api_scilab include missing after make install

Change-Id: Icbb6e6e7006674db01112ca2c17625f94fb96570

[bug_14300] double free fixed

test_run ast bug_14300
test_run ast bug_14300 mode_nwni_profiling

Change-Id: I87da365586b456224e4b6929b7ac064e54c92e8d

Xcos file format: fix some issues on read-write

 * a typo on Port labels
 * Store matrices as vectors on the MVC in a scilab way
 * Store the Scilab timestamp as the default time
 * Only set PARENT_BLOCK if needed

Change-Id: Ifa909881466445c2d473d55872f254a1e7623cf7

Xcos load: restore split position after cad91838

Change-Id: I25dbf22adcf17692d9e31962925f0a9f2e23c5da

fix addition of "a=eye() * %s;a + %s;a"

Change-Id: I5f74121b5e535b6f12bb4a03f1f10821dcae8b41

Xcos: refactoring of constructor-chain

Passing all possible arguments will setObjectProperty only once and at
allocation. It will be far easier to debug and trace things.

Change-Id: I2daeed9cf707c16099c2fbacdf9eb1b73ed079d4

Xcos: remove the checked FIXME on the code

Change-Id: Ie1760be2012cdfeaba57508883e6f73c8cd79fdb

Xcos: load and save all known xcos files

Change-Id: Ib879e6d3f7d5e126a46ddc44a25f4c6e57e7c5d5

Update the forgotten copyright headers

Change-Id: I792030386a6f5fa12a48a754ecab2a7988659390

Attack of the Clones

 * check types ref before modify it
 * use more polymorphism stuff
 * clone return this type instead of InternalType

Change-Id: I1a267a1eabc5b8a40592c7292c37cf7fcdedb072

Analysis: Add DollarInfo, VarPromotion, and move var clone at the right place when it occured in a loop

Change-Id: Ie1449ef530f9369f3076d3b6cac2a1193126fffb

Xcos: load/save should preserve UID values

Change-Id: Ib0deb52dc244cb915f7813aa8d28ea12b96e660d

Xcos: ZCOS should not store the time

Change-Id: I9da0a198a1924ce6f0d414b9500c3760958069d4

Xcos: put ANNOTATION at the end on sortAndFill

On saved files, the objects are sorted per kind. It is much more easier to
get the blocks first while debugging content. As the sorting is only
performed on the enum value, moving it will perform the job.

On the Xcos GUI and as the ANNOTATION will be decoded after the block, they
will appears "on top" of the BLOCK and LINK objects which is expected.

Change-Id: I966d4229e79f44021c416334c0105b30f894a7cb

Xcos load: do not duplicate children

Change-Id: I169e431de5e1cad290f31203512e7a72bb53ae84

Xcos GUI: update the Tab title on save

Change-Id: Id49fc6e63e503feffc53411c309025a7eb5b3fbe

Xcos GUI: implement "Region to Superblock"

Change-Id: I4dbd52ade5f4f945c11d82baeaf481f2e8cc9a4f

Scicos: fix the "" + [] and 1 + []

Change-Id: Ifa4e6b58fac424d79f7b95555f50d0bf8e3b549a

New C API for Scilab gateways (once again ...)

2 modes:
  - "safe" version, good for development phase
  - "unsafe" version, remove checks in API for better performance and nice
    crashes

Standard calls use "safe" version, to use "unsafe" version
define __API_SCILAB_UNSAFE__ before include of "api_scilab.h"

Done:
  - common, double, string, int, struct, cell, polynomial,
    boolean, (_/t/m)list, graphic handle, optional.
  - update dynamic_link gateway builder to link the new interface
  - add overload and call function capability.
  - add somes tests in api_scilab
  - add some help pages ( double, string, interger, struct, boolean, poly,
    cell, list, tlist, mlist, pointer )
    .
Not done yet:
  - sparse.
  - lot of tests in both mode.
  - help pages ( sparse )
  - add some helpers on configvariable for exemple ( getMode,
    getScilabMode, getOS, getWarningMode, getSCI, getTMPDIR, getSCIHOME, ...
    )

Change-Id: I15b9912842326b41353bd002b8876cf7246a4884

Test corrections on module for operation+ and operation- with empty matrix

action_binding to polynomials
grep for WARNING_EMPTY_OPS on test files to remove warning("off") once the
warning on operation+ and operation- are removed from scilab
without core

Change-Id: I8df147f450e8c173a5c0fb96f8d551d318cb3d77

Bug 14193 fixed: Problem with matrix defined in a matrix of structs

Change-Id: I6e7b99cdcc646df832b07afc1b9889957b61201a

typo fix

Change-Id: I2b30402aa5fc73f002d8d7877e18d807e424648e

Xcos save: generate uniques but predictables UIDs

This commit allow reproductible edit / save cycles without dummy
modification. This allow the use of a VCS to track modification.

Change-Id: I5edb08038e3b08cb7e996e14a9d65d4195d4166e

Xcos GUI: implement SuperBlock masks

Change-Id: I3c488624aadc2ca4c4767d6abfe4a8938c080082

return(x) without assignation is not a correct expression

Change-Id: I05a52b7b029bd916bc4788c0f9d203323c4fefa3

fixed the internal commit hook to work on Mac also.

mktemp takes different argument on Linux and Darwin (BSD)

Change-Id: I341532fae8331d9f37ea769bfa6a03eb5e8b61fc

Fix for bug 14290: never set java.awt.headless to true on Mac

Change-Id: If20cd6ef45a51d57148233b72022a389616fabb1

Xcos GUI: implement modelica initialization

Change-Id: I50b7c12801850f70e1d5ad51e79097e297668726

Xcos GUI: cleanup Java code

 * Also fixed a typo in the jni file
 * Used JavaContoller's lookup_view instead of Controller's look_for_view in ContextUpdate.java

Change-Id: I5a8ab25e884a10503c0ec41c305b8fec1f6797fa

Xcos MVC: update tests and log DEBUG_LEVEL

 * Added DESCRIPTION and DEBUG_LEVEL properties to the tests ref files

Change-Id: Idd2ec469c25ec137a5a4cfb9bbec8dd73e32f130

Xcos MVC: restore message printing

 * Locking the model only when consulting/editing it
 * https://codereview.scilab.org/#/c/17500 introduced regression (run Scicos tests)

Change-Id: Ib95aae0e7266a24004ffbe0d9db518e660296e93

fix find with 2 args after https://codereview.scilab.org/#/c/17216/

Change-Id: Ie94e400e4fe2db3c4f3401f734a3b51b7d33753b

bug 13918: Unmanaged operations on hypermatrix did not call overload functions.

Change-Id: Iedcdf178b749d0663228a476867aa2546d201dc1

Empty matrices operation: added a warning to + and - operations

Added a warning flag to stop execution and thus retrieve the lines where warning occurred

Change-Id: Ied0b82272758e756d842abca4834246f8a9e0495

debugger:

- avoid add duplicate breakpoints.
- if disp command failed, error is correctly displayed in console.
- update help pages.

Change-Id: I58e37f2d06c4da830d7da5df7b26ab09b5831741

* Bug #14219 fixed - As bug #14203, improve some error messages, some help pages and some comments.

Change-Id: I75d7251c729cd0a295625ff9a2af398e2c439981

Git: ignore NetBeans IDE generated project

Change-Id: I843d3f980e7ae2e22ca3cfe4cab648a217536d07

Xcos GUI: validate the context after edit

Change-Id: Ia3787251ab46f9b81a8fa1311c0aa3f6f8121b50

Xcos GUI: snap split blocks on the grid

Change-Id: Ib67c58d4da2f4cc953b7ab15f881ced1050a6fc3

* Bug #14228 fixed - Setting rotation_angles property to a matrix of any size did not return error message.

Change-Id: I2d0b64ff019ae099e8cb0f9d2cddb148bf0e45b7

Xcos GUI: fix some graphic artefact

 * Handle ANNOTATION value on loading
 * Implement a convertion for custom exprs (used in block labels)

Change-Id: If7e15b326a61740b032d2c438b9cf417408af3b4

* Bug #14043 fixed - Examples of api Scilab help pages had to be updated (pvApiCtx in gateway prototypes).

Change-Id: I9b6dec63d7258d633a7b2f3bc4d5a1c80fcd5c65

Xcos: de-duplicate ports on loading and DnD

To avoid duplication of ports we have to implement JGraphX `removeFromParent`
method. This method will be used to remove before add any XcosCell.

Change-Id: I12cd37971f7c67112d705aff59415a19a5328767

Xcos GUI: restore some graphical helpers

 * restore the "*" visual on modification
 * render the exprs accordingly to "displayedLabel"

Change-Id: I7edbf72d848494b23eaad93ee7c5afeee749467a

fix windows installer generation

Change-Id: I19cc3416e6a4d01edc7eb1fb7bd6ed14e1d5d62b

Doc: handle anchor tag and check for doubloons

Change-Id: I3f58482e2f4373557bfab32f4e97344dc8eea9c4

Xcos help: fix some duplicated id

Change-Id: I491735caef844f2bb238cd49c376f5438aa51539

Xcos: link Port as well as Link

 * tree_show(scs_m) showed only zeroes in Block.graphics.pin, pout, pein & peout

Change-Id: Ic543adfc8906efb7db44e2358031e7ec439a1dda

Xcos load: in mixed diagram case only decode the children once

Change-Id: Ie83f13b4c818ad63b5c5f00639f5dbc14170cc7f

Xcos writer: add the ordering attributes on the ports

Change-Id: Ic5a77ac502289eeec5dda6e5013d95f20301a3eb

Xcos: fix the tree_show calls

This commit also re-introduce the tree_show(`scs_m`) browser view as the
MVC browser is not ready yet.

Change-Id: If351ce5c105f943a7da1b4e790fb0555dc8309d3

Linux desktop: update appdata for gnome-software

Change-Id: Ie7f2f99c7f0788b7adc618da1219a0b483fe5148

update classpath following update of thirdparty

Change-Id: Icf97c6c024aff68539b765263367d92d362c837d

* Apache xmlgraphics stack upgraded to the latest versions :

  - xmlgraphics-commons 2.0.1
  - Batik 1.8
  - FOP 2.0

Change-Id: I29c091f9f779823a5a6a0a45869532bd7ca33359

Xcos java tests: update them for Xcos6

Change-Id: Ia462d9e02dc4e196321650c2f8fc3ac871eeac97

Xcos help: re-generate images

Change-Id: Ide07ca70a88d303aeb8e641a4b1da71376db2ec7

Xcos: reduce the lag at the first DnD

The first DnD of a block is laggy as the Java classloader have to load
Batik and most the Java2D stack while Dragging. We can limit this effect by
rendering a dummy style on a worker thread at Xcos startup.

Change-Id: I5037526a176960e602598242188cca53caebe8f0

Xcos: restore diagrams rendering on help pages

Change-Id: I7ec7cddf2f4952bd87800fd26c1a4be6a23bd180

Xcos GUI: enable Compile action

Change-Id: I21e4e2e51381cc3b17f42f126429219a0b4ef45a

Xcos files load: reduce the callstack and be backward compatible

All ".xcos" files (from 5.2.0 to 5.5.2) should load without producing any error.

Change-Id: I959c85e0cde43aaf210c4c9c6b964d33d6ed8a08

Help: fix the build after a9d9f4a46c2e299261cf8caa1e002a13a0cd2b04

Change-Id: Ib9c83554c65050a98a8d834451deb91a4f02c52d

* Bug #13298 fixed - Static analysis bugs detected by PVS-Studio fixed

Change-Id: I8dc4dbcb9c0b26b2e4934377f7149f6214504a75

Better help for (sg)et[default]language functions

Change-Id: Ifcaf077c26c517cf3f9fe03e3b6ec6e77c0ac745

[bug_14041] genlib fixed about locked file by another program

Change-Id: I763305e651871ed197309bdd98ab591711b629df

Configure: fix the arpack third-party detection

This commit only modify the way ARPACK is detected when using the
Prerequirements svn repository.

Change-Id: Ib3adaaf2f4b4f5e1cb50959c86fb3254a9faa460

Xcos MVC: use std::atomic to be thread safe

Xcos use both the Scilab execution thread, the EDT and the Finalizer Thread
to create / access / delete MVC objects. This commit manage this thread
safety using spin-locks implemented as std::atomic_flag (fast on the more
common threadsafe case).

Change-Id: Ic6ea51276de2a38e1530de6f08d138d4a04047e0

Xcos GUI: avoid a ClassCastException when something goes wrong

Change-Id: Id43d719dcb80e64f4bdb885cb97d477c2f7315f8

error displaying.

Change-Id: Ie78118ef40b4ad5767651ff83c37d8722ff00ccb

Scicos gateways: fix memory leaks

 * Detected by Coverity (CID 1321064 & 1321065)

Change-Id: I61ca53c37c6b577ca5158240d164feaccfc79501

* Bug #14178 fixed - tcl/tk unavailability on MacOS is now documented.

Change-Id: If8ee95fd9708df3b993e86a938a43500c98b08ac

bug 13986: setdefaultlanguage does not set value correctly in Windows registry

Change-Id: Ifd52bd85e9fa92dd551c690748300b3fc64f9059

* Bug #14181 fixed - Calling intg (or integrate) in a function that is being integrated failed

Change-Id: I6bb36e96191527e460ca5aa722e41bf9001c9b55

warning about redefinition of macro must be show only on same scope

function foo(), deff("g","");foo2();endfunction
function foo2(),deff("g","j");endfunction
foo() //must not show warning

Change-Id: Ifc92944b27c8bfe6d35f83999a9b0cf4ad84a0e7

Xcos refactoring: move link classes

There is only one class per kind of link ; moving them all to the same
package helps browsing the source code.

Change-Id: Ic677aac0f0160dfccd1d04efd192d35af4a09e3b

Xcos GUI: fix create a link from another link

The `linkKlass.newInstance()` method is not visible anymore on Xcos 6. We
have to create an MVC ID and then pass it to the constructor.

Change-Id: I1a0b07e63bb2cea4d2238a408cb346ed8742763d

Xcos decoding: manage mixed xcos files

Some Xcos / Zcos files store partially decoded sub-diagrams. This commit
manage such sub-diagrams contained into such a sub-diagrams.

After this conversion, the saved xcos / zcos files will contain
a complete XML representation.

Change-Id: Ia7dc4168405c8716c73c52461272b02c3117589d

Xcos vec2var: fix String and TList / MList

 * String encoding was invalid, the offsets were wrongly encoded
 * TList / MList had wrong size (header should be included)

Change-Id: I748949848302e2f34c8c91d0c88a886a236d0626

Xcos writer: fix an issue on List decoding

Change-Id: I094b0b836534aae380df58650fd4c0ffbae76936

Xcos I/O: decode more properties and store them

 * manage SuperBlock with an rpar MList (mixed schema)
 * add some properties
 * use the same ordering properties between handlers and writers
 * write the version comment at the beginning

Change-Id: I0ce3415039bb6331884fc9f3fdb2136ac51802d4

Xcos writers: fix ScilabString encoding

Change-Id: I1509fe9f9e3319a008f5adbe5e527e400b9412a5

Xcos writers: sort the children

Sort the children preserving their relative order to preserve the order of
the scs_m accross multiple load and save operations.

Change-Id: I33b209718c8ad90fb69f9cecdc6ecb7a649e22b3

Xcos writers: indent ".xcos" files

Change-Id: Ife0a0230dc7bb28fd2bd339fdb7155a9429b16b3

Xcos writers: add the "defaultParent" to the XML

Change-Id: Ib0ba685e20918ffd3215fff097845f5ab9e01672

Xcos decode: load list on xcos files

Change-Id: I420c5d0a9e20fc88402dec3693bd38d96c62e1e0

Xcos import: returns errors on error

Change-Id: I38203f8c330de6b77abca61fcb7aaad5aac8348e

Xcos: save and load the DEBUG_LEVEL

This property is now part of a diagram thus it should be saved as any other
property.

Change-Id: I88f830c3cc021526e0b67933a974061acb05c464

Xcos: launch a simulation

This commit also manage :
 * `scicos_new("0x2")` for Scilab calls from Java using a Java long
 * DEBUG_LEVEL as a model property

Change-Id: I1226b6ac0fd530304bfcca785ce5ee15f823386b

UMFPACK: fix some memory leak on normal case

Change-Id: I789b0bdeb1de9556a828b105e6ea5ac18b662fef

segfault fixed when bad SCI environment variable is setted when using call_scilab.

Change-Id: I7af8b9587f4c354a148a947245702d6715ec3f07

[bug_14253] Insertion in a struct contained in a list fixed.

Change-Id: I4ac4ceb9bafc679c82a22163bbb84c38012ce982

bug 13990: Windows installer does not ship all localization files

Change-Id: I8bb7dad8baceca96dfcecd8dc0fb7d9e40be7bcc

* Bug #14251 fixed - `spec` leaked some memory.

Change-Id: If59366cf3ed9c64782d1b87d63fb8798eb28e2cf

Xcos MVC: fix 'style' for Annotations

 * Treat Annotations like blocks so fill their 'gui' property (still nothing saved in the model though).

Change-Id: Iaa7714cc05fc3fe4dbc88c49ee030096e4b22eec

Bug 14257: Fixed English spelling in messages and in comments

Change-Id: I66f6bb2e1912fae98dbb90dcd6e4559cadd5816d

Better error message when error during doc generation

Change-Id: I03c98a27d5298d36511bf5b7752a14f7f11f0c51

Configure: reuse the same Java class to check #2

The `find -printf` is not available on Os X, this commit uses only
compatible behavior.

Change-Id: Ic410c9541f6b0714f2854c5f51f21ab9ee103e45

Configure: reuse the same Java class to check

This avoid the compilation time + execution foreach (java class * classpath
dir). It slightly improves the configure time for JAR dependencies.

On my machine, `time ./configure` returns :
 1m22.301s before
 0m29.333s after

Change-Id: I5ad28debb9d608367b9635f87ad613cded87ccdd

fix bug on s(f)grayplot after https://codereview.scilab.org/#/c/17405/

Change-Id: Ic00f0f273183599cf084dbaa6523e38caf8e08c9

Update localization

The script to dispatch the localization now handle the launchpad tarball
as an argument.

Change-Id: I2d068d160aaee42f50fd8f4ce6f89ed7aa68ca1f

FREE(str) when str is NULL crashed Scilab.
To test: Demos > Graphics > 2D and 3D plots > plot2d3

Change-Id: I31b1be349649a8df52979f77ddb66877c251424d