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Pierre MARECHAL [Fri, 26 Jun 2009 14:22:45 +0000 (16:22 +0200)]
1  2 
scilab/configure
scilab/configure.ac

diff --combined scilab/configure
@@@ -1826,9 -1826,9 +1826,9 @@@ Optional Packages
    --with-gfortran         Use gfortran, GNU Fortran 95 compiler
    --with-intelcompilers   Use Intel C (icc) and Fortran (ifort) proprietary
                            compilers (GNU/Linux only)
-   --without-tk            Do not compile with TCL/TK
-   --without-javasci       Do not compile the Java/Scilab module
-   --without-gui           Do not compile the Graphical User Interface (GUI).
+   --without-tk            Disable the interface to Tcl/Tk
+   --without-javasci       Disable the Java/Scilab interface (javasci)
+   --without-gui           Disable the Scilab Graphical User Interface (GUI).
                            Intended for embedded/clustering/grid Scilab
    --with-jdk=DIR          use JDK from DIR
    --with-ant=DIR          Use ant from DIR
    --without-libiconv-prefix     don't search for libiconv in includedir and libdir
    --with-libintl-prefix[=DIR]  search for libintl in DIR/include and DIR/lib
    --without-libintl-prefix     don't search for libintl in includedir and libdir
-   --without-scicos        Compile without Scicos
-   --without-ocaml         Do not compile ocaml modules (modelica)
+   --without-scicos        Disable Scicos
+   --without-ocaml         Disable the OCaml modules (modelica)
    --without-fftw          Disable the interface to the FFTW 3 library
    --with-fftw-include=DIR Set the path to the FFTW headers
    --with-fftw-library=DIR Set the path to the FFTW libraries
-   --with-hdf5             Compile with the HDF5 library
+   --without-hdf5          Disable the interface to the HDF5 library
    --without-pvm           Disable the interface to the PVM library
    --with-pvm-include=DIR  Set the path to the PVM headers
    --with-pvm-library=DIR  Set the path to the PVM library directory
    --with-tk-library=DIR   Set the path to the TK library
    --with-tk-include=DIR   Set the path to the TK headers
    --with-x                use the X Window System
-   --without-matio         Compile with the MAT File I/O library
+   --without-matio         Disable the interface to Matio (MAT File I/O
+                           library)
    --with-matio-include=DIR
                            Set the path to the MATIO headers
    --with-matio-library=DIR
@@@ -11494,7 -11495,7 +11495,7 @@@ $as_echo "$ac_java_classpath" >&6; 
  $as_echo_n "checking to see if the java compiler works... " >&6; }
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 11497 "configure"
+ // #line 11498 "configure"
  
  
  public class conftest {
@@@ -11544,7 -11545,7 +11545,7 @@@ $as_echo_n "checking type of jvm... " >
      if test "x$ac_java_jvm_name" = "x" ; then
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 11547 "configure"
+ // #line 11548 "configure"
  import gnu.java.io.EncodingManager;
  
  public class conftest {
@@@ -11592,7 -11593,7 +11593,7 @@@ $as_echo_n "checking java API version..
  
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 11595 "configure"
+ // #line 11596 "configure"
  import java.nio.charset.Charset;
  
  public class conftest {
  
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 11622 "configure"
+ // #line 11623 "configure"
  import java.lang.StringBuilder;
  
  public class conftest {
@@@ -12935,7 -12936,7 +12936,7 @@@ $as_echo_n "checking flexdock... " >&6
            export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 12938 "configure"
+ // #line 12939 "configure"
  import org.flexdock.docking.DockingManager;
  
  public class conftest {
@@@ -13008,7 -13009,7 +13009,7 @@@ $as_echo_n "checking looks... " >&6; 
            export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 13011 "configure"
+ // #line 13012 "configure"
  import com.jgoodies.looks.common.RenderingUtils;
  
  public class conftest {
@@@ -13081,7 -13082,7 +13082,7 @@@ $as_echo_n "checking looks2... " >&6; 
            export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 13084 "configure"
+ // #line 13085 "configure"
  import com.jgoodies.looks.common.RenderingUtils;
  
  public class conftest {
@@@ -13157,7 -13158,7 +13158,7 @@@ $as_echo_n "checking skinlf... " >&6; 
            export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 13160 "configure"
+ // #line 13161 "configure"
  import com.l2fprod.util.AccessUtils;
  
  public class conftest {
@@@ -13230,7 -13231,7 +13231,7 @@@ $as_echo_n "checking jogl... " >&6; 
            export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 13233 "configure"
+ // #line 13234 "configure"
  import javax.media.opengl.glu.GLUnurbs;
  
  public class conftest {
@@@ -13303,7 -13304,7 +13304,7 @@@ $as_echo_n "checking jhall... " >&6; 
            export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 13306 "configure"
+ // #line 13307 "configure"
  import javax.help.JHelp;
  
  public class conftest {
@@@ -13376,7 -13377,7 +13377,7 @@@ $as_echo_n "checking javahelp2... " >&6
            export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 13379 "configure"
+ // #line 13380 "configure"
  import javax.help.JHelp;
  
  public class conftest {
@@@ -13450,7 -13451,7 +13451,7 @@@ $as_echo_n "checking gluegen-rt... " >&
            export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 13453 "configure"
+ // #line 13454 "configure"
  import com.sun.gluegen.runtime.CPU;
  
  public class conftest {
@@@ -13523,7 -13524,7 +13524,7 @@@ $as_echo_n "checking jrosetta-API... " 
            export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 13526 "configure"
+ // #line 13527 "configure"
  import com.artenum.rosetta.interfaces.core.ConsoleConfiguration;
  
  public class conftest {
@@@ -13596,7 -13597,7 +13597,7 @@@ $as_echo_n "checking jrosetta-engine..
            export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 13599 "configure"
+ // #line 13600 "configure"
  import com.artenum.rosetta.core.action.AbstractConsoleAction;
  
  public class conftest {
@@@ -13669,7 -13670,7 +13670,7 @@@ $as_echo_n "checking commons-logging..
            export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 13672 "configure"
+ // #line 13673 "configure"
  import org.apache.commons.logging.LogFactory;
  
  public class conftest {
@@@ -28845,7 -28846,7 +28846,7 @@@ CPPFLAGS="$CPPFLAGS -I$CHK_TCL_INCLUDE_
  { $as_echo "$as_me:$LINENO: checking if tcl is version $CHK_TCL_MAJOR.$CHK_TCL_MINOR or later" >&5
  $as_echo_n "checking if tcl is version $CHK_TCL_MAJOR.$CHK_TCL_MINOR or later... " >&6; }
  cat > conftest.$ac_ext <<EOF
- #line 28848 "configure"
+ #line 28849 "configure"
  #include "confdefs.h"
  
  #include "$CHK_TCL_INCLUDE_PATH/$CHK_TCL_INC_NAME"
@@@ -29404,7 -29405,7 +29405,7 @@@ CPPFLAGS="$CPPFLAGS $TCL_INC_PATH -I$CH
  $as_echo_n "checking if tk is version $CHK_TK_MAJOR.$CHK_TK_MINOR or later... " >&6; }
  
  cat > conftest.$ac_ext <<EOF
- #line 29407 "configure"
+ #line 29408 "configure"
  #include "confdefs.h"
  
  #include "$CHK_TK_INCLUDE_PATH/$CHK_TK_INC_NAME"
@@@ -30255,7 -30256,7 +30256,7 @@@ $as_echo_n "checking batik-all... " >&6
            export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 30258 "configure"
+ // #line 30259 "configure"
  import org.apache.batik.parser.Parser;
  
  public class conftest {
@@@ -30328,7 -30329,7 +30329,7 @@@ $as_echo_n "checking batik... " >&6; 
            export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 30331 "configure"
+ // #line 30332 "configure"
  import org.apache.batik.parser.Parser;
  
  public class conftest {
@@@ -30403,7 -30404,7 +30404,7 @@@ $as_echo_n "checking saxon... " >&6; 
            export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 30406 "configure"
+ // #line 30407 "configure"
  import com.icl.saxon.Loader;
  
  public class conftest {
@@@ -30476,7 -30477,7 +30477,7 @@@ $as_echo_n "checking fop... " >&6; 
            export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 30479 "configure"
+ // #line 30480 "configure"
  import org.apache.fop.pdf.PDFInfo;
  
  public class conftest {
@@@ -30549,7 -30550,7 +30550,7 @@@ $as_echo_n "checking jeuclid-core... " 
            export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 30552 "configure"
+ // #line 30553 "configure"
  import net.sourceforge.jeuclid.LayoutContext;
  
  public class conftest {
@@@ -30622,7 -30623,7 +30623,7 @@@ $as_echo_n "checking commons-io... " >&
            export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 30625 "configure"
+ // #line 30626 "configure"
  import org.apache.commons.io.output.CountingOutputStream;
  
  public class conftest {
@@@ -30695,7 -30696,7 +30696,7 @@@ $as_echo_n "checking xmlgraphics-common
            export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 30698 "configure"
+ // #line 30699 "configure"
  import org.apache.xmlgraphics.util.Service;
  
  public class conftest {
@@@ -30768,7 -30769,7 +30769,7 @@@ $as_echo_n "checking xml-apis-ext... " 
            export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 30771 "configure"
+ // #line 30772 "configure"
  import org.w3c.dom.svg.SVGDocument;
  
  public class conftest {
@@@ -30842,7 -30843,7 +30843,7 @@@ $as_echo_n "checking avalon-framework..
            export ac_java_classpath="$jar_resolved:$ac_java_classpath"
  
      cat << \EOF > conftest.java
- // #line 30845 "configure"
+ // #line 30846 "configure"
  import org.apache.avalon.framework.configuration.ConfigurationException;
  
  public class conftest {
@@@ -31543,7 -31544,7 +31544,7 @@@ ia64-*-hpux*
    ;;
  *-*-irix6*)
    # Find out which ABI we are using.
-   echo '#line 31546 "configure"' > conftest.$ac_ext
+   echo '#line 31547 "configure"' > conftest.$ac_ext
    if { (eval echo "$as_me:$LINENO: \"$ac_compile\"") >&5
    (eval $ac_compile) 2>&5
    ac_status=$?
     -e 's:.*FLAGS}\{0,1\} :&$lt_compiler_flag :; t' \
     -e 's: [^ ]*conftest\.: $lt_compiler_flag&:; t' \
     -e 's:$: $lt_compiler_flag:'`
-    (eval echo "\"\$as_me:33416: $lt_compile\"" >&5)
+    (eval echo "\"\$as_me:33417: $lt_compile\"" >&5)
     (eval "$lt_compile" 2>conftest.err)
     ac_status=$?
     cat conftest.err >&5
-    echo "$as_me:33420: \$? = $ac_status" >&5
+    echo "$as_me:33421: \$? = $ac_status" >&5
     if (exit $ac_status) && test -s "$ac_outfile"; then
       # The compiler can only warn and ignore the option if not recognized
       # So say no if there are warnings other than the usual output.
     -e 's:.*FLAGS}\{0,1\} :&$lt_compiler_flag :; t' \
     -e 's: [^ ]*conftest\.: $lt_compiler_flag&:; t' \
     -e 's:$: $lt_compiler_flag:'`
-    (eval echo "\"\$as_me:33706: $lt_compile\"" >&5)
+    (eval echo "\"\$as_me:33707: $lt_compile\"" >&5)
     (eval "$lt_compile" 2>conftest.err)
     ac_status=$?
     cat conftest.err >&5
-    echo "$as_me:33710: \$? = $ac_status" >&5
+    echo "$as_me:33711: \$? = $ac_status" >&5
     if (exit $ac_status) && test -s "$ac_outfile"; then
       # The compiler can only warn and ignore the option if not recognized
       # So say no if there are warnings other than the usual output.
     -e 's:.*FLAGS}\{0,1\} :&$lt_compiler_flag :; t' \
     -e 's: [^ ]*conftest\.: $lt_compiler_flag&:; t' \
     -e 's:$: $lt_compiler_flag:'`
-    (eval echo "\"\$as_me:33810: $lt_compile\"" >&5)
+    (eval echo "\"\$as_me:33811: $lt_compile\"" >&5)
     (eval "$lt_compile" 2>out/conftest.err)
     ac_status=$?
     cat out/conftest.err >&5
-    echo "$as_me:33814: \$? = $ac_status" >&5
+    echo "$as_me:33815: \$? = $ac_status" >&5
     if (exit $ac_status) && test -s out/conftest2.$ac_objext
     then
       # The compiler can only warn and ignore the option if not recognized
    lt_dlunknown=0; lt_dlno_uscore=1; lt_dlneed_uscore=2
    lt_status=$lt_dlunknown
    cat > conftest.$ac_ext <<EOF
- #line 36295 "configure"
+ #line 36296 "configure"
  #include "confdefs.h"
  
  #if HAVE_DLFCN_H
    lt_dlunknown=0; lt_dlno_uscore=1; lt_dlneed_uscore=2
    lt_status=$lt_dlunknown
    cat > conftest.$ac_ext <<EOF
- #line 36395 "configure"
+ #line 36396 "configure"
  #include "confdefs.h"
  
  #if HAVE_DLFCN_H
     -e 's:.*FLAGS}\{0,1\} :&$lt_compiler_flag :; t' \
     -e 's: [^ ]*conftest\.: $lt_compiler_flag&:; t' \
     -e 's:$: $lt_compiler_flag:'`
-    (eval echo "\"\$as_me:38824: $lt_compile\"" >&5)
+    (eval echo "\"\$as_me:38825: $lt_compile\"" >&5)
     (eval "$lt_compile" 2>conftest.err)
     ac_status=$?
     cat conftest.err >&5
-    echo "$as_me:38828: \$? = $ac_status" >&5
+    echo "$as_me:38829: \$? = $ac_status" >&5
     if (exit $ac_status) && test -s "$ac_outfile"; then
       # The compiler can only warn and ignore the option if not recognized
       # So say no if there are warnings other than the usual output.
     -e 's:.*FLAGS}\{0,1\} :&$lt_compiler_flag :; t' \
     -e 's: [^ ]*conftest\.: $lt_compiler_flag&:; t' \
     -e 's:$: $lt_compiler_flag:'`
-    (eval echo "\"\$as_me:38928: $lt_compile\"" >&5)
+    (eval echo "\"\$as_me:38929: $lt_compile\"" >&5)
     (eval "$lt_compile" 2>out/conftest.err)
     ac_status=$?
     cat out/conftest.err >&5
-    echo "$as_me:38932: \$? = $ac_status" >&5
+    echo "$as_me:38933: \$? = $ac_status" >&5
     if (exit $ac_status) && test -s out/conftest2.$ac_objext
     then
       # The compiler can only warn and ignore the option if not recognized
     -e 's:.*FLAGS}\{0,1\} :&$lt_compiler_flag :; t' \
     -e 's: [^ ]*conftest\.: $lt_compiler_flag&:; t' \
     -e 's:$: $lt_compiler_flag:'`
-    (eval echo "\"\$as_me:40526: $lt_compile\"" >&5)
+    (eval echo "\"\$as_me:40527: $lt_compile\"" >&5)
     (eval "$lt_compile" 2>conftest.err)
     ac_status=$?
     cat conftest.err >&5
-    echo "$as_me:40530: \$? = $ac_status" >&5
+    echo "$as_me:40531: \$? = $ac_status" >&5
     if (exit $ac_status) && test -s "$ac_outfile"; then
       # The compiler can only warn and ignore the option if not recognized
       # So say no if there are warnings other than the usual output.
     -e 's:.*FLAGS}\{0,1\} :&$lt_compiler_flag :; t' \
     -e 's: [^ ]*conftest\.: $lt_compiler_flag&:; t' \
     -e 's:$: $lt_compiler_flag:'`
-    (eval echo "\"\$as_me:40630: $lt_compile\"" >&5)
+    (eval echo "\"\$as_me:40631: $lt_compile\"" >&5)
     (eval "$lt_compile" 2>out/conftest.err)
     ac_status=$?
     cat out/conftest.err >&5
-    echo "$as_me:40634: \$? = $ac_status" >&5
+    echo "$as_me:40635: \$? = $ac_status" >&5
     if (exit $ac_status) && test -s out/conftest2.$ac_objext
     then
       # The compiler can only warn and ignore the option if not recognized
     -e 's:.*FLAGS}\{0,1\} :&$lt_compiler_flag :; t' \
     -e 's: [^ ]*conftest\.: $lt_compiler_flag&:; t' \
     -e 's:$: $lt_compiler_flag:'`
-    (eval echo "\"\$as_me:42862: $lt_compile\"" >&5)
+    (eval echo "\"\$as_me:42863: $lt_compile\"" >&5)
     (eval "$lt_compile" 2>conftest.err)
     ac_status=$?
     cat conftest.err >&5
-    echo "$as_me:42866: \$? = $ac_status" >&5
+    echo "$as_me:42867: \$? = $ac_status" >&5
     if (exit $ac_status) && test -s "$ac_outfile"; then
       # The compiler can only warn and ignore the option if not recognized
       # So say no if there are warnings other than the usual output.
     -e 's:.*FLAGS}\{0,1\} :&$lt_compiler_flag :; t' \
     -e 's: [^ ]*conftest\.: $lt_compiler_flag&:; t' \
     -e 's:$: $lt_compiler_flag:'`
-    (eval echo "\"\$as_me:43152: $lt_compile\"" >&5)
+    (eval echo "\"\$as_me:43153: $lt_compile\"" >&5)
     (eval "$lt_compile" 2>conftest.err)
     ac_status=$?
     cat conftest.err >&5
-    echo "$as_me:43156: \$? = $ac_status" >&5
+    echo "$as_me:43157: \$? = $ac_status" >&5
     if (exit $ac_status) && test -s "$ac_outfile"; then
       # The compiler can only warn and ignore the option if not recognized
       # So say no if there are warnings other than the usual output.
     -e 's:.*FLAGS}\{0,1\} :&$lt_compiler_flag :; t' \
     -e 's: [^ ]*conftest\.: $lt_compiler_flag&:; t' \
     -e 's:$: $lt_compiler_flag:'`
-    (eval echo "\"\$as_me:43256: $lt_compile\"" >&5)
+    (eval echo "\"\$as_me:43257: $lt_compile\"" >&5)
     (eval "$lt_compile" 2>out/conftest.err)
     ac_status=$?
     cat out/conftest.err >&5
-    echo "$as_me:43260: \$? = $ac_status" >&5
+    echo "$as_me:43261: \$? = $ac_status" >&5
     if (exit $ac_status) && test -s out/conftest2.$ac_objext
     then
       # The compiler can only warn and ignore the option if not recognized
@@@ -46219,7 -46220,7 +46220,7 @@@ if test "$enable_stop_on_warning" = yes
     CXXFLAGS="$CXXFLAGS -Werror -O0"
  fi
  
 -ac_config_files="$ac_config_files libs/MALLOC/Makefile libs/dynamiclibrary/Makefile libs/doublylinkedlist/Makefile libs/hashtable/Makefile libs/libst/Makefile contrib/Makefile modules/helptools/Makefile modules/helptools/macros/xmlfiletohtml.sci modules/data_structures/Makefile modules/differential_equations/Makefile modules/optimization/Makefile modules/elementary_functions/Makefile modules/special_functions/Makefile modules/io/Makefile modules/shell/Makefile modules/completion/Makefile modules/history_manager/Makefile modules/jvm/Makefile modules/sound/Makefile modules/statistics/Makefile modules/mexlib/Makefile modules/sparse/Makefile modules/linear_algebra/Makefile modules/polynomials/Makefile modules/symbolic/Makefile modules/signal_processing/Makefile modules/arnoldi/Makefile modules/interpolation/Makefile modules/intersci/Makefile modules/localization/Makefile modules/metanet/Makefile modules/cacsd/Makefile modules/boolean/Makefile modules/integer/Makefile modules/double/Makefile modules/fileio/Makefile modules/spreadsheet/Makefile modules/string/Makefile modules/time/Makefile modules/graphics/Makefile modules/graphic_export/Makefile modules/renderer/Makefile modules/action_binding/Makefile modules/gui/Makefile modules/pvm/Makefile modules/randlib/Makefile modules/tclsci/Makefile modules/windows_tools/Makefile modules/core/Makefile modules/call_scilab/Makefile modules/fftw/Makefile modules/umfpack/Makefile modules/scicos/Makefile modules/scicos_blocks/Makefile modules/functions/Makefile modules/dynamic_link/Makefile modules/overloading/Makefile modules/javasci/Makefile modules/maple2scilab/Makefile modules/m2sci/Makefile modules/compatibility_functions/Makefile modules/texmacs/Makefile modules/scipad/Makefile modules/scilab2fortran/Makefile modules/development_tools/Makefile modules/output_stream/Makefile modules/console/Makefile modules/demo_tools/Makefile modules/genetic_algorithms/Makefile modules/simulated_annealing/Makefile modules/parameters/Makefile modules/matio/Makefile modules/Makefile libs/Makefile Makefile scilab.pc etc/modules.xml etc/classpath.xml modules/jvm/etc/jvm_options.xml scilab-lib.properties scilab-lib-doc.properties"
 +ac_config_files="$ac_config_files libs/MALLOC/Makefile libs/dynamiclibrary/Makefile libs/doublylinkedlist/Makefile libs/hashtable/Makefile libs/libst/Makefile contrib/Makefile modules/helptools/Makefile modules/helptools/macros/xmlfiletohtml.sci modules/data_structures/Makefile modules/differential_equations/Makefile modules/optimization/Makefile modules/elementary_functions/Makefile modules/special_functions/Makefile modules/io/Makefile modules/shell/Makefile modules/completion/Makefile modules/history_manager/Makefile modules/jvm/Makefile modules/sound/Makefile modules/statistics/Makefile modules/mexlib/Makefile modules/sparse/Makefile modules/linear_algebra/Makefile modules/polynomials/Makefile modules/symbolic/Makefile modules/signal_processing/Makefile modules/arnoldi/Makefile modules/interpolation/Makefile modules/intersci/Makefile modules/localization/Makefile modules/metanet/Makefile modules/cacsd/Makefile modules/boolean/Makefile modules/integer/Makefile modules/double/Makefile modules/fileio/Makefile modules/spreadsheet/Makefile modules/string/Makefile modules/time/Makefile modules/graphics/Makefile modules/graphic_export/Makefile modules/renderer/Makefile modules/action_binding/Makefile modules/gui/Makefile modules/pvm/Makefile modules/randlib/Makefile modules/tclsci/Makefile modules/windows_tools/Makefile modules/core/Makefile modules/call_scilab/Makefile modules/fftw/Makefile modules/umfpack/Makefile modules/scicos/Makefile modules/scicos_blocks/Makefile modules/functions/Makefile modules/dynamic_link/Makefile modules/overloading/Makefile modules/javasci/Makefile modules/maple2scilab/Makefile modules/m2sci/Makefile modules/compatibility_functions/Makefile modules/texmacs/Makefile modules/scipad/Makefile modules/scilab2fortran/Makefile modules/development_tools/Makefile modules/output_stream/Makefile modules/console/Makefile modules/demo_tools/Makefile modules/genetic_algorithms/Makefile modules/simulated_annealing/Makefile modules/parameters/Makefile modules/matio/Makefile modules/atoms/Makefile modules/Makefile libs/Makefile Makefile scilab.pc etc/modules.xml etc/classpath.xml modules/jvm/etc/jvm_options.xml scilab-lib.properties scilab-lib-doc.properties"
  
  
  # Detection of the module for the future version of Scilab 6
      "modules/simulated_annealing/Makefile") CONFIG_FILES="$CONFIG_FILES modules/simulated_annealing/Makefile" ;;
      "modules/parameters/Makefile") CONFIG_FILES="$CONFIG_FILES modules/parameters/Makefile" ;;
      "modules/matio/Makefile") CONFIG_FILES="$CONFIG_FILES modules/matio/Makefile" ;;
 +    "modules/atoms/Makefile") CONFIG_FILES="$CONFIG_FILES modules/atoms/Makefile" ;;
      "modules/Makefile") CONFIG_FILES="$CONFIG_FILES modules/Makefile" ;;
      "libs/Makefile") CONFIG_FILES="$CONFIG_FILES libs/Makefile" ;;
      "Makefile") CONFIG_FILES="$CONFIG_FILES Makefile" ;;
@@@ -47815,28 -47815,27 +47816,27 @@@ $as_echo "$as_me: executing $ac_file co
  
  
    case $ac_file$ac_mode in
-     "depfiles":C) test x"$AMDEP_TRUE" != x"" || {
-   # Autoconf 2.62 quotes --file arguments for eval, but not when files
-   # are listed without --file.  Let's play safe and only enable the eval
-   # if we detect the quoting.
-   case $CONFIG_FILES in
-   *\'*) eval set x "$CONFIG_FILES" ;;
-   *)   set x $CONFIG_FILES ;;
-   esac
-   shift
-   for mf
-   do
-     # Strip MF so we end up with the name of the file.
-     mf=`echo "$mf" | sed -e 's/:.*$//'`
-     # Check whether this is an Automake generated Makefile or not.
-     # We used to match only the files named `Makefile.in', but
-     # some people rename them; so instead we look at the file content.
-     # Grep'ing the first line is not enough: some people post-process
-     # each Makefile.in and add a new line on top of each file to say so.
-     # Grep'ing the whole file is not good either: AIX grep has a line
-     # limit of 2048, but all sed's we know have understand at least 4000.
-     if sed -n 's,^#.*generated by automake.*,X,p' "$mf" | grep X >/dev/null 2>&1; then
-       dirpart=`$as_dirname -- "$mf" ||
+     "depfiles":C) test x"$AMDEP_TRUE" != x"" || # Autoconf 2.62 quotes --file arguments for eval, but not when files
+ # are listed without --file.  Let's play safe and only enable the eval
+ # if we detect the quoting.
+ case $CONFIG_FILES in
+ *\'*) eval set x "$CONFIG_FILES" ;;
+ *)   set x $CONFIG_FILES ;;
+ esac
+ shift
+ for mf
+ do
+   # Strip MF so we end up with the name of the file.
+   mf=`echo "$mf" | sed -e 's/:.*$//'`
+   # Check whether this is an Automake generated Makefile or not.
+   # We used to match only the files named `Makefile.in', but
+   # some people rename them; so instead we look at the file content.
+   # Grep'ing the first line is not enough: some people post-process
+   # each Makefile.in and add a new line on top of each file to say so.
+   # Grep'ing the whole file is not good either: AIX grep has a line
+   # limit of 2048, but all sed's we know have understand at least 4000.
+   if sed -n 's,^#.*generated by automake.*,X,p' "$mf" | grep X >/dev/null 2>&1; then
+     dirpart=`$as_dirname -- "$mf" ||
  $as_expr X"$mf" : 'X\(.*[^/]\)//*[^/][^/]*/*$' \| \
         X"$mf" : 'X\(//\)[^/]' \| \
         X"$mf" : 'X\(//\)$' \| \
@@@ -47859,28 -47858,28 +47859,28 @@@ $as_echo X"$mf" 
            q
          }
          s/.*/./; q'`
-     else
-       continue
-     fi
-     # Extract the definition of DEPDIR, am__include, and am__quote
-     # from the Makefile without running `make'.
-     DEPDIR=`sed -n 's/^DEPDIR = //p' < "$mf"`
-     test -z "$DEPDIR" && continue
-     am__include=`sed -n 's/^am__include = //p' < "$mf"`
-     test -z "am__include" && continue
-     am__quote=`sed -n 's/^am__quote = //p' < "$mf"`
-     # When using ansi2knr, U may be empty or an underscore; expand it
-     U=`sed -n 's/^U = //p' < "$mf"`
-     # Find all dependency output files, they are included files with
-     # $(DEPDIR) in their names.  We invoke sed twice because it is the
-     # simplest approach to changing $(DEPDIR) to its actual value in the
-     # expansion.
-     for file in `sed -n "
-       s/^$am__include $am__quote\(.*(DEPDIR).*\)$am__quote"'$/\1/p' <"$mf" | \
-        sed -e 's/\$(DEPDIR)/'"$DEPDIR"'/g' -e 's/\$U/'"$U"'/g'`; do
-       # Make sure the directory exists.
-       test -f "$dirpart/$file" && continue
-       fdir=`$as_dirname -- "$file" ||
+   else
+     continue
+   fi
+   # Extract the definition of DEPDIR, am__include, and am__quote
+   # from the Makefile without running `make'.
+   DEPDIR=`sed -n 's/^DEPDIR = //p' < "$mf"`
+   test -z "$DEPDIR" && continue
+   am__include=`sed -n 's/^am__include = //p' < "$mf"`
+   test -z "am__include" && continue
+   am__quote=`sed -n 's/^am__quote = //p' < "$mf"`
+   # When using ansi2knr, U may be empty or an underscore; expand it
+   U=`sed -n 's/^U = //p' < "$mf"`
+   # Find all dependency output files, they are included files with
+   # $(DEPDIR) in their names.  We invoke sed twice because it is the
+   # simplest approach to changing $(DEPDIR) to its actual value in the
+   # expansion.
+   for file in `sed -n "
+     s/^$am__include $am__quote\(.*(DEPDIR).*\)$am__quote"'$/\1/p' <"$mf" | \
+        sed -e 's/\$(DEPDIR)/'"$DEPDIR"'/g' -e 's/\$U/'"$U"'/g'`; do
+     # Make sure the directory exists.
+     test -f "$dirpart/$file" && continue
+     fdir=`$as_dirname -- "$file" ||
  $as_expr X"$file" : 'X\(.*[^/]\)//*[^/][^/]*/*$' \| \
         X"$file" : 'X\(//\)[^/]' \| \
         X"$file" : 'X\(//\)$' \| \
@@@ -47903,7 -47902,7 +47903,7 @@@ $as_echo X"$file" 
            q
          }
          s/.*/./; q'`
-       { as_dir=$dirpart/$fdir
+     { as_dir=$dirpart/$fdir
    case $as_dir in #(
    -*) as_dir=./$as_dir;;
    esac
@@@ -47944,11 -47943,10 +47944,10 @@@ $as_echo X"$as_dir" 
    } || test -d "$as_dir" || { { $as_echo "$as_me:$LINENO: error: cannot create directory $as_dir" >&5
  $as_echo "$as_me: error: cannot create directory $as_dir" >&2;}
     { (exit 1); exit 1; }; }; }
-       # echo "creating $dirpart/$file"
-       echo '# dummy' > "$dirpart/$file"
-     done
+     # echo "creating $dirpart/$file"
+     echo '# dummy' > "$dirpart/$file"
    done
- }
+ done
   ;;
      "po-directories":C)
      for ac_file in $CONFIG_FILES; do
diff --combined scilab/configure.ac
@@@ -111,13 -111,13 +111,13 @@@ AC_ARG_WITH(intelcompilers
      AC_HELP_STRING([--with-intelcompilers],[Use Intel C (icc) and Fortran (ifort) proprietary compilers (GNU/Linux only) ]))
  
  AC_ARG_WITH(tk,
-     AC_HELP_STRING([--without-tk],[Do not compile with TCL/TK ]))
+     AC_HELP_STRING([--without-tk],[Disable the interface to Tcl/Tk ]))
  
  AC_ARG_WITH(javasci,
-     AC_HELP_STRING([--without-javasci],[Do not compile the Java/Scilab module ]))
+     AC_HELP_STRING([--without-javasci],[Disable the Java/Scilab interface (javasci)]))
  
  AC_ARG_WITH(gui,
-     AC_HELP_STRING([--without-gui],[Do not compile the Graphical User Interface (GUI). Intended for embedded/clustering/grid Scilab ]))
+     AC_HELP_STRING([--without-gui],[Disable the Scilab Graphical User Interface (GUI). Intended for embedded/clustering/grid Scilab ]))
  
  AC_ARG_ENABLE(build-swig,
      AC_HELP_STRING([--enable-build-swig],[Regenerate Java => C wrappers produces by Swig (A Java Development Kit (JDK) is mandatory for this option)]))
@@@ -934,10 -934,10 +934,10 @@@ AC_SEARCH_LIBS([pthread_join],[pthread]
  #################
  
  AC_ARG_WITH(scicos,
-     AC_HELP_STRING([--without-scicos],[Compile without Scicos]))
+     AC_HELP_STRING([--without-scicos],[Disable Scicos]))
  
  AC_ARG_WITH(ocaml,
-     AC_HELP_STRING([--without-ocaml],[Do not compile ocaml modules (modelica)]))
+     AC_HELP_STRING([--without-ocaml],[Disable the OCaml modules (modelica)]))
  
  
  SCICOS_ENABLE=no
@@@ -998,7 -998,7 +998,7 @@@ AM_CONDITIONAL(FFTW, test "$with_fftw" 
  #################
  
  AC_ARG_WITH(hdf5,
-       AC_HELP_STRING([--with-hdf5],[Compile with the HDF5 library]))  
+       AC_HELP_STRING([--without-hdf5],[Disable the interface to the HDF5 library]))   
  
  HDF5_ENABLE=no
  
@@@ -1183,7 -1183,7 +1183,7 @@@ AM_CONDITIONAL(TCLTK, test "$WITH_TKSCI
  
  
  AC_ARG_WITH(matio,
-     AC_HELP_STRING([--without-matio],[Compile with the MAT File I/O library]))
+     AC_HELP_STRING([--without-matio],[Disable the interface to Matio (MAT File I/O library)]))
  
  AC_ARG_WITH(matio_include,
                AC_HELP_STRING([--with-matio-include=DIR],[Set the path to the MATIO headers]),
@@@ -1452,7 -1452,6 +1452,7 @@@ modules/genetic_algorithms/Makefil
  modules/simulated_annealing/Makefile
  modules/parameters/Makefile
  modules/matio/Makefile
 +modules/atoms/Makefile
  modules/Makefile
  libs/Makefile
  Makefile