pdblImg)
+                                     double *_pdblReal, double *_pdblImg)
 {
     hid_t obj = 0;
     hobj_ref_t pRef[3] = {0};
@@ -1080,7 +1091,7 @@ int readSparseMatrix_v1(int _iDatasetId, int _iRows, int _iCols, int _iNbItem, i
 }
 
 int readSparseComplexMatrix_v1(int _iDatasetId, int _iRows, int _iCols, int _iNbItem, int *_piNbItemRow, int *_piColPos, double *_pdblReal,
-    double *_pdblImg)
+                               double *_pdblImg)
 {
     return readCommonSparseComplexMatrix_v1(_iDatasetId, 1, _iRows, _iCols, _iNbItem, _piNbItemRow, _piColPos, _pdblReal, _pdblImg);
 }
index d592397..bcd3351 100644 (file)
@@ -120,7 +120,7 @@ static herr_t addIntAttribute(int _iDatasetId, const char *_pstName, const int _
     attributeSpace = H5Screate_simple(1, attributeDims, NULL);
 
     //Create the attribute and write it.
-    attributeTypeId = H5Acreate(_iDatasetId, _pstName, H5T_NATIVE_INT, attributeSpace, H5P_DEFAULT);
+    attributeTypeId = H5Acreate(_iDatasetId, _pstName, H5T_NATIVE_INT, attributeSpace, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
     if (attributeTypeId < 0)
     {
         return -1;
@@ -166,7 +166,7 @@ static herr_t addAttribute(int _iDatasetId, const char *_pstName, const char *_p
     }
 
     //Create the attribute and write it.
-    attr = H5Acreate(_iDatasetId, _pstName, attributeTypeId, attributeSpace, H5P_DEFAULT);
+    attr = H5Acreate(_iDatasetId, _pstName, attributeTypeId, attributeSpace, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
     if (attr < 0)
     {
         return -1;
@@ -272,7 +272,7 @@ int writeStringMatrix(int _iFile, char *_pstDatasetName, int _iDims, int* _piDim
     //Create the data set and write it.
     iCompress = enableCompression(9, _iDims, piDims);
     FREE(piDims);
-    dset = H5Dcreate(_iFile, _pstDatasetName, typeId, space, iCompress);
+    dset = H5Dcreate(_iFile, _pstDatasetName, typeId, space, iCompress, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
     if (dset < 0)
     {
         return -1;
@@ -360,7 +360,7 @@ int writeVoid(int _iFile, char *_pstDatasetName)
     }
     //Create the dataset and write the array data to it.
     iCompress = enableCompression(9, 1, piDims);
-    iDataset = H5Dcreate(_iFile, _pstDatasetName, H5T_NATIVE_INT8, iSpace, iCompress);
+    iDataset = H5Dcreate(_iFile, _pstDatasetName, H5T_NATIVE_INT8, iSpace, iCompress, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
     if (iDataset < 0)
     {
         return -1;
@@ -412,7 +412,7 @@ int writeUndefined(int _iFile, char *_pstDatasetName)
     }
     //Create the dataset and write the array data to it.
     iCompress = enableCompression(9, 1, piDims);
-    iDataset = H5Dcreate(_iFile, _pstDatasetName, H5T_NATIVE_INT8, iSpace, iCompress);
+    iDataset = H5Dcreate(_iFile, _pstDatasetName, H5T_NATIVE_INT8, iSpace, iCompress, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
     if (iDataset < 0)
     {
         return -1;
@@ -473,7 +473,7 @@ int writeDoubleMatrix(int _iFile, char *_pstDatasetName, int _iDims, int* _piDim
         iCompress = enableCompression(9, _iDims, piDims);
         free(piDims);
 
-        dset = H5Dcreate(_iFile, _pstDatasetName, H5T_NATIVE_DOUBLE, space, iCompress);
+        dset = H5Dcreate(_iFile, _pstDatasetName, H5T_NATIVE_DOUBLE, space, iCompress, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
         if (dset < 0)
         {
             return -1;
@@ -513,7 +513,7 @@ int writeDoubleMatrix(int _iFile, char *_pstDatasetName, int _iDims, int* _piDim
     iCompress = enableCompression(9, _iDims, piDims);
     free(piDims);
 
-    dset = H5Dcreate(_iFile, _pstDatasetName, H5T_NATIVE_DOUBLE, space, iCompress);
+    dset = H5Dcreate(_iFile, _pstDatasetName, H5T_NATIVE_DOUBLE, space, iCompress, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
     if (dset < 0)
     {
         return -1;
@@ -584,7 +584,7 @@ int writeDoubleComplexMatrix(int _iFile, char *_pstDatasetName, int _iDims, int*
     iCompress = enableCompression(9, _iDims, piDims);
     free(piDims);
 
-    dset = H5Dcreate(_iFile, _pstDatasetName, compoundId, space, iCompress);
+    dset = H5Dcreate(_iFile, _pstDatasetName, compoundId, space, iCompress, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
     if (dset < 0)
     {
         return -1;
@@ -642,7 +642,7 @@ int writeBooleanMatrix(int _iFile, char *_pstDatasetName, int _iDims, int* _piDi
 
     //Create the dataset and write the array data to it.
     iCompress = enableCompression(9, _iDims, piDims);
-    iDataset = H5Dcreate(_iFile, _pstDatasetName, H5T_NATIVE_INT, iSpace, iCompress);
+    iDataset = H5Dcreate(_iFile, _pstDatasetName, H5T_NATIVE_INT, iSpace, iCompress, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
     if (iDataset < 0)
     {
         return -1;
@@ -700,7 +700,7 @@ static int writeCommonPolyMatrix(int _iFile, char *_pstDatasetName, char *_pstVa
     pstGroupName = createGroupName(_pstDatasetName);
 
     //First create a group to store all referenced objects.
-    group = H5Gcreate(_iFile, pstGroupName, H5P_DEFAULT);
+    group = H5Gcreate(_iFile, pstGroupName, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
     status = H5Gclose(group);
 
     //Now create each String as a dedicated DataSet.
@@ -754,7 +754,7 @@ static int writeCommonPolyMatrix(int _iFile, char *_pstDatasetName, char *_pstVa
     //Create the dataset and write the array data to it.
     iCompress = enableCompression(9, _iDims, piDims);
     FREE(piDims);
-    dset = H5Dcreate(_iFile, _pstDatasetName, H5T_STD_REF_OBJ, space, iCompress);
+    dset = H5Dcreate(_iFile, _pstDatasetName, H5T_STD_REF_OBJ, space, iCompress, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
     if (dset < 0)
     {
         FREE(pData);
@@ -841,7 +841,7 @@ int writeInteger8Matrix(int _iFile, char *_pstDatasetName, int _iDims, int* _piD
     //Create the dataset and write the array data to it.
     iCompress = enableCompression(9, _iDims, piDims);
     FREE(piDims);
-    iDataset = H5Dcreate(_iFile, _pstDatasetName, H5T_NATIVE_INT8, iSpace, iCompress);
+    iDataset = H5Dcreate(_iFile, _pstDatasetName, H5T_NATIVE_INT8, iSpace, iCompress, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
     if (iDataset < 0)
     {
         return -1;
@@ -903,7 +903,7 @@ int writeInteger16Matrix(int _iFile, char *_pstDatasetName, int _iDims, int* _pi
     //Create the dataset and write the array data to it.
     iCompress = enableCompression(9, _iDims, piDims);
     FREE(piDims);
-    iDataset = H5Dcreate(_iFile, _pstDatasetName, H5T_NATIVE_INT16, iSpace, iCompress);
+    iDataset = H5Dcreate(_iFile, _pstDatasetName, H5T_NATIVE_INT16, iSpace, iCompress, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
     if (iDataset < 0)
     {
         return -1;
@@ -964,7 +964,7 @@ int writeInteger32Matrix(int _iFile, char *_pstDatasetName, int _iDims, int* _pi
     //Create the dataset and write the array data to it.
     iCompress = enableCompression(9, _iDims, piDims);
     FREE(piDims);
-    iDataset = H5Dcreate(_iFile, _pstDatasetName, H5T_NATIVE_INT32, iSpace, iCompress);
+    iDataset = H5Dcreate(_iFile, _pstDatasetName, H5T_NATIVE_INT32, iSpace, iCompress, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
     if (iDataset < 0)
     {
         return -1;
@@ -1026,7 +1026,7 @@ int writeInteger64Matrix(int _iFile, char *_pstDatasetName, int _iDims, int* _pi
     //Create the dataset and write the array data to it.
     iCompress = enableCompression(9, _iDims, piDims);
     FREE(piDims);
-    iDataset = H5Dcreate(_iFile, _pstDatasetName, H5T_NATIVE_INT64, iSpace, iCompress);
+    iDataset = H5Dcreate(_iFile, _pstDatasetName, H5T_NATIVE_INT64, iSpace, iCompress, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
     if (iDataset < 0)
     {
         return -1;
@@ -1088,7 +1088,7 @@ int writeUnsignedInteger8Matrix(int _iFile, char *_pstDatasetName, int _iDims, i
     //Create the dataset and write the array data to it.
     iCompress = enableCompression(9, _iDims, piDims);
     FREE(piDims);
-    iDataset = H5Dcreate(_iFile, _pstDatasetName, H5T_NATIVE_UINT8, iSpace, iCompress);
+    iDataset = H5Dcreate(_iFile, _pstDatasetName, H5T_NATIVE_UINT8, iSpace, iCompress, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
     if (iDataset < 0)
     {
         return -1;
@@ -1150,7 +1150,7 @@ int writeUnsignedInteger16Matrix(int _iFile, char *_pstDatasetName, int _iDims,
     //Create the dataset and write the array data to it.
     iCompress = enableCompression(9, _iDims, piDims);
     FREE(piDims);
-    iDataset = H5Dcreate(_iFile, _pstDatasetName, H5T_NATIVE_UINT16, iSpace, iCompress);
+    iDataset = H5Dcreate(_iFile, _pstDatasetName, H5T_NATIVE_UINT16, iSpace, iCompress, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
     if (iDataset < 0)
     {
         return -1;
@@ -1212,7 +1212,7 @@ int writeUnsignedInteger32Matrix(int _iFile, char *_pstDatasetName, int _iDims,
     //Create the dataset and write the array data to it.
     iCompress = enableCompression(9, _iDims, piDims);
     FREE(piDims);
-    iDataset = H5Dcreate(_iFile, _pstDatasetName, H5T_NATIVE_UINT32, iSpace, iCompress);
+    iDataset = H5Dcreate(_iFile, _pstDatasetName, H5T_NATIVE_UINT32, iSpace, iCompress, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
     if (iDataset < 0)
     {
         return -1;
@@ -1274,7 +1274,7 @@ int writeUnsignedInteger64Matrix(int _iFile, char *_pstDatasetName, int _iDims,
     //Create the dataset and write the array data to it.
     iCompress = enableCompression(9, _iDims, piDims);
     FREE(piDims);
-    iDataset = H5Dcreate(_iFile, _pstDatasetName, H5T_NATIVE_UINT64, iSpace, iCompress);
+    iDataset = H5Dcreate(_iFile, _pstDatasetName, H5T_NATIVE_UINT64, iSpace, iCompress, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
     if (iDataset < 0)
     {
         return -1;
@@ -1335,7 +1335,7 @@ int writeCommonSparseComplexMatrix(int _iFile, char *_pstDatasetName, int _iComp
     pstGroupName = createGroupName(_pstDatasetName);
 
     //First create a group to store all referenced objects.
-    group = H5Gcreate(_iFile, pstGroupName, H5P_DEFAULT);
+    group = H5Gcreate(_iFile, pstGroupName, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
     status = H5Gclose(group);
     if (status < 0)
     {
@@ -1424,7 +1424,7 @@ int writeCommonSparseComplexMatrix(int _iFile, char *_pstDatasetName, int _iComp
 
     //Create the dataset and write the array data to it.
     iCompress = enableCompression(9, 1, dims);
-    dset = H5Dcreate(_iFile, _pstDatasetName, H5T_STD_REF_OBJ, space, iCompress);
+    dset = H5Dcreate(_iFile, _pstDatasetName, H5T_STD_REF_OBJ, space, iCompress, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
     if (dset < 0)
     {
         return -1;
@@ -1517,7 +1517,7 @@ int writeBooleanSparseMatrix(int _iFile, char *_pstDatasetName, int _iRows, int
     pstGroupName = createGroupName(_pstDatasetName);
 
     //First create a group to store all referenced objects.
-    group = H5Gcreate(_iFile, pstGroupName, H5P_DEFAULT);
+    group = H5Gcreate(_iFile, pstGroupName, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
     status = H5Gclose(group);
     if (status < 0)
     {
@@ -1544,7 +1544,7 @@ int writeBooleanSparseMatrix(int _iFile, char *_pstDatasetName, int _iRows, int
     }
 
     pstColPath = createPathName(pstGroupName, 1);
-    if(_iNbItem != 0)
+    if (_iNbItem != 0)
     {
         status = writeInteger32Matrix(_iFile, pstColPath, 1, &_iNbItem, _piColPos);
         if (status < 0)
@@ -1584,7 +1584,7 @@ int writeBooleanSparseMatrix(int _iFile, char *_pstDatasetName, int _iRows, int
 
     //Create the dataset and write the array data to it.
     iCompress = enableCompression(9, 1, dims);
-    dset = H5Dcreate(_iFile, _pstDatasetName, H5T_STD_REF_OBJ, space, iCompress);
+    dset = H5Dcreate(_iFile, _pstDatasetName, H5T_STD_REF_OBJ, space, iCompress, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
     if (dset < 0)
     {
         return -1;
@@ -1644,7 +1644,7 @@ void *openList(int _iFile, char *pstDatasetName, int _iNbItem)
     hobj_ref_t *pobjArray = NULL;
 
     //First create a group to store all referenced objects.
-    group = H5Gcreate(_iFile, pstDatasetName, H5P_DEFAULT);
+    group = H5Gcreate(_iFile, pstDatasetName, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
     status = H5Gclose(group);
     if (status < 0)
     {
@@ -1709,7 +1709,7 @@ int closeList(int _iFile, void *_pvList, char *_pstListName, int _iNbItem, int _
 
         //Create the dataset and write the array data to it.
         iCompress = enableCompression(9, 1, dims);
-        dset = H5Dcreate(_iFile, _pstListName, H5T_STD_REF_OBJ, space, iCompress);
+        dset = H5Dcreate(_iFile, _pstListName, H5T_STD_REF_OBJ, space, iCompress, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
         if (dset < 0)
         {
             return -1;
@@ -1745,7 +1745,7 @@ int closeList(int _iFile, void *_pvList, char *_pstListName, int _iNbItem, int _
 
         //Create the dataset and write the array data to it.
         iCompress = enableCompression(9, 1, dims);
-        dset = H5Dcreate(_iFile, _pstListName, H5T_STD_REF_OBJ, space, iCompress);
+        dset = H5Dcreate(_iFile, _pstListName, H5T_STD_REF_OBJ, space, iCompress, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
         if (dset < 0)
         {
             return -1;
index d9ae41b..4fd242c 100644 (file)
@@ -13,7 +13,6 @@
 #ifndef __H5DATACONVERTER_HXX__
 #define __H5DATACONVERTER_HXX__
 
-#include <hdf5.h>
 #include "H5Exception.hxx"
 #include "H5Object.hxx"
 #include "H5Data.hxx"